Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal


Cour I
A-1857/2007 et A-1911/2007
{T 0/2}

Arrêt du 6 avril 2010

Composition
Pascal Mollard (président du collège), Markus Metz, Marianne Ryter Sauvant, juges,
Chantal Schiesser-Degottex, greffière.

Parties
X._______,
représentée par Maître Freddy Rumo, _______,
recourante,

contre

Administration fédérale des contributions AFC,
Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée,
Schwarztorstrasse 50, 3003 Berne,
autorité inférieure.

Objet
TVA (aOTVA-aLTVA); assujettissement rétroactif; taxation par estimation (1er semestre 1999 au 2e semestre 2003).

Faits :

A.
X._______ exploite un café-restaurant à A._______, dans une métairie. Pour vérifier l'exactitude des renseignements fournis par X._______ dans le questionnaire pour l'enregistrement comme contribuable TVA qu'elle a signé le 28 avril 2003, l'AFC procéda à un contrôle sur place le 13 janvier 2004. Il est apparu que la comptabilité présentée par X._______ ne répondait pas aux exigences légales, ce qui a amené l'AFC à procéder par estimation et à reconstituer le chiffre d'affaires réalisé par X._______ au cours de la période allant du 1er semestre 1999 au 2e semestre 2003.

B.
Compte tenu des résultats de l'estimation effectuée, X._______ fut inscrite au registre des contribuables de l'AFC en tant qu'assujettie obligatoire, avec effet rétroactif au 1er janvier 1999. Par la même occasion, elle lui accorda l'autorisation de remettre ses décomptes selon la méthode du taux de la dette fiscale nette (ci-après: TDFN).
Afin de respecter le changement de régime fiscal intervenu au 1er janvier 2001, l'AFC scinda sa créance en deux parties. Pour la période allant du 1er semestre 1999 au 2e semestre 2000, à savoir celle régie par l'aOTVA, un montant d'impôt dû sur le chiffre d'affaires de Fr. 15'579.-, plus intérêt moratoire dès le 31 mai 2000 (décomptes complémentaires [DC] du 5 février 2004 et du 25 mars 2004), lui fut réclamé et, pour la période allant du 1er semestre 2001 au 2e semestre 2003, à savoir celle régie par l'aLTVA, un montant d'impôt dû sur le chiffre d'affaires de Fr. 24'891.-, plus intérêt moratoire dès le 31 décembre 2002 (DC du 5 février 2004), fut également revendiqué par l'AFC.

C.
L'AFC rendit, par actes du 10 juin 2004, deux décisions formelles dans lesquelles elle confirma ses rappels d'impôt de Fr. 15'579.- et de Fr. 24'891.-.

D.
Par lettre du 9 juillet 2004, X._______ déposa une réclamation contre les décisions précitées, en contestant l'estimation des chiffres d'affaires effectuée par l'AFC et estimant en substance que le redressement conduisait à un résultat qui ne correspondait pas à la réalité économique de son exploitation.

E.
Par courrier du 27 juillet 2004, l'AFC accorda un délai à X._______, afin qu'elle régularise sa réclamation en produisant l'ensemble des documents comptables attestant des chiffres d'affaires réalisés. X._______ répondit par envoi du 13 août 2004.

F.
L'AFC rendit deux décisions sur réclamation le 12 février 2007, par lesquelles elle confirma l'inscription de X._______ au registre des assujettis TVA et persista à réclamer les sommes de Fr. 15'579.- et Fr. 24'891.-, pour les périodes allant du 1er semestre 1999 au 2e semestre 2003, plus intérêt moratoire.

G.
Par envoi recommandé du 14 mars 2007, X._______ (ci-après: la recourante), par l'intermédiaire de son mandataire, a interjeté deux recours auprès du Tribunal administratif fédéral contre les décisions sur réclamation de l'AFC du 12 février 2007. Elle conteste le calcul du chiffre d'affaires par estimation, en alléguant que le résultat est sans lien avec la réalité économique et considère ainsi que l'AFC n'a pas respecté les limites de son pouvoir d'appréciation, lorsqu'elle a procédé à l'estimation.

H.
Invitée à présenter une réponse, l'AFC a répondu par courriers du 23 mai 2007. Elle estime que la recourante étant dans l'incapacité d'établir que l'estimation faite par l'AFC ne correspond pas à la réalité, il lui revient dès lors d'en supporter les désavantages. L'autorité inférieure conclut au rejet des recours, avec suite de frais.

I.
Par ordonnance du 26 mai 2009, le Tribunal administratif fédéral a accordé à l'autorité inférieure un délai pour se déterminer quant à l'application du TDFN en matière d'assujettissement. L'autorité inférieure a répondu en date du 15 juin 2009.

J.
Par ordonnance du 15 septembre 2009, le Tribunal administratif fédéral a, dans le cadre du droit d'être entendu de la recourante et plus précisément le droit à la consultation du dossier, imparti un délai à l'autorité inférieure afin qu'elle produise le dossier spécial des chiffres d'expérience appliqué à la présente cause, puisque la taxation par estimation repose entièrement sur les chiffres d'expérience relatifs aux restaurants de montagne.

K.
Par envoi du 25 septembre 2009, l'autorité inférieure a produit le dossier spécial précité, ainsi qu'un exemplaire supplémentaire caviardé, afin qu'il puisse être transmis directement à la recourante.

L.
Après avoir été informée du changement de représentant de la recourante, le Tribunal administratif fédéral a reçu, en date du 11 décembre 2009, les observations de la recourante, lesquelles ont été transmises à l'autorité inférieure afin qu'elle se prononce valablement, ce qu'elle fit par courrier du 22 décembre 2009.
Les autres faits seront repris, pour autant que besoin, dans les considérants qui suivent.
Droit :

1.
1.1 Sous réserve des exceptions prévues à l'art. 32
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 32 Exceptions
1    Le recours est irrecevable contre:
a  les décisions concernant la sûreté intérieure ou extérieure du pays, la neutralité, la protection diplomatique et les autres affaires relevant des relations extérieures, à moins que le droit international ne confère un droit à ce que la cause soit jugée par un tribunal;
b  les décisions concernant le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et les votations populaires;
c  les décisions relatives à la composante «prestation» du salaire du personnel de la Confédération, dans la mesure où elles ne concernent pas l'égalité des sexes;
d  ...
e  les décisions dans le domaine de l'énergie nucléaire concernant:
e1  l'autorisation générale des installations nucléaires;
e2  l'approbation du programme de gestion des déchets;
e3  la fermeture de dépôts en profondeur;
e4  la preuve de l'évacuation des déchets.
f  les décisions relatives à l'octroi ou l'extension de concessions d'infrastructures ferroviaires;
g  les décisions rendues par l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision;
h  les décisions relatives à l'octroi de concessions pour des maisons de jeu;
i  les décisions relatives à l'octroi, à la modification ou au renouvellement de la concession octroyée à la Société suisse de radiodiffusion et télévision (SSR);
j  les décisions relatives au droit aux contributions d'une haute école ou d'une autre institution du domaine des hautes écoles.
2    Le recours est également irrecevable contre:
a  les décisions qui, en vertu d'une autre loi fédérale, peuvent faire l'objet d'une opposition ou d'un recours devant une autorité précédente au sens de l'art. 33, let. c à f;
b  les décisions qui, en vertu d'une autre loi fédérale, peuvent faire l'objet d'un recours devant une autorité cantonale.
de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32), celui-ci, en vertu de l'art. 31
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 31 Principe - Le Tribunal administratif fédéral connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)20.
LTAF, connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 5
1    Sont considérées comme décisions les mesures prises par les autorités dans des cas d'espèce, fondées sur le droit public fédéral et ayant pour objet:
a  de créer, de modifier ou d'annuler des droits ou des obligations;
b  de constater l'existence, l'inexistence ou l'étendue de droits ou d'obligations;
c  de rejeter ou de déclarer irrecevables des demandes tendant à créer, modifier, annuler ou constater des droits ou obligations.
2    Sont aussi considérées comme des décisions les mesures en matière d'exécution (art. 41, al. 1, let. a et b), les décisions incidentes (art. 45 et 46), les décisions sur opposition (art. 30, al. 2, let. b, et 74), les décisions sur recours (art. 61), les décisions prises en matière de révision (art. 68) et d'interprétation (art. 69).25
3    Lorsqu'une autorité rejette ou invoque des prétentions à faire valoir par voie d'action, sa déclaration n'est pas considérée comme décision.
de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021) prises par les autorités mentionnées aux art. 33
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 33 Autorités précédentes - Le recours est recevable contre les décisions:
a  du Conseil fédéral et des organes de l'Assemblée fédérale, en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération, y compris le refus d'autoriser la poursuite pénale;
b  du Conseil fédéral concernant:
b1  la révocation d'un membre du conseil de banque ou de la direction générale ou d'un suppléant sur la base de la loi du 3 octobre 2003 sur la Banque nationale26,
b10  la révocation d'un membre du conseil d'administration du Service suisse d'attribution des sillons ou l'approbation de la résiliation des rapports de travail du directeur par le conseil d'administration, conformément à la loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer44;
b2  la révocation d'un membre du conseil d'administration de l'Autorité fédérale de surveillance des marchés financiers ou l'approbation de la résiliation des rapports de travail du directeur par le conseil d'administration selon la loi du 22 juin 2007 sur la surveillance des marchés financiers27,
b3  le blocage de valeurs patrimoniales en vertu de la loi du 18 décembre 2015 sur les valeurs patrimoniales d'origine illicite29,
b4  l'interdiction d'exercer des activités en vertu de la LRens31,
b4bis  l'interdiction d'organisations en vertu de la LRens,
b5  la révocation du mandat d'un membre du Conseil de l'Institut fédéral de métrologie au sens de la loi du 17 juin 2011 sur l'Institut fédéral de métrologie34,
b6  la révocation d'un membre du conseil d'administration de l'Autorité fédérale de surveillance en matière de révision ou l'approbation de la résiliation des rapports de travail du directeur par le conseil d'administration selon la loi du 16 décembre 2005 sur la surveillance de la révision36,
b7  la révocation d'un membre du conseil de l'Institut suisse des produits thérapeutiques sur la base de la loi du 15 décembre 2000 sur les produits thérapeutiques38,
b8  la révocation d'un membre du conseil d'administration de l'établissement au sens de la loi du 16 juin 2017 sur les fonds de compensation40,
b9  la révocation d'un membre du conseil de l'Institut suisse de droit comparé selon la loi du 28 septembre 2018 sur l'Institut suisse de droit comparé42;
c  du Tribunal pénal fédéral en matière de rapports de travail de ses juges et de son personnel;
cbis  du Tribunal fédéral des brevets en matière de rapports de travail de ses juges et de son personnel;
dquinquies  de la Chancellerie fédérale, des départements et des unités de l'administration fédérale qui leur sont subordonnées ou administrativement rattachées;
e  des établissements et des entreprises de la Confédération;
f  des commissions fédérales;
g  des tribunaux arbitraux fondées sur des contrats de droit public signés par la Confédération, ses établissements ou ses entreprises;
h  des autorités ou organisations extérieures à l'administration fédérale, pour autant qu'elles statuent dans l'accomplissement de tâches de droit public que la Confédération leur a confiées;
i  d'autorités cantonales, dans la mesure où d'autres lois fédérales prévoient un recours au Tribunal administratif fédéral.
et 34
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 34
LTAF. En particulier, les décisions rendues par l'administration fédérale des contributions peuvent être contestées devant le Tribunal administratif fédéral conformément à l'art. 33 let. d
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 33 Autorités précédentes - Le recours est recevable contre les décisions:
a  du Conseil fédéral et des organes de l'Assemblée fédérale, en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération, y compris le refus d'autoriser la poursuite pénale;
b  du Conseil fédéral concernant:
b1  la révocation d'un membre du conseil de banque ou de la direction générale ou d'un suppléant sur la base de la loi du 3 octobre 2003 sur la Banque nationale26,
b10  la révocation d'un membre du conseil d'administration du Service suisse d'attribution des sillons ou l'approbation de la résiliation des rapports de travail du directeur par le conseil d'administration, conformément à la loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer44;
b2  la révocation d'un membre du conseil d'administration de l'Autorité fédérale de surveillance des marchés financiers ou l'approbation de la résiliation des rapports de travail du directeur par le conseil d'administration selon la loi du 22 juin 2007 sur la surveillance des marchés financiers27,
b3  le blocage de valeurs patrimoniales en vertu de la loi du 18 décembre 2015 sur les valeurs patrimoniales d'origine illicite29,
b4  l'interdiction d'exercer des activités en vertu de la LRens31,
b4bis  l'interdiction d'organisations en vertu de la LRens,
b5  la révocation du mandat d'un membre du Conseil de l'Institut fédéral de métrologie au sens de la loi du 17 juin 2011 sur l'Institut fédéral de métrologie34,
b6  la révocation d'un membre du conseil d'administration de l'Autorité fédérale de surveillance en matière de révision ou l'approbation de la résiliation des rapports de travail du directeur par le conseil d'administration selon la loi du 16 décembre 2005 sur la surveillance de la révision36,
b7  la révocation d'un membre du conseil de l'Institut suisse des produits thérapeutiques sur la base de la loi du 15 décembre 2000 sur les produits thérapeutiques38,
b8  la révocation d'un membre du conseil d'administration de l'établissement au sens de la loi du 16 juin 2017 sur les fonds de compensation40,
b9  la révocation d'un membre du conseil de l'Institut suisse de droit comparé selon la loi du 28 septembre 2018 sur l'Institut suisse de droit comparé42;
c  du Tribunal pénal fédéral en matière de rapports de travail de ses juges et de son personnel;
cbis  du Tribunal fédéral des brevets en matière de rapports de travail de ses juges et de son personnel;
dquinquies  de la Chancellerie fédérale, des départements et des unités de l'administration fédérale qui leur sont subordonnées ou administrativement rattachées;
e  des établissements et des entreprises de la Confédération;
f  des commissions fédérales;
g  des tribunaux arbitraux fondées sur des contrats de droit public signés par la Confédération, ses établissements ou ses entreprises;
h  des autorités ou organisations extérieures à l'administration fédérale, pour autant qu'elles statuent dans l'accomplissement de tâches de droit public que la Confédération leur a confiées;
i  d'autorités cantonales, dans la mesure où d'autres lois fédérales prévoient un recours au Tribunal administratif fédéral.
LTAF. La procédure est régie par la PA, pour autant que la LTAF n'en dispose pas autrement (art. 37
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 37 Principe - La procédure devant le Tribunal administratif fédéral est régie par la PA57, pour autant que la présente loi n'en dispose pas autrement.
LTAF).
En l'occurrence, les décisions de l'autorité inférieure ont été rendues le 12 février 2007 et ont été notifiées au plus tôt le lendemain à la recourante. Les recours ont été adressés au Tribunal administratif fédéral le 14 mars 2007. Ils sont ainsi intervenus dans le délai légal prescrit par l'art. 50
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 50
1    Le recours doit être déposé dans les 30 jours qui suivent la notification de la décision.
2    Le recours pour déni de justice ou retard injustifié peut être formé en tout temps.
PA. En outre, les recours satisfont aux exigences posées à l'art. 52
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 52
1    Le mémoire de recours indique les conclusions, motifs et moyens de preuve et porte la signature du recourant ou de son mandataire; celui-ci y joint l'expédition de la décision attaquée et les pièces invoquées comme moyens de preuve, lorsqu'elles se trouvent en ses mains.
2    Si le recours ne satisfait pas à ces exigences, ou si les conclusions ou les motifs du recourant n'ont pas la clarté nécessaire, sans que le recours soit manifestement irrecevable, l'autorité de recours impartit au recourant un court délai supplémentaire pour régulariser le recours.
3    Elle avise en même temps le recourant que si le délai n'est pas utilisé, elle statuera sur la base du dossier ou si les conclusions, les motifs ou la signature manquent, elle déclarera le recours irrecevable.
PA. Ils sont par conséquent recevables et il convient d'entrer en matière.

1.2 La loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (LTVA, RS 641.20) est entrée en vigueur le 1er janvier 2010. Les dispositions de l'ancien droit ainsi que leurs dispositions d'exécution demeurent applicables à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance avant leur abrogation (art. 112 al. 1
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 112 Application de l'ancien droit - 1 Sous réserve de l'art. 113, les dispositions de l'ancien droit ainsi que leurs dispositions d'exécution sont applicables à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance avant leur abrogation. La prescription est toujours régie par les art. 49 et 50 de l'ancien droit.
1    Sous réserve de l'art. 113, les dispositions de l'ancien droit ainsi que leurs dispositions d'exécution sont applicables à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance avant leur abrogation. La prescription est toujours régie par les art. 49 et 50 de l'ancien droit.
2    L'ancien droit est applicable aux prestations fournies avant l'entrée en vigueur de la présente loi ainsi qu'aux importations de biens pour lesquelles la dette au titre de l'impôt sur les importations est née avant l'entrée en vigueur de la présente loi.
3    Les prestations fournies en partie avant l'entrée en vigueur de la présente loi sont imposées conformément à l'ancien droit pour cette partie. Les prestations fournies en partie après l'entrée en vigueur de la présente loi sont imposées conformément au nouveau droit pour cette partie.
LTVA). Dans la mesure où l'état de fait concerne la période du 1er semestre 2001 au 2e semestre 2003, la présente cause tombe ainsi matériellement sous le coup de la loi fédérale du 2 septembre 1999 sur la TVA (aLTVA, RO 2000 1300). S'agissant de la période du 1er semestre 1999 au 2e semestre 2000, ce sont les dispositions de l'ordonnance du 22 juin 1994 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (aOTVA, RO 1994 1464 et les modifications ultérieures) qui trouvent application (art. 93
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 93 Sûretés - 1 L'AFC peut demander dans les cas suivants des sûretés pour l'impôt, les intérêts ou les frais, même lorsqu'ils ne sont pas fixés et entrés en force ni exigibles:
1    L'AFC peut demander dans les cas suivants des sûretés pour l'impôt, les intérêts ou les frais, même lorsqu'ils ne sont pas fixés et entrés en force ni exigibles:
a  le recouvrement dans les délais paraît menacé;
b  le débiteur prend des dispositions pour abandonner son domicile, son siège ou son établissement stable sur le territoire de la Confédération, ou pour se faire radier du registre du commerce suisse;
c  le débiteur est en demeure;
d  l'assujetti reprend tout ou partie d'une entreprise tombée en faillite;
e  l'assujetti remet des décomptes mentionnant des montants manifestement inférieurs à la réalité.
2    Si l'assujetti renonce à être libéré de l'assujettissement (art. 11) ou s'il opte pour l'imposition de prestations exclues du champ de l'impôt (art. 22), l'AFC peut exiger qu'il fournisse des sûretés conformément à l'al. 7.
3    La demande de sûretés doit indiquer le motif juridique de la garantie, le montant demandé et l'institution auprès de laquelle la garantie doit être déposée; elle est considérée comme une ordonnance de séquestre au sens de l'art. 274 LP159. Aucune réclamation ne peut être déposée contre la demande de sûreté.
4    La demande de sûreté peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal administratif fédéral.
5    Le recours contre les demandes de sûretés n'a pas d'effet suspensif.
6    La notification de la décision relative à la créance fiscale vaut ouverture d'action au sens de l'art. 279 LP. Le délai d'introduction de la poursuite court à compter de l'entrée en force de la décision relative à la créance fiscale.
7    Les sûretés doivent être fournies sous forme de dépôts en espèces, de cautionnements solidaires solvables, de garanties bancaires, de cédules hypothécaires ou d'hypothèques, de polices d'assurance sur la vie ayant une valeur de rachat, d'obligations cotées, libellées en francs, de débiteurs suisses, ou d'obligations de caisse émises par des banques suisses.
et 94
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 94 Autres mesures relatives aux sûretés - 1 Un excédent résultant du décompte de l'impôt en faveur de l'assujetti peut être utilisé dans les buts suivants:
1    Un excédent résultant du décompte de l'impôt en faveur de l'assujetti peut être utilisé dans les buts suivants:
a  pour compenser des dettes fiscales résultant des périodes fiscales antérieures;
b  pour compenser des dettes fiscales ultérieures, si l'assujetti est en retard dans le paiement de l'impôt ou si la créance fiscale paraît menacée pour d'autres motifs; le montant mis en compte est crédité d'un intérêt au taux de l'intérêt rémunératoire pour la période allant du 61e jour après la réception du décompte d'impôt par l'AFC jusqu'au moment de la compensation;
c  pour compenser une sûreté exigée par l'AFC.
2    Si l'assujetti n'a pas de domicile ni de siège sur le territoire de la Confédération, l'AFC peut en outre demander le dépôt de sûretés selon l'art. 93, al. 7, pour garantir de futures dettes fiscales.
3    En cas de retard répété dans le paiement de l'impôt, l'AFC peut obliger l'assujetti à verser des acomptes tous les mois ou deux fois par mois.
aLTVA).
Le nouveau droit de procédure s'applique à toutes les procédures pendantes à l'entrée en vigueur de la LTVA, comme le prescrit l'art. 113 al. 3
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 113 Application du nouveau droit - 1 Pour déterminer si les conditions de libération de l'assujettissement fixées à l'art. 10, al. 2, sont remplies à l'entrée en vigueur de la présente loi, le nouveau droit doit être appliqué aux opérations imposables en vertu de la présente loi et exécutées dans les douze mois qui précèdent.
1    Pour déterminer si les conditions de libération de l'assujettissement fixées à l'art. 10, al. 2, sont remplies à l'entrée en vigueur de la présente loi, le nouveau droit doit être appliqué aux opérations imposables en vertu de la présente loi et exécutées dans les douze mois qui précèdent.
2    Les dispositions sur le dégrèvement ultérieur de l'impôt préalable fixées à l'art. 32 s'appliquent également aux prestations pour lesquelles le droit à la déduction de l'impôt préalable n'existait pas avant l'entrée en vigueur de la présente loi.
3    L'art. 91 excepté, le nouveau droit de procédure s'applique à toutes les procédures pendantes à l'entrée en vigueur de la présente loi.
LTVA. Cette disposition doit être interprétée restrictivement, étant donné que, selon la jurisprudence du Tribunal de céans, seules les nouvelles règles qui traitent effectivement de la procédure doivent être appliquées aux procédures pendantes. Le recours à l'art. 113 al. 3
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 113 Application du nouveau droit - 1 Pour déterminer si les conditions de libération de l'assujettissement fixées à l'art. 10, al. 2, sont remplies à l'entrée en vigueur de la présente loi, le nouveau droit doit être appliqué aux opérations imposables en vertu de la présente loi et exécutées dans les douze mois qui précèdent.
1    Pour déterminer si les conditions de libération de l'assujettissement fixées à l'art. 10, al. 2, sont remplies à l'entrée en vigueur de la présente loi, le nouveau droit doit être appliqué aux opérations imposables en vertu de la présente loi et exécutées dans les douze mois qui précèdent.
2    Les dispositions sur le dégrèvement ultérieur de l'impôt préalable fixées à l'art. 32 s'appliquent également aux prestations pour lesquelles le droit à la déduction de l'impôt préalable n'existait pas avant l'entrée en vigueur de la présente loi.
3    L'art. 91 excepté, le nouveau droit de procédure s'applique à toutes les procédures pendantes à l'entrée en vigueur de la présente loi.
LTVA ne doit donc pas, sous le seul prétexte de règles de procédure, conduire à une application du nouveau droit matériel à des états de faits révolus sous l'ancien droit (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1113/2009 du 24 février 2010 consid. 1.3). Dans l'arrêt précité, il a ainsi été jugé que les thèmes suivants, notamment, ne relevaient pas du droit de procédure, à savoir l'obligation de tenir une comptabilité, le principe de l'auto-taxation, la taxation par estimation et les intérêts moratoires. S'agissant de ces matières, les juges ont donc fait application de l'ancien droit. Dans la présente affaire, les art. 70
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 70 Comptabilité et conservation des pièces - 1 L'assujetti doit tenir ses livres comptables et les documents pertinents conformément aux principes du droit commercial. L'AFC peut exceptionnellement fixer des obligations allant au-delà des dispositions du droit commercial si ces contraintes sont indispensables à une perception correcte de l'impôt.
1    L'assujetti doit tenir ses livres comptables et les documents pertinents conformément aux principes du droit commercial. L'AFC peut exceptionnellement fixer des obligations allant au-delà des dispositions du droit commercial si ces contraintes sont indispensables à une perception correcte de l'impôt.
2    L'assujetti doit conserver dûment ses livres comptables, pièces justificatives, papiers d'affaires et autres documents pertinents jusqu'à l'expiration de la prescription absolue de la créance fiscale (art. 42, al. 6). L'art. 958f du code des obligations117 est réservé.118
3    Les documents commerciaux nécessaires au calcul des prestations à soi-même ou du montant du dégrèvement ultérieur de l'impôt sur les biens immobiliers doivent être conservés pendant 20 ans (art. 31, al. 3, et 32, al. 2).
4    Le Conseil fédéral règle les conditions auxquelles les pièces nécessaires à l'exécution de l'impôt en vertu de la présente loi peuvent être transmises et conservées sans support papier.
, 71
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 71 Remise du décompte - 1 L'assujetti est tenu de remettre spontanément le décompte de la créance fiscale à l'AFC, en la forme prescrite, dans les 60 jours qui suivent l'expiration de la période de décompte.
1    L'assujetti est tenu de remettre spontanément le décompte de la créance fiscale à l'AFC, en la forme prescrite, dans les 60 jours qui suivent l'expiration de la période de décompte.
2    Si l'assujettissement prend fin, le délai commence à courir à partir de ce moment.
, 72
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 72 Correction d'erreurs dans le décompte - 1 L'assujetti qui constate des erreurs dans son décompte lors de l'établissement de ses comptes annuels doit les corriger au plus tard dans le décompte établi pour la période pendant laquelle tombe le 180e jour qui suit la fin de l'exercice considéré.
1    L'assujetti qui constate des erreurs dans son décompte lors de l'établissement de ses comptes annuels doit les corriger au plus tard dans le décompte établi pour la période pendant laquelle tombe le 180e jour qui suit la fin de l'exercice considéré.
2    L'assujetti est tenu de corriger ultérieurement les erreurs découvertes dans les décomptes des périodes fiscales antérieures pour autant que les créances de ces périodes fiscales ne soient pas entrées en force ou prescrites.
3    Les corrections ultérieures des décomptes doivent être opérées dans la forme prescrite par l'AFC.
4    Si le décompte présente des erreurs systématiques difficilement identifiables, l'AFC peut accorder des facilités à l'assujetti conformément à l'art. 80.
, 79
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 79 Taxation par voie d'estimation - 1 Si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou que les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une taxation par estimation.
1    Si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou que les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une taxation par estimation.
2    La créance fiscale est établie par une notification d'estimation.
ou 87
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 87 Intérêt moratoire - 1 En cas de retard dans le paiement de l'impôt, un intérêt moratoire est dû sans sommation.
1    En cas de retard dans le paiement de l'impôt, un intérêt moratoire est dû sans sommation.
2    Aucun intérêt moratoire n'est dû si la perception ultérieure résulte d'une erreur qui n'aurait entraîné aucun préjudice financier pour la Confédération si elle avait été traitée correctement.
LTVA ne sont dès lors pas applicables, malgré le fait qu'ils figurent sous le titre "Procédure applicable à l'impôt grevant les opérations réalisées sur le territoire suisse et à l'impôt sur les acquisitions" (arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1379/2007 du 18 mars 2010 consid. 1.2).
La question de l'application des règles procédurales du nouveau droit serait également susceptible de se poser, s'agissant de l'art. 81
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 81 Principes - 1 La PA147 est applicable, à l'exclusion de l'art. 2, al. 1.148
1    La PA147 est applicable, à l'exclusion de l'art. 2, al. 1.148
2    Les autorités établissent d'office les faits pertinents.
3    Le principe de la libre appréciation des preuves est applicable. L'acceptation d'une preuve ne doit pas dépendre exclusivement de la présentation de moyens de preuves précis.
LTVA, qui dispose désormais que (al. 1) la PA est applicable, à l'exclusion de son art. 2 al. 1 et que (al. 3) le principe de la libre appréciation des preuves est applicable, l'acceptation d'une preuve ne devant, par ailleurs, pas dépendre exclusivement de la présentation de moyens de preuve précis. Cela étant, dans la mesure où l'interprétation de l'art. 113 al. 3
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 113 Application du nouveau droit - 1 Pour déterminer si les conditions de libération de l'assujettissement fixées à l'art. 10, al. 2, sont remplies à l'entrée en vigueur de la présente loi, le nouveau droit doit être appliqué aux opérations imposables en vertu de la présente loi et exécutées dans les douze mois qui précèdent.
1    Pour déterminer si les conditions de libération de l'assujettissement fixées à l'art. 10, al. 2, sont remplies à l'entrée en vigueur de la présente loi, le nouveau droit doit être appliqué aux opérations imposables en vertu de la présente loi et exécutées dans les douze mois qui précèdent.
2    Les dispositions sur le dégrèvement ultérieur de l'impôt préalable fixées à l'art. 32 s'appliquent également aux prestations pour lesquelles le droit à la déduction de l'impôt préalable n'existait pas avant l'entrée en vigueur de la présente loi.
3    L'art. 91 excepté, le nouveau droit de procédure s'applique à toutes les procédures pendantes à l'entrée en vigueur de la présente loi.
LTVA n'admet que le nouveau droit de procédure au sens étroit, il prime l'application de l'art. 81
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 81 Principes - 1 La PA147 est applicable, à l'exclusion de l'art. 2, al. 1.148
1    La PA147 est applicable, à l'exclusion de l'art. 2, al. 1.148
2    Les autorités établissent d'office les faits pertinents.
3    Le principe de la libre appréciation des preuves est applicable. L'acceptation d'une preuve ne doit pas dépendre exclusivement de la présentation de moyens de preuves précis.
LTVA qui ne contient, lui, aucune règle de droit transitoire. D'une part, l'art 81 al. 3
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 81 Principes - 1 La PA147 est applicable, à l'exclusion de l'art. 2, al. 1.148
1    La PA147 est applicable, à l'exclusion de l'art. 2, al. 1.148
2    Les autorités établissent d'office les faits pertinents.
3    Le principe de la libre appréciation des preuves est applicable. L'acceptation d'une preuve ne doit pas dépendre exclusivement de la présentation de moyens de preuves précis.
LTVA n'entre donc pas en ligne de compte si l'ancien droit matériel (et les règles de procédure y relatives) demeure applicable en application de l'art. 113 al. 3
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 113 Application du nouveau droit - 1 Pour déterminer si les conditions de libération de l'assujettissement fixées à l'art. 10, al. 2, sont remplies à l'entrée en vigueur de la présente loi, le nouveau droit doit être appliqué aux opérations imposables en vertu de la présente loi et exécutées dans les douze mois qui précèdent.
1    Pour déterminer si les conditions de libération de l'assujettissement fixées à l'art. 10, al. 2, sont remplies à l'entrée en vigueur de la présente loi, le nouveau droit doit être appliqué aux opérations imposables en vertu de la présente loi et exécutées dans les douze mois qui précèdent.
2    Les dispositions sur le dégrèvement ultérieur de l'impôt préalable fixées à l'art. 32 s'appliquent également aux prestations pour lesquelles le droit à la déduction de l'impôt préalable n'existait pas avant l'entrée en vigueur de la présente loi.
3    L'art. 91 excepté, le nouveau droit de procédure s'applique à toutes les procédures pendantes à l'entrée en vigueur de la présente loi.
LTVA. Par ailleurs, l'art. 81 al. 1
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 81 Principes - 1 La PA147 est applicable, à l'exclusion de l'art. 2, al. 1.148
1    La PA147 est applicable, à l'exclusion de l'art. 2, al. 1.148
2    Les autorités établissent d'office les faits pertinents.
3    Le principe de la libre appréciation des preuves est applicable. L'acceptation d'une preuve ne doit pas dépendre exclusivement de la présentation de moyens de preuves précis.
LTVA n'a, pour les cas pendants, aucune portée propre. En effet, il convient de rappeler que l'application de la PA est déjà largement la règle devant le Tribunal administratif fédéral (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-710/2007 du 24 septembre 2009 consid. 2.2) et que la non-application des art. 12 ss
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 12 - L'autorité constate les faits d'office et procède s'il y a lieu à l'administration de preuves par les moyens ci-après:
a  documents;
b  renseignements des parties;
c  renseignements ou témoignages de tiers;
d  visite des lieux;
e  expertises.
PA ne signifie pas l'exclusion des mesures d'instruction qui y sont énumérees (voir l'interprétation historique de l'art. 2 al. 1
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 2
1    Les art. 12 à 19 et 30 à 33 ne sont pas applicables à la procédure en matière fiscale.
2    Les art. 4 à 6, 10, 34, 35, 37 et 38 sont applicables à la procédure des épreuves dans les examens professionnels, les examens de maîtrise et les autres examens de capacité.
3    En cas d'expropriation, la procédure est régie par la présente loi, pour autant que la loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation12 n'en dispose pas autrement.13
4    La procédure devant le Tribunal administratif fédéral est régie par la présente loi, pour autant que la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral14 n'en dispose pas autrement.15
PA dans les arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1560/2007 du 20 octobre 2009 consid. 3.1 et A-1337/2007 du 21 septembre 2009 consid. 3.2). Enfin, la possibilité d'une appréciation anticipée des preuves demeure admissible, même dans le nouveau droit et a fortiori pour les cas pendants (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-4785/2007 du 23 février 2010 consid. 5.5; Message du Conseil fédéral sur la simplification de la TVA du 25 juin 2008 dans la Feuille fédérale [FF] 2008 p. 6394 s.; Pascal Mollard/Xavier Oberson/Anne Tissot Benedetto, Traité TVA, Bâle 2009, p. 1126 ch. 157).

1.3 D'après l'art. 24
SR 273 Loi fédérale du 4 décembre 1947 de procédure civile fédérale
PCF Art. 24
1    Le demandeur qui entend exercer plusieurs actions contre le même défendeur peut les joindre dans une seule demande si le Tribunal fédéral est compétent pour connaître de chacune d'elles. Cette condition n'est pas exigée pour des prétentions accessoires.
2    Plusieurs personnes peuvent agir comme demandeurs ou être actionnées comme défendeurs par la même demande:
a  s'il existe entre elles, en raison de l'objet litigieux, une communauté de droit ou si leurs droits ou leurs obligations dérivent de la même cause matérielle et juridique. Le juge peut appeler en cause un tiers qui fait partie de la communauté de droit. L'appelé en cause devient partie au procès;
b  si des prétentions de même nature et reposant sur une cause matérielle et juridique essentiellement de même nature forment l'objet du litige et que la compétence du Tribunal fédéral soit donnée à l'égard de chacune d'elles.
3    Le juge peut en tout état de cause ordonner la disjonction, s'il l'estime opportun.
de la loi fédérale de procédure civile fédérale du 4 décembre 1947 (PCF, RS 273) en relation avec l'art. 4
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 4 - Les dispositions du droit fédéral qui règlent une procédure plus en détail sont applicables en tant qu'elles ne dérogent pas à la présente loi.
PA, il y a lieu de réunir en une seule procédure des recours qui présentent une étroite unité dans le contenu de leur état de fait et dans lesquels se posent les mêmes questions de droit (André Moser/Michael Beusch/Lorenz Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, Bâle 2008, ch. 3.17), une telle solution répondant à l'économie de procédure et étant dans l'intérêt de toutes les parties (ATF 131 V 224 consid. 1, 128 V 126 consid. 1 et les références citées, 122 II 368 consid. 1a). Dans le même sens, si deux recours se dirigent contre la même décision, qu'ils concernent les mêmes parties et les mêmes questions de droit, il convient, pour des raisons d'économie de procédure, de les traiter ensemble (arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4360/2008 et A-4415/2008 du 4 mars 2010 consid. 1.3, ainsi que A-1478/2006 et A-1477/2006 du 10 mars 2008 consid. 2).
En l'occurrence, la recourante a déposé deux recours, contestant formellement les deux décisions rendues sur réclamation par l'AFC. Celles-ci présentent une étroite unité dans les faits et posent les mêmes questions de droit, dans la mesure où elles concernent toutes deux la question du bien-fondé de créances fiscales réclamées à la recourante. Le fait qu'elles concernent des périodes fiscales distinctes, l'une réglant la question précitée sous l'angle de l'aOTVA pour les périodes fiscales allant du 1er semestre 1999 au 2e semestre 2000 et la seconde réglant la même question, mais cette fois sous l'angle de l'aLTVA pour les périodes allant du 1er semestre 2001 au 2e semestre 2003, ne modifie en rien ce qui précède. Il convient ainsi de rendre une seule et même décision en la matière, de procéder à une jonction de cause, sans qu'il ne se justifie de rendre une décision incidente de jonction séparément susceptible de recours (art. 46 al. 1 let. a
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 46
1    Les autres décisions incidentes notifiées séparément peuvent faire l'objet d'un recours:
a  si elles peuvent causer un préjudice irréparable, ou
b  si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse.
2    Si le recours n'est pas recevable en vertu de l'al. 1 ou qu'il n'a pas été utilisé, les décisions incidentes en question peuvent être attaquées avec la décision finale dans la mesure où elles influent sur le contenu de celle-ci.
PA a contrario), celle-ci ne pouvant causer aucun préjudice irréparable. Partant, il convient de réunir les causes A-1857/2007 et A-1911/2007 et de rendre un seul arrêt en la matière.

2.
2.1 Le recourant peut invoquer la violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation (art. 49 let. a
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 49 - Le recourant peut invoquer:
a  la violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation;
b  la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents;
c  l'inopportunité: ce grief ne peut être invoqué lorsqu'une autorité cantonale a statué comme autorité de recours.
PA), la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents (art. 49 let. b
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 49 - Le recourant peut invoquer:
a  la violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation;
b  la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents;
c  l'inopportunité: ce grief ne peut être invoqué lorsqu'une autorité cantonale a statué comme autorité de recours.
PA) ou l'inopportunité (art. 49 let. c
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 49 - Le recourant peut invoquer:
a  la violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation;
b  la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents;
c  l'inopportunité: ce grief ne peut être invoqué lorsqu'une autorité cantonale a statué comme autorité de recours.
PA; cf. Moser/Beusch/Kneubühler, op. cit., n. 2.149; Ulrich Häfelin/Georg Müller/Felix Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrecht, 5e éd., Zurich/Bâle/Genève 2006, n. marg. 1758 ss). Le Tribunal administratif fédéral applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués (cf. art. 62 al. 4
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 62
1    L'autorité de recours peut modifier la décision attaquée à l'avantage d'une partie.
2    Elle peut modifier au détriment d'une partie la décision attaquée, lorsque celle-ci viole le droit fédéral ou repose sur une constatation inexacte ou incomplète des faits: pour inopportunité, la décision attaquée ne peut être modifiée au détriment d'une partie, sauf si la modification profite à la partie adverse.
3    Si l'autorité de recours envisage de modifier, au détriment d'une partie, la décision attaquée, elle l'informe de son intention et lui donne l'occasion de s'exprimer.
4    Les motifs invoqués à l'appui du recours ne lient en aucun cas l'autorité de recours.
PA) ni par l'argumentation juridique développée dans la décision entreprise (cf. Pierre Moor, Droit administratif, vol. II, Berne 2002, p. 265). La procédure est régie par la maxime inquisitoire, ce qui signifie que le Tribunal administratif fédéral définit les faits et apprécie les preuves d'office et librement (cf. art. 12
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 12 - L'autorité constate les faits d'office et procède s'il y a lieu à l'administration de preuves par les moyens ci-après:
a  documents;
b  renseignements des parties;
c  renseignements ou témoignages de tiers;
d  visite des lieux;
e  expertises.
PA). Les parties doivent toutefois collaborer à l'établissement des faits (cf. art. 13
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 13
1    Les parties sont tenues de collaborer à la constatation des faits:
a  dans une procédure qu'elles introduisent elles-mêmes;
b  dans une autre procédure, en tant qu'elles y prennent des conclusions indépendantes;
c  en tant qu'une autre loi fédérale leur impose une obligation plus étendue de renseigner ou de révéler.
1bis    L'obligation de collaborer ne s'étend pas à la remise d'objets et de documents concernant des contacts entre une partie et son avocat, si celui-ci est autorisé à pratiquer la représentation en justice en vertu de la loi du 23 juin 2000 sur les avocats34.35
2    L'autorité peut déclarer irrecevables les conclusions prises dans une procédure au sens de l'al. 1, let. a ou b, lorsque les parties refusent de prêter le concours nécessaire qu'on peut attendre d'elles.
PA) et motiver leur recours (cf. art. 52
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 52
1    Le mémoire de recours indique les conclusions, motifs et moyens de preuve et porte la signature du recourant ou de son mandataire; celui-ci y joint l'expédition de la décision attaquée et les pièces invoquées comme moyens de preuve, lorsqu'elles se trouvent en ses mains.
2    Si le recours ne satisfait pas à ces exigences, ou si les conclusions ou les motifs du recourant n'ont pas la clarté nécessaire, sans que le recours soit manifestement irrecevable, l'autorité de recours impartit au recourant un court délai supplémentaire pour régulariser le recours.
3    Elle avise en même temps le recourant que si le délai n'est pas utilisé, elle statuera sur la base du dossier ou si les conclusions, les motifs ou la signature manquent, elle déclarera le recours irrecevable.
PA). En conséquence, l'autorité saisie se limite en principe aux griefs soulevés et n'examine les questions de droit non invoquées que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y invitent clairement (cf. ATF 122 V 157 consid. 1a, 121 V 204 consid. 6c; Jurisprudence des autorités administratives de la Confédération [JAAC] 61.31 consid. 3.2.2; Alfred Kölz/Isabelle Häner, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 2e éd., Zurich 1998, no 677).

2.2 Le Tribunal administratif fédéral s'impose toutefois une certaine retenue dans son examen en matière de taxation par estimation et reprend ainsi la jurisprudence en la matière de la Commission fédérale de recours en matière de contributions (CRC) (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1397 et A-1398/2006 du 19 juillet 2007 consid. 2.1, A-1535/2006 du 14 mars 2007 consid. 2.1; décision de la CRC du 10 mai 2005 [CRC 2004-023] consid. 1b, du 24 octobre 2005, publiée dans la JAAC 70.41 consid. 2d/cc, et du 14 mai 2003, publiée dans la JAAC 67.122 consid. 2c/cc). Par contre, pour voir si les conditions d'une taxation par estimation sont réunies, l'examen du Tribunal administratif fédéral - à l'instar de la CRC - est illimité (arrêt du Tribunal fédéral 2C_426/2007 du 22 novembre 2007 consid. 4.3; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-4360/2008 et A-4415/2008 du 4 mars 2010 consid. 2.6.1, ainsi que A-1454/2006 du 26 septembre 2007 consid. 2.1; décision de la CRC du 3 décembre 2003, publiée dans la JAAC 68.73 consid. 1c; voir également PASCAL MOLLARD/XAVIER OBERSON/ANNE TISSOT BENEDETTO, Traité TVA, Bâle 2009, p. 881 s. n. 277 s.).

2.3 Si l'autorité de recours reste dans l'incertitude après avoir procédé aux investigations requises, elle appliquera les règles sur la répartition du fardeau de la preuve. Dans ce cadre, et à défaut de disposition spéciale en la matière, le juge s'inspire de l'art. 8
SR 210 Code civil suisse du 10 décembre 1907
CC Art. 8 - Chaque partie doit, si la loi ne prescrit le contraire, prouver les faits qu'elle allègue pour en déduire son droit.
du Code civil suisse du 10 décembre 1907 (CC, RS 210), en vertu duquel quiconque doit prouver les faits qu'il allègue pour en déduire un droit. Autrement dit, il incombe à l'administré d'établir les faits qui sont de nature à lui procurer un avantage et à l'administration de démontrer l'existence de ceux qui imposent une obligation en sa faveur. Le défaut de preuve va au détriment de la partie qui entendait tirer un droit du fait non prouvé (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1604/2006 du 4 mars 2010 consid. 3.5, A-1557/2006 du 3 décembre 2009 consid. 1.6, A-680/2007 du 8 juin 2009 consid. 5, ainsi que A-1596/2006 du 2 avril 2009 consid. 1.4; Moor, op. cit., p. 263 ; Blaise Knapp, Précis de droit administratif, Bâle et Francfort-sur-le-Main 1991, n° 2021, p. 419).

3.
3.1 En matière de TVA, la déclaration et le paiement de l'impôt ont lieu selon le principe de l'auto-taxation (art. 37 aOTVA et 46 aLTVA ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-4360/2008 et A-4415/2008 du 4 mars 2010 consid. 2.4 avec renvois; cf. Ernst Blumenstein/Peter Locher, System des schweizerischen Steuerrechts, 6e éd., Zurich 2002, p. 421ss). Cela signifie que l'assujetti lui-même est tenu de déclarer spontanément l'impôt et l'impôt préalable à l'AFC, et qu'il doit verser à celle-ci l'impôt dû (impôt sur le chiffre d'affaires moins impôt préalable) dans les soixante jours qui suivent l'expiration de la période de décompte. En d'autres termes, l'administration n'a pas à intervenir à cet effet. L'AFC n'établit le montant de l'impôt à la place de l'assujetti que si celui-ci ne remplit pas ses obligations (cf. ALOIS CAMENZIND/NIKLAUS HONAUER, Manuel du nouvel impôt sur la taxe à la valeur ajoutée [TVA] destiné aux entreprises et conseillers fiscaux, Ed. française par Marco Molino, Berne 1996, p. 270). L'assujetti doit ainsi établir lui-même la créance fiscale le concernant; il est seul responsable de l'imposition complète et exacte de ses opérations imposables et du calcul correct de l'impôt préalable (cf. Commentaire du Département fédéral des finances de l'Ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée du 22 juin 1994 ?Commentaire DFF?, p. 38; arrêt du Tribunal fédéral 2C_614/2007 du 17 mars 2008 consid. 4.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4072/2007 du 11 mars 2009 consid. 2.1 et A-6150/2007 du 26 février 2008 consid. 2.4). Enfin, il incombe à l'assujetti lui-même d'examiner et de contrôler s'il remplit les conditions d'assujettissement (arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1619/2006 du 7 avril 2009 consid. 2.2 et A-1634/2006 du 31 mars 2009 consid. 3.1 à 3.3).

3.2 Aux termes de l'art. 17 al. 1 aOTVA, respectivement 21 aLTVA, est assujetti subjectivement, celui qui exerce de manière indépendante une activité commerciale ou professionnelle, même s'il manque l'intention de faire des bénéfices, pour autant que le montant des livraisons, des prestations de services et des prestations à soi-même dépassent annuellement Fr. 75'000.- (arrêt du Tribunal fédéral du 10 février 1999, publié dans les Archives de droit fiscal suisse [Archives] vol. 68 p. 669; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4360/2008 et A-4415/2008 du 4 mars 2010 consid. 2.1, A-1652/2006 du 22 juin 2009 consid. 2.1, ainsi que A-1578/2006 du 2 octobre 2008 consid. 2.2). Demeure réservée la limitation de l'art. 19 al. 1 let. a aOTVA, respectivement 25 al. 1 let. a aLTVA, selon laquelle ne sont pas assujettis les entrepreneurs dont la dette fiscale nette s'élève à moins de Fr. 4'000.-, en présence d'un chiffre d'affaires entre Fr. 75'000.- et Fr. 250'000.-.

3.3 Selon l'art. 21 al. 1 aOTVA, respectivement 28 al. 1 aLTVA, le début matériel de l'assujettissement commence à l'expiration de l'année civile au cours de laquelle le chiffre d'affaires déterminant, c'est-à-dire Fr. 75'000.-, a été atteint (JEAN-MARC RIVIER/ANNIE ROCHAT PAUCHARD, Droit fiscal suisse, La taxe sur la valeur ajoutée, Lausanne 2000, p. 108 ss). Cette règle est en soi contraire au principe de la neutralité TVA et de l'égalité de traitement, mais il est ainsi tenu compte du principe du transfert et du principe de la sécurité du droit (JAAC 63.76 consid. 3b/bb).

4.
4.1 Selon l'art. 47 al. 1 aOTVA, respectivement 58 al. 1 aLTVA, l'assujetti doit tenir ses livres comptables de telle manière que les faits importants pour la détermination de l'assujettissement, ainsi que pour le calcul de l'impôt et celui de l'impôt préalable, puissent y être constatés aisément et de manière sûre. L'AFC peut rédiger des prescriptions spéciales à ce sujet, ce qu'elle a fait avec l'édition des « Instructions à l'usage des assujettis TVA » de l'automne 1994 et du printemps 1997 (Instructions, ch. 870ss), respectivement avec la brochure « TVA Organisation comptable » de février 1994. L'assujetti doit être attentif au fait que le suivi des opérations commerciales, à partir de la pièce justificative jusqu'au décompte TVA en passant par la comptabilité (et vice-versa) doit pouvoir être garanti sans perte de temps importante (art. 47 al. 1 aOTVA en relation avec le ch. 882 des Instructions, respectivement la brochure TVA « Organisation comptable », p. 11; Archives vol. 66 p. 67 consid. 2a ; JAAC 64.83 consid. 2, 63.94 consid. 4a, 63.25 consid. 3a; TVA-Journal 4/98, p. 168 ss, consid. 6a/a). Les Instructions 2001 sur la TVA (Instructions 2001), rédigées suite à l'adoption de l'aLTVA, ont repris les mêmes principes (cf. ch. 881 ss; arrêt du Tribunal fédéral 2C_426/2007 du 22 novembre 2007 in Revue de droit administratif et de droit fiscal [RDAF] 2008, 2ème partie, p. 20 ss consid. 3.1; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1634/2006 du 31 mars 2009 consid. 3.5). En substance, l'AFC attire l'attention de l'intéressé sur le fait qu'une comptabilité qui n'est pas tenue correctement, de même que l'absence de bouclements, de documents et de pièces justificatives peuvent, notamment en cas de contrôle fiscal, avoir des répercussions préjudiciables et entraîner un calcul de la TVA par approximation (ch. 881 des Instructions, repris au ch. 892 des Instructions 2001).

4.2 Conformément à l'art. 47 al. 2 aOTVA, l'assujetti doit conserver en bon ordre pendant six ans ses livres comptables, pièces justificatives, papiers d'affaires et autres documents. Il est également précisé que lorsque, au terme du délai de conservation, la créance fiscale à laquelle se rapportent les pièces précitées n'est pas encore prescrite, cette obligation subsiste jusqu'à la survenance de la prescription (art. 47 al. 2 in fine aOTVA ; cf. également les ch. 938 ss. des Instructions). Sous l'angle de l'aLTVA, l'art. 58 al. 2 aLTVA reprend pour l'essentiel les termes de l'aOTVA mais la durée de conservation des pièces a été portée à dix ans (à ce sujet, cf. les ch. 943 ss. des Instructions 2001 ; Willi Leutenegger, mwst.com, Kommentar zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, Bâle 2000, n. 3 ad art. 58 aLTVA).

5.
5.1 Aux termes de l'art. 48 aOTVA, respectivement 60 aLTVA, si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou si les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède à une estimation dans les limites de son pouvoir d'appréciation (arrêts du Tribunal fédéral 2C_170/2008 du 30 juillet 2008 consid. 4 et 2A.552/2006 du 1er février 2007 consid. 3.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1634/2006 du 31 mars 2006 consid. 3.6 et A-1475/2006 du 20 novembre 2008 consid. 2.3). La taxation par estimation est une sorte de taxation d'office que l'autorité se voit dans l'obligation d'utiliser en cas de lacunes de la comptabilité. La taxation par estimation peut être soit interne, soit externe. La taxation interne, sans et sous réserve d'un contrôle sur place, survient à la suite d'une non-remise de décomptes, tandis que la taxation externe est exécutée à la suite d'un contrôle sur place (sur cette distinction, cf. Pascal Mollard, TVA et taxation par estimation, in : Archives vol. 69, p. 520ss ; concernant l'aLTVA, cf. JAAC 68.23 consid. 2b). Lorsqu'elle procède par voie d'évaluation, l'autorité de taxation doit choisir la méthode d'estimation qui lui permet le plus possible de tenir compte des conditions particulières prévalant dans l'entreprise en cause (cf. les arrêts récents du Tribunal administratif fédéral A-4360/2007 du 3 juillet 2009 consid. 4.1 et A-6552/2007 du 19 mai 2009 consid. 5.2.4; JAAC 67.23 consid. 4a, 64.83 consid. 3a, 63.27 consid. 4a et b ; Mollard, op. cit., p. 550 ss). Entrent en ligne de compte, d'une part, les méthodes qui tendent à compléter ou reconstruire une comptabilité déficiente et, d'autre part, celles qui s'appuient sur des chiffres d'expérience en relation avec des résultats partiels incontestés ressortant de la comptabilité (arrêts du Tribunal fédéral 2A.253/2005 du 3 février 2006 consid. 4.2; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1600/2006 du 27 novembre 2007 consid. 5.4; Nicolas Schaller/Yves Sudan/Pierre Scheuner/Pascal Huguenot, TVA annotée, Genève Zurich Bâle 2005, ad art. 60 aLTVA ch. 2.3 p. 270 et les références citées).

5.2 Dans la procédure de recours, l'assujetti peut contester et remettre en cause, d'une part la réalisation des conditions de l'estimation et, d'autre part, l'estimation du chiffre d'affaires aval en tant que telle. Il a la possibilité de fournir les moyens de preuve nécessaires, afin d'attester du caractère manifestement erroné de l'estimation effectuée par l'administration. Si les conditions de la taxation par voie d'estimation sont remplies, c'est à lui qu'il revient d'apporter la preuve du caractère manifestement inexact de l'estimation (arrêt du Tribunal fédéral 2A.580/1999 du 21 juin 2000; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1636/2006 et A-1637/2006 du 2 juillet 2008 consid. 2.5, A-1550/2006 du 16 mai 2008 consid. 5.2, A-1527/2006 et A-1528/2006 du 6 mars 2008 consid. 2.4, A-1429/2006 du 29 août 2007 consid. 2.4 et A-1721/2006 du 6 mars 2007 consid. 4.1; JAAC 64.47 consid. 5b in RDAF 2000, 2e partie, p. 350). Dans la mesure où l'AFC a le droit et le devoir de rectifier le montant dû par voie d'estimation, il appartient au contribuable, qui a présenté une comptabilité inexacte et qui est dans l'incapacité d'établir que l'estimation faite par l'administration ne correspond manifestement pas à la réalité, de supporter les désavantages d'une situation illégale qu'il a lui-même créée (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.569/2006 du 28 février 2007 consid. 3.3 in fine; JAAC 67.82 consid. 4a/cc). Ce n'est qu'au moment où l'assujetti apporte la preuve du fait que l'instance précédente a commis de très importantes erreurs d'appréciation lors de l'estimation que le Tribunal de céans remplace par sa propre appréciation celle de l'instance précédente.

6.
En l'espèce, sans contester en tant que tel son assujettissement à la TVA à partir du 1er janvier 1999, la recourante refuse l'estimation telle qu'effectuée par l'AFC, considérant que cette dernière n'a pas respecté les limites de son pouvoir d'appréciation. Elle fait valoir que l'utilisation des divers coefficients aboutit à un résultat sans lien avec sa réalité économique. En l'état, il y a d'abord lieu d'examiner si les conditions d'une taxation par estimation sont réunies (consid. 6.1). Le cas échéant, il s'imposera de vérifier la pertinence de l'estimation effectuée par l'AFC, notamment au regard des chiffres d'expérience qu'elle a utilisé (consid. 6.2), avant de contrôler l'exactitude du moment du début de l'assujettissement de la recourante ayant conduit à une immatriculation rétroactive (consid. 6.3).

6.1 Il ressort du dossier que l'autorité fiscale a procédé à juste titre à une estimation du chiffre d'affaires de l'activité de la recourante dans les limites de son pouvoir d'appréciation, puisque la comptabilité de celle-ci n'a pas été tenue régulièrement dès le début de son activité. Il convient de rappeler à cet égard qu'il découle du principe d'auto-taxation développé ci-dessus (consid. 3.1) que c'est à l'assujetti lui-même d'établir la créance fiscale le concernant et qu'il est ainsi seul responsable de l'imposition complète et exacte de ses opérations imposables, l'AFC n'intervenant que s'il ne remplit pas ses obligations. Le Tribunal de céans rappelle que seul un examen de l'ensemble des livres permet de s'assurer que la totalité des mouvements de marchandises et des opérations imposables a bien été régulièrement passé en compte (Archives 58 p. 380 et 35 p. 49s) et que même si l'activité de l'assujetti génère une faible circulation d'argent liquide, celui-ci doit tenir au moins un livre de caisse en bonne et due forme (JAAC 68.73 consid. 2b).
En raison d'importantes lacunes constatées dans la comptabilité de la recourante, plus précisément en l'absence totale de documents comptables ou pièces permettant de justifier les chiffres d'affaires déclarés dans le questionnaire pour l'enregistrement comme contribuable TVA, l'AFC a été contrainte de déterminer par estimation le chiffre d'affaires réalisé par celle-ci au cours de la période contrôlée, afin de pouvoir vérifier si son assujettissement et les créances fiscales en découlant étaient fondés. En effet, la jurisprudence en la matière confirme que l'AFC peut procéder à une estimation dans les limites de son pouvoir d'appréciation, lorsque les pièces sont incomplètes ou font défaut ou lorsque les résultats qui ont été annoncés par le déclarant ne correspondent manifestement pas aux faits (voir ci-dessus, consid. 5.1; arrêts du Tribunal fédéral 2A.569/2006 du 28 février 2007 consid. 4.2 et 2A.253/2005 du 3 février 2006 consid. 3.2 [dont les nombreuses références citées] et 3.3). Par conséquent, les conditions d'une estimation par l'AFC étaient dès lors réalisées sur le principe.
6.2
6.2.1 S'agissant de l'estimation elle-même, il faut d'abord constater qu'en l'occurrence, la recourante n'a produit, pour seules pièces justificatives, que des documents en lien avec les prêts qui lui ont été accordés et des documents concernant la patente de son établissement. Dans le cadre de son recours, l'occasion lui a pourtant été donnée d'apporter les preuves et pièces comptables nécessaires, afin d'établir au plus près la réalité de l'estimation de ses chiffres d'affaires. Toutefois, elle ne l'a pas saisie, les documents comptables faisant entièrement défaut.
En fait, dans le cadre de la détermination des chiffres d'affaires de l'activité de la recourante pour les périodes fiscales concernées par les décisions sur réclamation, la recourante ne conteste que les coefficients expérimentaux utilisés par l'administration.
6.2.2 La recourante conteste en effet l'utilisation par l'AFC de coefficients d'expérience, soutenant que les statistiques utilisées, relatives à l'exploitation de restaurants de montagne, ne lui ont pas été communiquées.
Lorsqu'elle procède à une estimation, l'AFC se base en effet sur des coefficients expérimentaux, afin de se rapprocher le plus possible de la réalité. Le fait que l'AFC se base sur les moyennes en vigueur dans la branche ne signifie toutefois pas que tous les restaurateurs - en l'occurrence de montagne - sont obligés de moduler leurs prix de manière à obtenir une marge brute conforme à la moyenne. Il est toutefois nécessaire que l'assujetti qui présente une structure de coûts inhabituelle par rapport à la moyenne puisse l'expliquer par des pièces justificatives. La jurisprudence et la doctrine ont même admis que des résultats comptables formellement corrects pouvaient justifier une taxation par estimation en cas de disproportion manifeste entre les résultats comptabilisés et le chiffre d'affaires qui aurait pu être obtenu selon l'expérience, si cette divergence ne peut pas être expliquée de manière plausible (voir l'arrêt du Tribunal fédéral 2C_171/2008 du 30 juillet 2008 consid. 4.3 in fine; voir également MOLLARD, op. cit., p. 544 et les nombreuses références de jurisprudence citées).
6.2.3 L'assujetti a - conformément à une demande en ce sens (voir les art. 26
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 26
1    La partie ou son mandataire a le droit de consulter les pièces suivantes au siège de l'autorité appelée à statuer ou à celui d'une autorité cantonale désignée par elle:
a  les mémoires des parties et les observations responsives d'autorités;
b  tous les actes servant de moyens de preuve;
c  la copie de décisions notifiées.
1bis    Avec l'accord de la partie ou de son mandataire, l'autorité peut lui communiquer les pièces à consulter par voie électronique.65
2    L'autorité appelée à statuer peut percevoir un émolument pour la consultation des pièces d'une affaire liquidée: le Conseil fédéral fixe le tarif des émoluments.
à 28
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 28 - Une pièce dont la consultation a été refusée à la partie ne peut être utilisée à son désavantage que si l'autorité lui en a communiqué, oralement ou par écrit, le contenu essentiel se rapportant à l'affaire et lui a donné en outre l'occasion de s'exprimer et de fournir des contre-preuves.
PA) - un droit d'être entendu sur ces chiffres d'expérience. Il découle de ce droit, la possibilité pour le recourant de consulter le dossier spécial y afférent (ATF 122 I 109 consid. 2a, 131 V 35 consid. 4.2; arrêt du Tribunal administratif fédéral 2A.485/2004 du 18 mai 2005 consid. 9; cf. également les décisions de la Commission de recours CRC 2002-158 du 8 juin 2004 consid. 4d et CRC 2002-117 du 18 juillet 2003 consid. 1d, ainsi que la décision incidente CRC 2003-054 du 19 septembre 2003). Eu égard au secret fiscal (concernant la TVA, voir l'art. 44 aOTVA, respectivement l'art. 55 aLTVA), la personne sollicitant un droit à la consultation dudit dossier ne doit se voir accorder le droit de consulter les données et les chiffres invoqués à titre comparatif que dans la mesure où ceux-ci ne peuvent ensuite pas être mis en relation avec certains assujettis identifiables (ATF 105 Ib 181 consid. 4b). La communication des chiffres est ainsi admissible, pour autant que l'identification des entreprises de comparaison ne soit pas possible (arrêt du Tribunal fédéral 2A.651/2005 du 21 novembre 2006 consid. 2.5, publié dans la RDAF 2007 II p. 140 ss, ainsi que le commentaire de Xavier Oberson et Jacques Pittet dans les Archives vol. 77 p. 45ss). En outre, l'octroi du droit de consulter les pièces ne doit pas conduire à dévoiler des secrets d'affaires ou d'entreprise d'autres assujettis, même lorsque ces pièces sont anonymisées (arrêt du Tribunal fédéral 2A.651/2005 du 21 novembre 2006 consid. 2.9.1; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-5754/2008 du 5 novembre 2009 consid. 2.8.5). La question de savoir dans quelle mesure les données contenues dans le dossier concerné peuvent être utiles à l'assujetti pour attaquer la procédure de taxation par estimation n'est pas décisive. Il n'est pas non plus déterminant de savoir si elle a informé l'assujetti au sujet des fondements de sa reprise fiscale, si elle lui a démontré de manière détaillée quels aspects ont été pris en considération pour le calcul du chiffre d'affaires et comment les valeurs comparatives compilées ont été utilisées (arrêt du Tribunal fédéral précité du 21 novembre 2006 consid. 2.9.3; voir également Martin Kocher, Einsichtnahme auch in ein vertrauliches "Spezialdossier" der ESTV - Neue Rechtspraxis erlaubt vertiefte Akteneinsicht - noch ungeklärte Aufdeckungspflicht, dans: l'Expert comptable 2007 n° 3 p. 201 ss, en particulier le consid. 3.2.3).
6.2.4 En l'occurrence et la recourante déplorant que les coefficients d'expérience ne lui ont pas été communiqués, le Tribunal administratif fédéral lui a accordé le droit à la consultation du dossier spécial de l'AFC relatif aux chiffres d'expérience, dans les conditions précitées. Un exemplaire caviardé a dès lors été remis à la recourante, à savoir sans le numéro de TVA des restaurants et l'adresse de ces derniers ayant été remplacée par la région concernée - Suisse allemande, Romandie ou Tessin.
Au vu du dossier spécial produit par l'autorité inférieure et relatif aux restaurants de montagne, la recourante estime que les marges brutes moyennes de ces restaurateurs ne peuvent être mises en comparaison avec son exploitation, ceux-ci n'ayant aucune commune mesure avec la modeste métairie qu'elle exploite. Certes, certains restaurants recensés ne sont pas du même volume que la recourante et n'ont pas la même accessibilité ou même attraction, ayant même un débit sensiblement plus élevé. Néanmoins, il est également recensé des établissements de moindre gabarit, telles que buvettes ou restaurants d'alpage manifestement de plus ou moins même envergure que la recourante. A ce propos, la recourante a fourni quelques explications relatives à la modicité de sa marge brute: la métairie qu'elle exploite a des périodes d'ouverture restreintes et ne peut être comparée à un restaurant de montagne d'un haut lieu touristique. Elle estime également que les différents prêts qui lui ont été accordés n'ont pas été pris en compte par l'AFC.
Même si ces indications pourraient justifier partiellement la structure du chiffre d'affaires de la recourante, les affirmations de celle-ci ne sont pourtant pas vérifiables. En effet, il faut constater que les pièces comptables à disposition sont insuffisantes et ne permettent pas, comme on l'a vu, d'établir de manière fiable les opérations déterminantes pour le calcul de la TVA, comme le ferait un livre de caisse ou autre document comptable qui pourrait justifier les chiffres d'affaires déclarés au service du commerce et des patentes. De plus, il convient de rappeler qu'une estimation effectuée par l'AFC sert à déterminer le chiffre d'affaires de l'entreprise, le financement de celle-ci, notamment par des prêts, ne jouant aucun rôle dans la détermination du chiffre d'affaires.
Au surplus, il faut constater que la marge brute litigieuse est une moyenne qui tient manifestement compte des circonstances particulières de la situation de la recourante et permet ainsi une approximation suffisamment précise de son chiffre d'affaires réel. En effet, le Tribunal de céans constate que selon le dossier spécial de l'AFC relatif aux restaurants de montagne, la moyenne des marges brutes des restaurants avec ouverture saisonnière, à savoir de ceux qui ont des périodes d'ouverture restreintes, soit en l'occurrence au moins 17 des 87 établissements recensés, s'élève à 65% du chiffre d'affaires réalisé - les matières utilisées représentant ici, à partir du minimum vital, le 35% du chiffre d'affaires -, moyenne qui fut dûment prise en compte par l'AFC pour la situation de la recourante, alors que la marge brute moyenne de tous les établissements de montagne recensés dans l'échantillon de l'AFC, soit 87 au total, s'élève à 67%. L'AFC a donc pris en compte la situation particulière de la recourante, précisément à l'aide des coefficients expérimentaux à disposition et soigneusement répertoriés.
Les arguments de la recourante sont ainsi dénués de pertinence, celle-ci n'apportant rien qui puisse mettre en doute l'estimation contestée et le droit d'être entendu de la recourante ayant été respecté, précisément réparé par-devant le Tribunal administratif fédéral (TAF). Par ailleurs, il est certain qu'une estimation effectuée par l'AFC ne reflète pas exactement la situation de la recourante. Néanmoins, en omettant de tenir ses livres conformément aux exigences légales et étant responsable de l'ouverture de la procédure de taxation par voie d'estimation, la recourante est elle-même également responsable des quelques incertitudes qui peuvent encore subsister, telle que l'imprécision qui résulte nécessairement d'une moyenne (arrêt du Tribunal fédéral 2C_429/2009 du 9 novembre 2009 consid. 5.2, dernière phrase).
Enfin, il importe de rappeler que la taxation par estimation ne doit pas être considérée comme une sanction visant un comportement répréhensible, mais comme une mesure qui intervient lorsque le fisc ne parvient pas à élucider tous les faits pertinents pour établir la créance fiscale (Mollard, op. cit., p. 524 ; Rivier/Rochat, op. cit., p. 169).
6.2.5 En outre, l'AFC a clairement exposé les différentes étapes de son calcul du chiffre d'affaires brut estimé (calcul du minimum vital, détermination des matières utilisées et application des coefficients expérimentaux), ainsi que de l'impôt dû correspondant, calculé en appliquant la méthode du taux de la dette fiscale nette, nécessaire pour fixer l'impôt préalable à valoir sur les dépenses de marchandise et de matériel, ainsi que sur les investissements et les frais généraux qui est ainsi pris en compte de manière forfaitaire. Le Tribunal de céans n'a pas de raison de remettre en cause, en l'occurrence, l'estimation des chiffres d'affaires, ni l'application du TDFN, même si cette manière de faire ne va pas sans poser certains problèmes de légalité et de rétroactivité, constituant une quasi-tolérance en faveur de la recourante (voir la brochure spéciale n° 02 de l'AFC, ch. 2.4.1, appliquée dès le 1er janvier 2008; voir aussi l'arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1614/2006 du 1er octobre 2008). Par ailleurs, la recourante n'a, à l'évidence, pas prouvé que l'estimation de l'AFC était manifestement inexacte. Dans ces circonstances, le Tribunal administratif fédéral confirme l'estimation, telle qu'effectuée par l'AFC.

6.3 S'agissant, enfin, de la date de l'immatriculation rétroactive, il sied de la confirmer à la lumière de l'estimation effectuée. D'ailleurs, la recourante ne s'en prend finalement qu'à l'estimation elle-même et non à la réalisation des conditions d'assujettissement ni davantage à la date de son début. En tout cas, sa motivation ne se fonde pas directement sur une application prétendument erronée de l'art. 21 al. 1 aOTVA respectivement 28 al. 1 aLTVA (cf. consid. 3.3 ci-dessus). Aucun indice résultant du dossier n'infirme à première vue la pertinence du moment de la rétroactivité décidée par l'autorité fiscale. Un contrôle plus approfondi du Tribunal de céans ne s'impose donc pas.

7.
Les considérations qui précèdent conduisent le Tribunal administratif fédéral à rejeter les recours. Vu l'issue de la cause, en application de l'art. 63 al. 1
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 63
1    En règle générale, les frais de procédure comprenant l'émolument d'arrêté, les émoluments de chancellerie et les débours sont mis, dans le dispositif, à la charge de la partie qui succombe. Si celle-ci n'est déboutée que partiellement, ces frais sont réduits. À titre exceptionnel, ils peuvent être entièrement remis.
2    Aucun frais de procédure n'est mis à la charge des autorités inférieures, ni des autorités fédérales recourantes et déboutées; si l'autorité recourante qui succombe n'est pas une autorité fédérale, les frais de procédure sont mis à sa charge dans la mesure où le litige porte sur des intérêts pécuniaires de collectivités ou d'établissements autonomes.
3    Des frais de procédure ne peuvent être mis à la charge de la partie qui a gain de cause que si elle les a occasionnés en violant des règles de procédure.
4    L'autorité de recours, son président ou le juge instructeur perçoit du recourant une avance de frais équivalant aux frais de procédure présumés. Elle lui impartit pour le versement de cette créance un délai raisonnable en l'avertissant qu'à défaut de paiement elle n'entrera pas en matière. Si des motifs particuliers le justifient, elle peut renoncer à percevoir la totalité ou une partie de l'avance de frais.101
4bis    L'émolument d'arrêté est calculé en fonction de l'ampleur et de la difficulté de la cause, de la manière de procéder des parties et de leur situation financière. Son montant est fixé:
a  entre 100 et 5000 francs dans les contestations non pécuniaires;
b  entre 100 et 50 000 francs dans les autres contestations.102
5    Le Conseil fédéral établit un tarif des émoluments.103 L'art. 16, al. 1, let. a, de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral104 et l'art. 73 de la loi du 19 mars 2010 sur l'organisation des autorités pénales105 sont réservés.106
PA et de l'art. 1 ss
SR 173.320.2 Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF)
FITAF Art. 1 Frais de procédure
1    Les frais de procédure devant le Tribunal administratif fédéral (tribunal) comprennent l'émolument judiciaire et les débours.
2    L'émolument judiciaire couvre les frais de photocopie des mémoires et les frais administratifs normaux, tels que les frais pour le personnel, les locaux et le matériel ainsi que les frais postaux, téléphoniques et de télécopie.
3    Les débours comprennent notamment les frais de traduction et les frais occasionnés par l'administration des preuves. Les frais de traduction ne sont pas facturés lorsqu'il s'agit de la traduction d'une langue officielle à une autre.
du Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF, RS 173.320.2), les frais de procédure, par Fr. 5'500.-, comprenant l'émolument judiciaire et les débours, sont mis à la charge de la recourante qui succombe. L'autorité de recours impute, dans le dispositif, l'avance sur les frais de procédure correspondants. Une indemnité à titre de dépens n'est pas allouée à la recourante (art. 64 al. 1
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 64
1    L'autorité de recours peut allouer, d'office ou sur requête, à la partie ayant entièrement ou partiellement gain de cause une indemnité pour les frais indispensables et relativement élevés qui lui ont été occasionnés.
2    Le dispositif indique le montant des dépens alloués qui, lorsqu'ils ne peuvent pas être mis à la charge de la partie adverse déboutée, sont supportés par la collectivité ou par l'établissement autonome au nom de qui l'autorité inférieure a statué.
3    Lorsque la partie adverse déboutée avait pris des conclusions indépendantes, les dépens alloués peuvent être mis à sa charge, dans la mesure de ses moyens.
4    La collectivité ou l'établissement autonome au nom de qui l'autorité inférieure a statué répond des dépens mis à la charge de la partie adverse déboutée en tant qu'ils se révéleraient irrécouvrables.
5    Le Conseil fédéral établit un tarif des dépens.107 L'art. 16, al. 1, let. a, de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral108 et l'art. 73 de la loi du 19 mars 2010 sur l'organisation des autorités pénales109 sont réservés.110
PA a contrario, respectivement art. 7 al. 1
SR 173.320.2 Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF)
FITAF Art. 7 Principe
1    La partie qui obtient gain de cause a droit aux dépens pour les frais nécessaires causés par le litige.
2    Lorsqu'une partie n'obtient que partiellement gain de cause, les dépens auxquels elle peut prétendre sont réduits en proportion.
3    Les autorités fédérales et, en règle générale, les autres autorités parties n'ont pas droit aux dépens.
4    Si les frais sont relativement peu élevés, le tribunal peut renoncer à allouer des dépens.
5    L'art. 6a s'applique par analogie.7
FITAF a contrario).

Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :

1.
Les causes A-1857/2007 et A-1911/2007 sont jointes et réunies sous un seul numéro de dossier, soit le A-1857/2007.

2.
Les recours sont rejetés.

3.
Les frais de procédure, par Fr. 5'500.-, sont mis à la charge de la recourante et imputés sur les avances de frais déjà versées de Fr. 2'500.- et Fr. 3'000.-.

4.
Il n'est pas alloué de dépens.

5.
Le présent arrêt est adressé :
à la recourante (Acte judiciaire)
à l'autorité inférieure (Acte judiciaire)

L'indication des voies de droit figure à la page suivante.

Le président du collège : La greffière :

Pascal Mollard Chantal Schiesser-Degottex

Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 82 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours:
a  contre les décisions rendues dans des causes de droit public;
b  contre les actes normatifs cantonaux;
c  qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.
, 90
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 90 Décisions finales - Le recours est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure.
ss et 100 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF, RS 173.110]). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains de la partie recourante (voir art. 42
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
1    Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
2    Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.15 16
3    Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
4    En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique17. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
a  le format du mémoire et des pièces jointes;
b  les modalités de la transmission;
c  les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.18
5    Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
6    Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
7    Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.
LTF).
Expédition :
Information de décision   •   DEFRITEN
Document : A-1857/2007
Date : 06 avril 2010
Publié : 27 avril 2010
Source : Tribunal administratif fédéral
Statut : Non publié
Domaine : Impôts indirects
Objet : TVA (aOTVA-aLTVA); assujettissement rétroactif; taxation par estimation (1er semeste 1999 au 2e semestre 2003)


Répertoire des lois
CC: 8
SR 210 Code civil suisse du 10 décembre 1907
CC Art. 8 - Chaque partie doit, si la loi ne prescrit le contraire, prouver les faits qu'elle allègue pour en déduire son droit.
FITAF: 1 
SR 173.320.2 Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF)
FITAF Art. 1 Frais de procédure
1    Les frais de procédure devant le Tribunal administratif fédéral (tribunal) comprennent l'émolument judiciaire et les débours.
2    L'émolument judiciaire couvre les frais de photocopie des mémoires et les frais administratifs normaux, tels que les frais pour le personnel, les locaux et le matériel ainsi que les frais postaux, téléphoniques et de télécopie.
3    Les débours comprennent notamment les frais de traduction et les frais occasionnés par l'administration des preuves. Les frais de traduction ne sont pas facturés lorsqu'il s'agit de la traduction d'une langue officielle à une autre.
7
SR 173.320.2 Règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF)
FITAF Art. 7 Principe
1    La partie qui obtient gain de cause a droit aux dépens pour les frais nécessaires causés par le litige.
2    Lorsqu'une partie n'obtient que partiellement gain de cause, les dépens auxquels elle peut prétendre sont réduits en proportion.
3    Les autorités fédérales et, en règle générale, les autres autorités parties n'ont pas droit aux dépens.
4    Si les frais sont relativement peu élevés, le tribunal peut renoncer à allouer des dépens.
5    L'art. 6a s'applique par analogie.7
LTAF: 31 
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 31 Principe - Le Tribunal administratif fédéral connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)20.
32 
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 32 Exceptions
1    Le recours est irrecevable contre:
a  les décisions concernant la sûreté intérieure ou extérieure du pays, la neutralité, la protection diplomatique et les autres affaires relevant des relations extérieures, à moins que le droit international ne confère un droit à ce que la cause soit jugée par un tribunal;
b  les décisions concernant le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et les votations populaires;
c  les décisions relatives à la composante «prestation» du salaire du personnel de la Confédération, dans la mesure où elles ne concernent pas l'égalité des sexes;
d  ...
e  les décisions dans le domaine de l'énergie nucléaire concernant:
e1  l'autorisation générale des installations nucléaires;
e2  l'approbation du programme de gestion des déchets;
e3  la fermeture de dépôts en profondeur;
e4  la preuve de l'évacuation des déchets.
f  les décisions relatives à l'octroi ou l'extension de concessions d'infrastructures ferroviaires;
g  les décisions rendues par l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision;
h  les décisions relatives à l'octroi de concessions pour des maisons de jeu;
i  les décisions relatives à l'octroi, à la modification ou au renouvellement de la concession octroyée à la Société suisse de radiodiffusion et télévision (SSR);
j  les décisions relatives au droit aux contributions d'une haute école ou d'une autre institution du domaine des hautes écoles.
2    Le recours est également irrecevable contre:
a  les décisions qui, en vertu d'une autre loi fédérale, peuvent faire l'objet d'une opposition ou d'un recours devant une autorité précédente au sens de l'art. 33, let. c à f;
b  les décisions qui, en vertu d'une autre loi fédérale, peuvent faire l'objet d'un recours devant une autorité cantonale.
33 
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 33 Autorités précédentes - Le recours est recevable contre les décisions:
a  du Conseil fédéral et des organes de l'Assemblée fédérale, en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération, y compris le refus d'autoriser la poursuite pénale;
b  du Conseil fédéral concernant:
b1  la révocation d'un membre du conseil de banque ou de la direction générale ou d'un suppléant sur la base de la loi du 3 octobre 2003 sur la Banque nationale26,
b10  la révocation d'un membre du conseil d'administration du Service suisse d'attribution des sillons ou l'approbation de la résiliation des rapports de travail du directeur par le conseil d'administration, conformément à la loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer44;
b2  la révocation d'un membre du conseil d'administration de l'Autorité fédérale de surveillance des marchés financiers ou l'approbation de la résiliation des rapports de travail du directeur par le conseil d'administration selon la loi du 22 juin 2007 sur la surveillance des marchés financiers27,
b3  le blocage de valeurs patrimoniales en vertu de la loi du 18 décembre 2015 sur les valeurs patrimoniales d'origine illicite29,
b4  l'interdiction d'exercer des activités en vertu de la LRens31,
b4bis  l'interdiction d'organisations en vertu de la LRens,
b5  la révocation du mandat d'un membre du Conseil de l'Institut fédéral de métrologie au sens de la loi du 17 juin 2011 sur l'Institut fédéral de métrologie34,
b6  la révocation d'un membre du conseil d'administration de l'Autorité fédérale de surveillance en matière de révision ou l'approbation de la résiliation des rapports de travail du directeur par le conseil d'administration selon la loi du 16 décembre 2005 sur la surveillance de la révision36,
b7  la révocation d'un membre du conseil de l'Institut suisse des produits thérapeutiques sur la base de la loi du 15 décembre 2000 sur les produits thérapeutiques38,
b8  la révocation d'un membre du conseil d'administration de l'établissement au sens de la loi du 16 juin 2017 sur les fonds de compensation40,
b9  la révocation d'un membre du conseil de l'Institut suisse de droit comparé selon la loi du 28 septembre 2018 sur l'Institut suisse de droit comparé42;
c  du Tribunal pénal fédéral en matière de rapports de travail de ses juges et de son personnel;
cbis  du Tribunal fédéral des brevets en matière de rapports de travail de ses juges et de son personnel;
dquinquies  de la Chancellerie fédérale, des départements et des unités de l'administration fédérale qui leur sont subordonnées ou administrativement rattachées;
e  des établissements et des entreprises de la Confédération;
f  des commissions fédérales;
g  des tribunaux arbitraux fondées sur des contrats de droit public signés par la Confédération, ses établissements ou ses entreprises;
h  des autorités ou organisations extérieures à l'administration fédérale, pour autant qu'elles statuent dans l'accomplissement de tâches de droit public que la Confédération leur a confiées;
i  d'autorités cantonales, dans la mesure où d'autres lois fédérales prévoient un recours au Tribunal administratif fédéral.
34 
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 34
37
SR 173.32 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)
LTAF Art. 37 Principe - La procédure devant le Tribunal administratif fédéral est régie par la PA57, pour autant que la présente loi n'en dispose pas autrement.
LTF: 42 
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
1    Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
2    Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.15 16
3    Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
4    En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique17. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
a  le format du mémoire et des pièces jointes;
b  les modalités de la transmission;
c  les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.18
5    Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
6    Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
7    Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.
82 
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 82 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours:
a  contre les décisions rendues dans des causes de droit public;
b  contre les actes normatifs cantonaux;
c  qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.
90
SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire
LTF Art. 90 Décisions finales - Le recours est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure.
LTVA: 70 
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 70 Comptabilité et conservation des pièces - 1 L'assujetti doit tenir ses livres comptables et les documents pertinents conformément aux principes du droit commercial. L'AFC peut exceptionnellement fixer des obligations allant au-delà des dispositions du droit commercial si ces contraintes sont indispensables à une perception correcte de l'impôt.
1    L'assujetti doit tenir ses livres comptables et les documents pertinents conformément aux principes du droit commercial. L'AFC peut exceptionnellement fixer des obligations allant au-delà des dispositions du droit commercial si ces contraintes sont indispensables à une perception correcte de l'impôt.
2    L'assujetti doit conserver dûment ses livres comptables, pièces justificatives, papiers d'affaires et autres documents pertinents jusqu'à l'expiration de la prescription absolue de la créance fiscale (art. 42, al. 6). L'art. 958f du code des obligations117 est réservé.118
3    Les documents commerciaux nécessaires au calcul des prestations à soi-même ou du montant du dégrèvement ultérieur de l'impôt sur les biens immobiliers doivent être conservés pendant 20 ans (art. 31, al. 3, et 32, al. 2).
4    Le Conseil fédéral règle les conditions auxquelles les pièces nécessaires à l'exécution de l'impôt en vertu de la présente loi peuvent être transmises et conservées sans support papier.
71 
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 71 Remise du décompte - 1 L'assujetti est tenu de remettre spontanément le décompte de la créance fiscale à l'AFC, en la forme prescrite, dans les 60 jours qui suivent l'expiration de la période de décompte.
1    L'assujetti est tenu de remettre spontanément le décompte de la créance fiscale à l'AFC, en la forme prescrite, dans les 60 jours qui suivent l'expiration de la période de décompte.
2    Si l'assujettissement prend fin, le délai commence à courir à partir de ce moment.
72 
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 72 Correction d'erreurs dans le décompte - 1 L'assujetti qui constate des erreurs dans son décompte lors de l'établissement de ses comptes annuels doit les corriger au plus tard dans le décompte établi pour la période pendant laquelle tombe le 180e jour qui suit la fin de l'exercice considéré.
1    L'assujetti qui constate des erreurs dans son décompte lors de l'établissement de ses comptes annuels doit les corriger au plus tard dans le décompte établi pour la période pendant laquelle tombe le 180e jour qui suit la fin de l'exercice considéré.
2    L'assujetti est tenu de corriger ultérieurement les erreurs découvertes dans les décomptes des périodes fiscales antérieures pour autant que les créances de ces périodes fiscales ne soient pas entrées en force ou prescrites.
3    Les corrections ultérieures des décomptes doivent être opérées dans la forme prescrite par l'AFC.
4    Si le décompte présente des erreurs systématiques difficilement identifiables, l'AFC peut accorder des facilités à l'assujetti conformément à l'art. 80.
79 
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 79 Taxation par voie d'estimation - 1 Si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou que les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une taxation par estimation.
1    Si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou que les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une taxation par estimation.
2    La créance fiscale est établie par une notification d'estimation.
81 
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 81 Principes - 1 La PA147 est applicable, à l'exclusion de l'art. 2, al. 1.148
1    La PA147 est applicable, à l'exclusion de l'art. 2, al. 1.148
2    Les autorités établissent d'office les faits pertinents.
3    Le principe de la libre appréciation des preuves est applicable. L'acceptation d'une preuve ne doit pas dépendre exclusivement de la présentation de moyens de preuves précis.
87 
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 87 Intérêt moratoire - 1 En cas de retard dans le paiement de l'impôt, un intérêt moratoire est dû sans sommation.
1    En cas de retard dans le paiement de l'impôt, un intérêt moratoire est dû sans sommation.
2    Aucun intérêt moratoire n'est dû si la perception ultérieure résulte d'une erreur qui n'aurait entraîné aucun préjudice financier pour la Confédération si elle avait été traitée correctement.
93 
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 93 Sûretés - 1 L'AFC peut demander dans les cas suivants des sûretés pour l'impôt, les intérêts ou les frais, même lorsqu'ils ne sont pas fixés et entrés en force ni exigibles:
1    L'AFC peut demander dans les cas suivants des sûretés pour l'impôt, les intérêts ou les frais, même lorsqu'ils ne sont pas fixés et entrés en force ni exigibles:
a  le recouvrement dans les délais paraît menacé;
b  le débiteur prend des dispositions pour abandonner son domicile, son siège ou son établissement stable sur le territoire de la Confédération, ou pour se faire radier du registre du commerce suisse;
c  le débiteur est en demeure;
d  l'assujetti reprend tout ou partie d'une entreprise tombée en faillite;
e  l'assujetti remet des décomptes mentionnant des montants manifestement inférieurs à la réalité.
2    Si l'assujetti renonce à être libéré de l'assujettissement (art. 11) ou s'il opte pour l'imposition de prestations exclues du champ de l'impôt (art. 22), l'AFC peut exiger qu'il fournisse des sûretés conformément à l'al. 7.
3    La demande de sûretés doit indiquer le motif juridique de la garantie, le montant demandé et l'institution auprès de laquelle la garantie doit être déposée; elle est considérée comme une ordonnance de séquestre au sens de l'art. 274 LP159. Aucune réclamation ne peut être déposée contre la demande de sûreté.
4    La demande de sûreté peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal administratif fédéral.
5    Le recours contre les demandes de sûretés n'a pas d'effet suspensif.
6    La notification de la décision relative à la créance fiscale vaut ouverture d'action au sens de l'art. 279 LP. Le délai d'introduction de la poursuite court à compter de l'entrée en force de la décision relative à la créance fiscale.
7    Les sûretés doivent être fournies sous forme de dépôts en espèces, de cautionnements solidaires solvables, de garanties bancaires, de cédules hypothécaires ou d'hypothèques, de polices d'assurance sur la vie ayant une valeur de rachat, d'obligations cotées, libellées en francs, de débiteurs suisses, ou d'obligations de caisse émises par des banques suisses.
94 
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 94 Autres mesures relatives aux sûretés - 1 Un excédent résultant du décompte de l'impôt en faveur de l'assujetti peut être utilisé dans les buts suivants:
1    Un excédent résultant du décompte de l'impôt en faveur de l'assujetti peut être utilisé dans les buts suivants:
a  pour compenser des dettes fiscales résultant des périodes fiscales antérieures;
b  pour compenser des dettes fiscales ultérieures, si l'assujetti est en retard dans le paiement de l'impôt ou si la créance fiscale paraît menacée pour d'autres motifs; le montant mis en compte est crédité d'un intérêt au taux de l'intérêt rémunératoire pour la période allant du 61e jour après la réception du décompte d'impôt par l'AFC jusqu'au moment de la compensation;
c  pour compenser une sûreté exigée par l'AFC.
2    Si l'assujetti n'a pas de domicile ni de siège sur le territoire de la Confédération, l'AFC peut en outre demander le dépôt de sûretés selon l'art. 93, al. 7, pour garantir de futures dettes fiscales.
3    En cas de retard répété dans le paiement de l'impôt, l'AFC peut obliger l'assujetti à verser des acomptes tous les mois ou deux fois par mois.
112 
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 112 Application de l'ancien droit - 1 Sous réserve de l'art. 113, les dispositions de l'ancien droit ainsi que leurs dispositions d'exécution sont applicables à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance avant leur abrogation. La prescription est toujours régie par les art. 49 et 50 de l'ancien droit.
1    Sous réserve de l'art. 113, les dispositions de l'ancien droit ainsi que leurs dispositions d'exécution sont applicables à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance avant leur abrogation. La prescription est toujours régie par les art. 49 et 50 de l'ancien droit.
2    L'ancien droit est applicable aux prestations fournies avant l'entrée en vigueur de la présente loi ainsi qu'aux importations de biens pour lesquelles la dette au titre de l'impôt sur les importations est née avant l'entrée en vigueur de la présente loi.
3    Les prestations fournies en partie avant l'entrée en vigueur de la présente loi sont imposées conformément à l'ancien droit pour cette partie. Les prestations fournies en partie après l'entrée en vigueur de la présente loi sont imposées conformément au nouveau droit pour cette partie.
113
SR 641.20 Loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (Loi sur la TVA, LTVA) - Loi sur la TVA
LTVA Art. 113 Application du nouveau droit - 1 Pour déterminer si les conditions de libération de l'assujettissement fixées à l'art. 10, al. 2, sont remplies à l'entrée en vigueur de la présente loi, le nouveau droit doit être appliqué aux opérations imposables en vertu de la présente loi et exécutées dans les douze mois qui précèdent.
1    Pour déterminer si les conditions de libération de l'assujettissement fixées à l'art. 10, al. 2, sont remplies à l'entrée en vigueur de la présente loi, le nouveau droit doit être appliqué aux opérations imposables en vertu de la présente loi et exécutées dans les douze mois qui précèdent.
2    Les dispositions sur le dégrèvement ultérieur de l'impôt préalable fixées à l'art. 32 s'appliquent également aux prestations pour lesquelles le droit à la déduction de l'impôt préalable n'existait pas avant l'entrée en vigueur de la présente loi.
3    L'art. 91 excepté, le nouveau droit de procédure s'applique à toutes les procédures pendantes à l'entrée en vigueur de la présente loi.
PA: 2 
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 2
1    Les art. 12 à 19 et 30 à 33 ne sont pas applicables à la procédure en matière fiscale.
2    Les art. 4 à 6, 10, 34, 35, 37 et 38 sont applicables à la procédure des épreuves dans les examens professionnels, les examens de maîtrise et les autres examens de capacité.
3    En cas d'expropriation, la procédure est régie par la présente loi, pour autant que la loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation12 n'en dispose pas autrement.13
4    La procédure devant le Tribunal administratif fédéral est régie par la présente loi, pour autant que la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral14 n'en dispose pas autrement.15
4 
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 4 - Les dispositions du droit fédéral qui règlent une procédure plus en détail sont applicables en tant qu'elles ne dérogent pas à la présente loi.
5 
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 5
1    Sont considérées comme décisions les mesures prises par les autorités dans des cas d'espèce, fondées sur le droit public fédéral et ayant pour objet:
a  de créer, de modifier ou d'annuler des droits ou des obligations;
b  de constater l'existence, l'inexistence ou l'étendue de droits ou d'obligations;
c  de rejeter ou de déclarer irrecevables des demandes tendant à créer, modifier, annuler ou constater des droits ou obligations.
2    Sont aussi considérées comme des décisions les mesures en matière d'exécution (art. 41, al. 1, let. a et b), les décisions incidentes (art. 45 et 46), les décisions sur opposition (art. 30, al. 2, let. b, et 74), les décisions sur recours (art. 61), les décisions prises en matière de révision (art. 68) et d'interprétation (art. 69).25
3    Lorsqu'une autorité rejette ou invoque des prétentions à faire valoir par voie d'action, sa déclaration n'est pas considérée comme décision.
12 
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 12 - L'autorité constate les faits d'office et procède s'il y a lieu à l'administration de preuves par les moyens ci-après:
a  documents;
b  renseignements des parties;
c  renseignements ou témoignages de tiers;
d  visite des lieux;
e  expertises.
13 
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 13
1    Les parties sont tenues de collaborer à la constatation des faits:
a  dans une procédure qu'elles introduisent elles-mêmes;
b  dans une autre procédure, en tant qu'elles y prennent des conclusions indépendantes;
c  en tant qu'une autre loi fédérale leur impose une obligation plus étendue de renseigner ou de révéler.
1bis    L'obligation de collaborer ne s'étend pas à la remise d'objets et de documents concernant des contacts entre une partie et son avocat, si celui-ci est autorisé à pratiquer la représentation en justice en vertu de la loi du 23 juin 2000 sur les avocats34.35
2    L'autorité peut déclarer irrecevables les conclusions prises dans une procédure au sens de l'al. 1, let. a ou b, lorsque les parties refusent de prêter le concours nécessaire qu'on peut attendre d'elles.
26 
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 26
1    La partie ou son mandataire a le droit de consulter les pièces suivantes au siège de l'autorité appelée à statuer ou à celui d'une autorité cantonale désignée par elle:
a  les mémoires des parties et les observations responsives d'autorités;
b  tous les actes servant de moyens de preuve;
c  la copie de décisions notifiées.
1bis    Avec l'accord de la partie ou de son mandataire, l'autorité peut lui communiquer les pièces à consulter par voie électronique.65
2    L'autorité appelée à statuer peut percevoir un émolument pour la consultation des pièces d'une affaire liquidée: le Conseil fédéral fixe le tarif des émoluments.
28 
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 28 - Une pièce dont la consultation a été refusée à la partie ne peut être utilisée à son désavantage que si l'autorité lui en a communiqué, oralement ou par écrit, le contenu essentiel se rapportant à l'affaire et lui a donné en outre l'occasion de s'exprimer et de fournir des contre-preuves.
46 
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 46
1    Les autres décisions incidentes notifiées séparément peuvent faire l'objet d'un recours:
a  si elles peuvent causer un préjudice irréparable, ou
b  si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse.
2    Si le recours n'est pas recevable en vertu de l'al. 1 ou qu'il n'a pas été utilisé, les décisions incidentes en question peuvent être attaquées avec la décision finale dans la mesure où elles influent sur le contenu de celle-ci.
49 
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 49 - Le recourant peut invoquer:
a  la violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation;
b  la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents;
c  l'inopportunité: ce grief ne peut être invoqué lorsqu'une autorité cantonale a statué comme autorité de recours.
50 
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 50
1    Le recours doit être déposé dans les 30 jours qui suivent la notification de la décision.
2    Le recours pour déni de justice ou retard injustifié peut être formé en tout temps.
52 
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 52
1    Le mémoire de recours indique les conclusions, motifs et moyens de preuve et porte la signature du recourant ou de son mandataire; celui-ci y joint l'expédition de la décision attaquée et les pièces invoquées comme moyens de preuve, lorsqu'elles se trouvent en ses mains.
2    Si le recours ne satisfait pas à ces exigences, ou si les conclusions ou les motifs du recourant n'ont pas la clarté nécessaire, sans que le recours soit manifestement irrecevable, l'autorité de recours impartit au recourant un court délai supplémentaire pour régulariser le recours.
3    Elle avise en même temps le recourant que si le délai n'est pas utilisé, elle statuera sur la base du dossier ou si les conclusions, les motifs ou la signature manquent, elle déclarera le recours irrecevable.
62 
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 62
1    L'autorité de recours peut modifier la décision attaquée à l'avantage d'une partie.
2    Elle peut modifier au détriment d'une partie la décision attaquée, lorsque celle-ci viole le droit fédéral ou repose sur une constatation inexacte ou incomplète des faits: pour inopportunité, la décision attaquée ne peut être modifiée au détriment d'une partie, sauf si la modification profite à la partie adverse.
3    Si l'autorité de recours envisage de modifier, au détriment d'une partie, la décision attaquée, elle l'informe de son intention et lui donne l'occasion de s'exprimer.
4    Les motifs invoqués à l'appui du recours ne lient en aucun cas l'autorité de recours.
63 
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 63
1    En règle générale, les frais de procédure comprenant l'émolument d'arrêté, les émoluments de chancellerie et les débours sont mis, dans le dispositif, à la charge de la partie qui succombe. Si celle-ci n'est déboutée que partiellement, ces frais sont réduits. À titre exceptionnel, ils peuvent être entièrement remis.
2    Aucun frais de procédure n'est mis à la charge des autorités inférieures, ni des autorités fédérales recourantes et déboutées; si l'autorité recourante qui succombe n'est pas une autorité fédérale, les frais de procédure sont mis à sa charge dans la mesure où le litige porte sur des intérêts pécuniaires de collectivités ou d'établissements autonomes.
3    Des frais de procédure ne peuvent être mis à la charge de la partie qui a gain de cause que si elle les a occasionnés en violant des règles de procédure.
4    L'autorité de recours, son président ou le juge instructeur perçoit du recourant une avance de frais équivalant aux frais de procédure présumés. Elle lui impartit pour le versement de cette créance un délai raisonnable en l'avertissant qu'à défaut de paiement elle n'entrera pas en matière. Si des motifs particuliers le justifient, elle peut renoncer à percevoir la totalité ou une partie de l'avance de frais.101
4bis    L'émolument d'arrêté est calculé en fonction de l'ampleur et de la difficulté de la cause, de la manière de procéder des parties et de leur situation financière. Son montant est fixé:
a  entre 100 et 5000 francs dans les contestations non pécuniaires;
b  entre 100 et 50 000 francs dans les autres contestations.102
5    Le Conseil fédéral établit un tarif des émoluments.103 L'art. 16, al. 1, let. a, de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral104 et l'art. 73 de la loi du 19 mars 2010 sur l'organisation des autorités pénales105 sont réservés.106
64
SR 172.021 Loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA)
PA Art. 64
1    L'autorité de recours peut allouer, d'office ou sur requête, à la partie ayant entièrement ou partiellement gain de cause une indemnité pour les frais indispensables et relativement élevés qui lui ont été occasionnés.
2    Le dispositif indique le montant des dépens alloués qui, lorsqu'ils ne peuvent pas être mis à la charge de la partie adverse déboutée, sont supportés par la collectivité ou par l'établissement autonome au nom de qui l'autorité inférieure a statué.
3    Lorsque la partie adverse déboutée avait pris des conclusions indépendantes, les dépens alloués peuvent être mis à sa charge, dans la mesure de ses moyens.
4    La collectivité ou l'établissement autonome au nom de qui l'autorité inférieure a statué répond des dépens mis à la charge de la partie adverse déboutée en tant qu'ils se révéleraient irrécouvrables.
5    Le Conseil fédéral établit un tarif des dépens.107 L'art. 16, al. 1, let. a, de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral108 et l'art. 73 de la loi du 19 mars 2010 sur l'organisation des autorités pénales109 sont réservés.110
PCF: 24
SR 273 Loi fédérale du 4 décembre 1947 de procédure civile fédérale
PCF Art. 24
1    Le demandeur qui entend exercer plusieurs actions contre le même défendeur peut les joindre dans une seule demande si le Tribunal fédéral est compétent pour connaître de chacune d'elles. Cette condition n'est pas exigée pour des prétentions accessoires.
2    Plusieurs personnes peuvent agir comme demandeurs ou être actionnées comme défendeurs par la même demande:
a  s'il existe entre elles, en raison de l'objet litigieux, une communauté de droit ou si leurs droits ou leurs obligations dérivent de la même cause matérielle et juridique. Le juge peut appeler en cause un tiers qui fait partie de la communauté de droit. L'appelé en cause devient partie au procès;
b  si des prétentions de même nature et reposant sur une cause matérielle et juridique essentiellement de même nature forment l'objet du litige et que la compétence du Tribunal fédéral soit donnée à l'égard de chacune d'elles.
3    Le juge peut en tout état de cause ordonner la disjonction, s'il l'estime opportun.
Répertoire ATF
105-IB-181 • 121-V-204 • 122-I-109 • 122-II-367 • 122-V-157 • 128-V-124 • 131-V-222 • 131-V-35
Weitere Urteile ab 2000
2A.253/2005 • 2A.485/2004 • 2A.552/2006 • 2A.569/2006 • 2A.580/1999 • 2A.651/2005 • 2C_170/2008 • 2C_171/2008 • 2C_426/2007 • 2C_429/2009 • 2C_614/2007
Répertoire de mots-clés
Trié par fréquence ou alphabet
tribunal administratif fédéral • chiffre d'affaires • tribunal fédéral • autorité inférieure • montagne • pouvoir d'appréciation • taxe sur la valeur ajoutée • pièce justificative • tennis • moyen de preuve • vue • intérêt moratoire • question de droit • autorité fiscale • consultation du dossier • calcul • communication • brochure • droit fiscal • examinateur
... Les montrer tous
BVGer
A-1113/2009 • A-1337/2007 • A-1379/2007 • A-1398/2006 • A-1429/2006 • A-1454/2006 • A-1475/2006 • A-1477/2006 • A-1478/2006 • A-1527/2006 • A-1528/2006 • A-1535/2006 • A-1550/2006 • A-1557/2006 • A-1560/2007 • A-1578/2006 • A-1596/2006 • A-1600/2006 • A-1604/2006 • A-1614/2006 • A-1619/2006 • A-1634/2006 • A-1636/2006 • A-1637/2006 • A-1652/2006 • A-1721/2006 • A-1857/2007 • A-1911/2007 • A-4072/2007 • A-4360/2007 • A-4360/2008 • A-4415/2008 • A-4785/2007 • A-5754/2008 • A-6150/2007 • A-6552/2007 • A-680/2007 • A-710/2007
AS
AS 2000/1300 • AS 1994/1464
VPB
63.76 • 64.47 • 64.83 • 67.122 • 67.23 • 67.82 • 68.23 • 68.73 • 70.41
RDAF
2000 2 • 2007 II 140