2C_796/2010 - 2011-07-27 - Finances publiques et droit fiscal - Impôt cantonal et communal (soustraction) et impôt fédéral direct (soustraction)

Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

{T 0/2}
2C_724/2010
2C_796/2010

Arrêt du 27 juillet 2011
IIe Cour de droit public

Composition
MM. et Mme les Juges Zünd, Président,
Seiler et Aubry Girardin.
Greffier: M. Addy.

Participants à la procédure
X.________ SA,
représentée par Me Pierre-Alain Guillaume,
Me Fabienne Jaros, avocats, Chabrier & Associés,
recourante,

contre

Administration cantonale des impôts du canton de Vaud, route de Berne 46, 1014 Lausanne,
intimée.

Objet
Impôt cantonal et communal et impôt fédéral direct,

recours contre l'arrêt du Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public, du 4 août 2010, complété par l'arrêt rectificatif du 4 septembre 2010.

Faits:

A.
A.a X.________ SA est une société anonyme créée le 15 février 1990. Inscrite au registre du commerce du canton de Vaud, elle a son siège à C.________. Son capital-actions, entièrement libéré, s'élève à 300'000 fr. Son but était initialement la conception, la fabrication et la commercialisation de produits informatiques. Depuis le 22 juin 2006, il porte sur les services informatiques dans le domaine de la finance, notamment l'installation de systèmes et la location d'espaces informatiques, services de bureau, conseils, gestion de projets, support et assistance, formation des utilisateurs.

Le Conseil d'administration de X.________ SA est composé de deux personnes, à savoir A.________, administrateur président, et B.________, son épouse, administratrice et secrétaire. Ceux-ci sont actionnaires majoritaires de X.________ SA, qui a son siège dans un immeuble dont ils sont propriétaires à C.________.

Jusqu'en 1998, X.________ SA n'a pas eu d'employé et, selon A.________, elle a dégagé son premier chiffre d'affaires en 1995.
A.b En 1991, A.________ a constitué Y.________ SA dont le siège est en Roumanie et dont il détient entre 98 et 99 % du capital-actions. Il ressort d'un contrat du 10 février 1993 liant Y.________ SA et X.________ SA que X.________ SA détient tous les droits de propriété intellectuelle afférents aux programmes informatiques pour les milieux financiers et bancaires que les parties entendent développer.

Y.________ SA a employé à ses débuts entre 8 à 10 personnes dont le salaire s'élevait à 30 US$ par mois, chiffre qui a progressé avec le temps. Les employés de Y.________ SA en Roumanie étaient régulièrement mis à disposition de X.________ SA pour travailler en Suisse (ils venaient alors en principe au bénéfice d'un permis d'étudiant) ou en France. Ils logeaient dans un appartement loué par X.________ SA, qui prenait en charge tous les frais liés à ce personnel.
A.c A.________ a obtenu une licence de pilote en novembre 1997. Le 19 juin 1998, X.________ SA a acquis un avion Piper Dakota qui n'a jamais été porté à l'actif du bilan de la société.
A.d A partir de 1999, A.________ a mis en place un groupe de sociétés.

Le 8 mars 1999, il a créé Z.________ AG dont le siège est au Liechtenstein. A.________ a versé l'intégralité du capital-actions de 50'000 fr. de Z.________ AG et est membre de son conseil d'administration avec signature individuelle. Depuis sa création, la gestion de Z.________ AG s'est effectuée à partir des locaux de X.________ SA à C.________.

Le 8 mars 1999 également, il a constitué D.________ AG, dont le siège est au Liechtenstein et qui est active dans le domaine de l'aéronautique. Cette société a acquis l'appareil Piper Dakota qui appartenait à X.________ SA, cette dernière en demeurant toutefois l'exploitante.

Le 12 mai 1999, la Fondation E.________ , qui a aussi son siège au Liechtenstein, a été créée pour gérer la fortune de A.________ et faire des prestations aux bénéficiaires désignés par le conseil de fondation.

Le 31 mai 1999, l'Etablissement F.________ , dont le siège est à Vaduz, a été constitué. Son but est le placement et l'administration de sa fortune. Il détient l'entier du capital-actions de Z.________ AG grâce à un prêt consenti par la Fondation E.________ . A.________ a entrepris des démarches tendant à transférer les droits de propriété intellectuelle sur les produits détenus par Z.________ AG selon le contrat du 10 février 1993 à l'Etablissement F.________ , mais ces projets n'ont pas abouti.

Le 25 juin 1999, la société genevoise G.________ SA, dont le but est d'exercer des activités en relation avec l'aéronautique, a été créée. Elle a acquis en 1999 un avion de type Pilatus pour un montant de 2'953'315 US$ dont elle a cédé l'exploitation à D.________ AG pour le prix de 600'000 fr. par an (720'000 fr. dès 2001).

B.
Entre 1995 et 2002, X.________ SA a régulièrement déposé ses déclarations d'impôts. Les périodes fiscales 1995-1999 ont fait l'objet de taxations définitives entrées en force, alors que les taxations relatives aux périodes 2000 à 2002 sont restées provisoires. Les bénéfices imposables déclarés par X.________ SA oscillaient entre 4'770 fr. pour 1995 et 166'500 fr. pour 2001, alors que le capital imposable déclaré par la société se situait entre 323'189 fr. pour 1995 et 806'000 fr. en 2002.
Le 26 juillet 2003, à la suite d'un contrôle périodique de l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud (ci-après : l'Administration cantonale) et de l'Administration fédérale des contributions (ci-après : l'AFC), une enquête a été autorisée au sujet de X.________ SA, A.________ et B.________ en raison de soupçon fondé de graves infractions fiscales.

La Division d'enquêtes fiscales spéciales de l'AFC a rendu un rapport le 21 septembre 2006 concluant à l'existence de soustractions d'impôts réalisées par le biais notamment de trois procédés. Le premier consistait à intercaler entre X.________ SA et ses clients une société écran, en l'occurrence Z.________ AG, afin de traiter les affaires commerciales en-dehors du territoire suisse, alors que l'activité effective de Z.________ AG se déployait non pas au Liechtenstein, mais en Suisse auprès de X.________ SA. Le deuxième procédé était lié à des frais de sous-traitance facturés par Y.________ SA à X.________ SA et à Z.________ AG, alors que les montants facturés n'ont jamais été encaissés par la société roumaine. Le troisième procédé était lié à l'utilisation d'un aéronef Pilatus, dont les frais étaient facturés par D.________ AG à X.________ SA et à Z.________ AG, alors que la plupart de ces frais relevaient d'un usage strictement privé. Les fonds dégagés par les deux premiers procédés ont été versés sur des comptes dont le titulaire est la Fondation E.________ , ce qui a permis à cette dernière de détenir et de financer l'Etablissement F.________ , qui a financé à son tour Z.________ AG, D.________ AG et G.________ SA.

C.
Le 11 octobre 2007, l'Administration cantonale a adressé à X.________ SA une décision de rappel d'impôts et de taxation définitive, ainsi qu'un prononcé d'amendes concernant l'impôt cantonal et communal (ICC) pour les périodes fiscales 1999 à 2002 et l'impôt fédéral direct (IFD) pour les périodes fiscales 1995 à 2002. Au total, le complément d'impôts pour l'ICC se rapportant aux périodes 1999-2002 s'élevait à 1'499'150,45 fr., alors que les amendes relatives à l'ICC se montaient au total à 1'606'100 fr. En matière d'IFD, le complément d'impôt à payer pour les périodes 1995-2002 totalisait 892'423,90 fr., pour des peines d'amendes de 1'047'300 fr.

Le 15 novembre 2007, X.________ SA a interjeté une réclamation non motivée à l'encontre de la décision du 11 octobre 2007. Le 20 décembre 2007, l'Administration cantonale a imparti un délai au 31 janvier 2008 à X.________ SA pour déposer une motivation. Des pourparlers transactionnels ont été entrepris et X.________ SA a proposé, le 4 janvier 2008, que la motivation de la réclamation ne soit déposée que si les parties n'arrivaient pas à s'entendre, demandant la suspension du délai imparti au 31 janvier 2008. Le 23 janvier 2008, le conseil de X.________ SA a indiqué qu'il considérait sa proposition du 4 janvier 2008 comme acceptée, sauf avis contraire.

Le 1er avril 2008, les pourparlers transactionnels ont échoué et, le 4 décembre 2008, l'Administration cantonale a rejeté la réclamation de X.________ SA formée le 15 novembre 2007.

Saisi d'un recours de X.________ SA à l'encontre de la décision du 4 décembre 2008, le Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public (ci-après cité: le Tribunal cantonal), l'a très partiellement admis, par arrêt du 4 août 2010, supprimant le rappel d'impôt et l'amende 1999 en raison de la prescription. A la demande de l'Administration cantonale, il a rendu, le 14 septembre 2010, un arrêt rectificatif, précisant dans son dispositif que la décision attaquée était entièrement confirmée en matière d'impôt fédéral direct. Il en résulte que X.________ SA a été condamnée à payer au total 1'285'056,75 fr. de compléments d'ICC pour les périodes 2000-2002, plus des amendes totalisant 1'285'000 fr., les rappels et compléments d'impôts, ainsi que les amendes prononcées en matière d'IFD pour les périodes 1995-2002 étant pour leur part confirmés.

D.
D.a Le 14 septembre 2010, X.________ SA a déposé, à l'encontre de l'arrêt du 4 août 2010, un recours en matière de droit public auprès du Tribunal fédéral (cause 2C_724/2010). Elle conclut principalement à ce que l'arrêt du 4 août 2010 soit déclaré nul et non avenu, en raison de l'arrêt rectificatif du 14 septembre 2010 et à ce que la cause soit renvoyée au Tribunal cantonal pour qu'il rende un nouveau jugement complet comprenant la motivation et le dispositif faisant courir un nouveau délai de recours. Subsidiairement, elle demande à ce qu'un délai supplémentaire d'un mois lui soit accordé pour compléter son écriture ou qu'un second échange d'écritures soit ordonné, pour tenir compte de l'arrêt rectificatif du même jour. Sur le fond, X.________ SA précise qu'elle ne conteste pas l'arrêt du 4 août 2010 en ce qu'il supprime le complément et l'amende concernant l'ICC pour 1999, mais les autres points, pour lesquels elle demande son annulation et le renvoi de la cause à l'autorité inférieure pour qu'elle lui accorde un délai pour motiver sa réclamation du 15 novembre 2007. A titre encore plus subsidiaire, X.________ SA conclut au renvoi de la cause à l'autorité inférieure pour qu'elle taxe les années non prescrites conformément à ses
déclarations fiscales.

Le Tribunal cantonal se réfère aux considérants de son arrêt. Au terme de ses observations, l'Administration cantonale conclut au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité. L'AFC se rallie à la position et aux conclusions de l'autorité cantonale, ainsi qu'à l'arrêt attaqué.
D.b Le 14 octobre 2010, X.________ SA a formé un nouveau recours en matière de droit public dirigé contre l'arrêt rectificatif du 14 septembre 2010 (cause 2C_796/2010). Sous réserve de la conclusion tendant à la constatation de la nullité de l'arrêt du 4 août 2010, la société reprend les mêmes conclusions que celles formulées dans son recours déposé le 14 septembre 2010.

Le Tribunal cantonal n'a pas formulé d'observations, contrairement à l'Administration cantonale, qui conclut au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité. L'AFC se rallie à la position et aux conclusions de l'Administration cantonale, ainsi qu'à l'arrêt rectificatif du 14 septembre 2010.
D.c Par ordonnance du 25 novembre 2010, le Président de la IIe Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif formée par X.________ SA dans ses écritures déposées les 14 septembre et 14 octobre 2010.

Considérant en droit:

1.
La société recourante a interjeté deux recours, le premier contre l'arrêt du Tribunal cantonal du 4 août 2010 (cause 2C_724/2010) et le second contre l'arrêt rectificatif du 14 septembre 2010 (cause 2C_796/2010). Ces deux écritures reposent sur le même état de fait et, sur le fond, contiennent des conclusions et des griefs identiques. Dès lors, il se justifie de joindre les causes 2C_724/2010 et 2C_796/2010 et de statuer dans un seul arrêt.

2.
En premier lieu, il faut clarifier le lien entre l'arrêt du 4 août et celui du 14 septembre 2010, car la recourante conclut à ce que l'arrêt du 4 août 2010 soit déclaré nul et non avenu, le second arrêt ayant modifié le premier, et à ce qu'un délai lui soit accordé pour compléter ses écritures ou ordonner un second échange d'écritures.

2.1 Il ressort de l'arrêt du 14 septembre 2010 qu'à défaut de règle topique dans la procédure administrative vaudoise, le Tribunal cantonal a pour pratique de s'inspirer des règles applicables au Tribunal fédéral (cf. art. 129 LTF) en matière d'interprétation et de rectification de ses arrêts. La recourante ne critiquant pas le droit cantonal sur ce point (cf. art. 106 al. 2 LTF), il n'y a pas lieu de remettre en cause cette pratique. D'ailleurs, la possibilité pour le justiciable de demander, à certaines conditions, l'interprétation d'une décision judiciaire découle directement de l'art. 8 al. 1 Cst. (ATF 130 V 320 consid. 2.3 p. 325 s.).

2.2 L'art. 129 al. 1 LTF permet d'obtenir la rectification d'un arrêt notamment si le dispositif est peu clair, incomplet ou équivoque. On considère qu'un dispositif est peu clair lorsque les parties ou les autorités à qui la cause est renvoyée risquent subjectivement de comprendre la décision autrement que ce que voulait le tribunal lorsqu'il s'est prononcé (NICOLAS VON WERDT, Bundesgerichtsgesetz, Berne 2007, n. 24 ad art. 129 LTF). L'interprétation a uniquement pour objet de reformuler clairement et complètement une décision qui ne l'a pas été, alors même qu'elle a été clairement et pleinement pensée et voulue. Il ne s'agit pas de modifier le contenu de la décision (cf. arrêt 4G_1/2007 du 13 septembre 2007 consid. 2.1).

En l'espèce, le dispositif de l'arrêt du 4 août 2010 indiquait qu'hormis la reprise et l'amende concernant l'ICC 1999, la décision sur réclamation du 4 décembre 2008 était confirmée pour le surplus. A la suite de la requête de l'Administration cantonale qui y voyait une ambiguïté, le Tribunal cantonal a expressément précisé dans son arrêt rectificatif du 14 septembre 2010 que la décision sur réclamation était intégralement confirmée en matière d'impôt fédéral direct. Cette précision pour l'IFD ressortait cependant déjà de la motivation de l'arrêt du 4 août 2010, de sorte que l'on a bien affaire à la rectification d'une décision peu claire et non pas, comme le soutient la recourante, à une modification de celle-ci. Par conséquent, l'arrêt du 14 septembre 2010 n'a pas eu pour effet de remplacer l'arrêt du 4 août 2010, qui subsiste. Les conclusions tendant à constater la nullité de cette décision sont donc infondées.

2.3 Dès lors que l'arrêt rectificatif du 14 septembre 2010 n'a pas remplacé celui du 4 août 2010, il faut s'interroger sur la portée du "recours" déposé le 14 octobre 2010.

Sur le plan matériel, les mémoires déposés les 14 septembre et 14 octobre 2010 sont dirigés contre une seule décision, soit l'arrêt du 4 août 2010 tel que rectifié le 14 septembre 2010. On n'est donc pas en présence de deux recours distincts, mais d'un recours qui a été complété.

Pour que le complément du 14 octobre 2010 soit recevable, il doit avoir été formé dans le délai de recours de trente jours de l'art. 100 LTF (cf. arrêt 8C_300/2008 du 28 novembre 2008 consid. 2.2). De jurisprudence constante, la notification ultérieure d'un jugement rectifié fait courir un nouveau délai de recours au Tribunal fédéral, mais à l'encontre seulement des éléments de la décision qui ont fait l'objet de la rectification et dans la mesure où cette rectification est préjudiciable au recourant (cf. ATF 119 II 482 consid. 3 p. 484; 117 II 508 consid. 1a p. 510; 116 II 86 consid. 3 p. 89; plus récemment, cf. arrêt 5D_118/2009 du 17 novembre 2009 consid. 2.1). En l'espèce, on peut admettre que la précision selon laquelle l'arrêt attaqué confirme la décision sur réclamation en matière d'impôt fédéral direct lève toute ambiguïté sur la portée de ce prononcé dans un sens défavorable au recourant. Partant, son mémoire du 14 octobre 2010 peut être pris en considération à titre d'écriture complémentaire au recours initial, mais seulement pour les griefs qui ont trait à la question de l'impôt fédéral direct; sur les autres points, il est tardif et donc irrecevable. Cette conséquence ne nuit de toute façon pas au recourant puisque,
sur le fond, ses deux mémoires contiennent la même motivation.

3.
Le recours est dirigé contre un arrêt final (cf. art. 90 LTF), rendu dans une cause de droit public ne tombant pas sous le coup de l'une des exceptions prévues à l'art. 83 LTF, par une autorité supérieure de dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF). La décision entreprise concerne à la fois l'impôt fédéral direct et l'impôt cantonal harmonisé, ce qui est admissible lorsque les problèmes juridiques qui se posent sont identiques pour les deux catégories d'impôts (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.1 p. 262 s.). Interjeté en temps utile - sous réserve des précisions apportées ci-avant au consid. 2.3 concernant le mémoire complémentaire - et dans la forme prescrite (art. 42 LTF) par la société contribuable qui a qualité pour recourir (art. 89 al. 1 LTF en relation avec l'art. 73 al. 2 LHID et 146 LIFD), le recours est en principe recevable.

4.
Sur le plan formel, la recourante invoque une violation de son droit d'être entendue. Se prévalant de l'art. 29 al. 2 Cst., ainsi que de plusieurs dispositions fiscales, elle soutient avoir été empêchée de faire valoir ses droits, car elle n'a pu motiver sa réclamation de 2007.

4.1 Il est vrai que le droit d'être entendu garantit notamment aux parties à une procédure de pouvoir s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant leur situation juridique (cf. ATF 133 I 270 consid. 3.1 p. 277; 132 II 485 consid. 3.2 p. 494). Il ne saurait toutefois y avoir violation du droit d'être entendu si une partie renonce ou néglige elle-même à s'exprimer en temps utile.

4.2 Selon l'arrêt attaqué, la société a tout d'abord convenu avec l'autorité fiscale de ne pas motiver sa réclamation du 15 novembre 2007. Alors qu'un délai lui avait été imparti à cet effet au 31 janvier 2008, elle a ensuite proposé, le 4 janvier 2008, qu'une motivation soit déposée, si les parties ne parvenaient pas à s'entendre et a requis que le délai fixé au 31 janvier 2008 soit suspendu. Par lettre du 23 janvier 2008, elle a indiqué qu'elle considérait que sa proposition du 4 janvier 2008 avait été acceptée et qu'elle n'avait pas à transmettre de motivation jusqu'au 31 janvier 2008. Les pourparlers transactionnels ont finalement échoué le 1er avril 2008 et la réclamation a été rejetée le 4 décembre 2008. Il en découle que la recourante a eu tout loisir de déposer une motivation, déjà au moment de sa réclamation en novembre 2007, puis dans le délai imparti au 31 janvier 2008. C'est elle-même qui y a renoncé et a proposé de suspendre ce délai dans l'attente d'un éventuel accord entre les parties. Après l'échec de la transaction en avril 2008, il lui appartenait donc de présenter une motivation ou à tout le moins de demander à l'autorité fiscale un nouveau délai pour ce faire, étant rappelé qu'une motivation n'est pas exigée en
procédure de réclamation (MARTIN ZWEIFEL/HUGO CASANOVA, Schweizerisches Steueuerverfahrensrecht, Zurich 2008, p. 257). La recourante n'a rien fait, alors que la décision sur réclamation n'a pourtant été rendue que huit mois plus tard. En pareilles circonstances, son reproche aux autorités d'avoir été empêchée de faire valoir ses droits confine à la témérité. Le grief doit donc être rejeté, sans qu'il y ait au surplus lieu d'examiner si la procédure devant le Tribunal cantonal aurait un effet guérisseur, ce que conteste la recourante.

I. Impôt fédéral direct (IFD)

5.
Les périodes en cause s'étendent de 1995 à 2002, de sorte qu'elles tombent toutes sous le coup de la LIFD, entrée en vigueur le 1er janvier 1995.

Pour les années 1995 à 1999, des rappels d'impôts ont été prononcés, car les taxations définitives avaient déjà été rendues. Pour les périodes 2000 à 2002, la présente procédure concerne les taxations définitives. Enfin, une peine d'amende a été prononcée pour chacune des périodes en cause, pour soustraction fiscale de 1995 à 1999 et pour tentative de soustraction pour les années 2000 à 2002.

6.
Compte tenu de l'écoulement du temps, il convient de vérifier que la prescription ou la péremption n'est pas atteinte, étant précisé qu'il s'agit de questions de droit matériel (ATF 126 II 1 consid. 2a p. 3) que le Tribunal fédéral examine d'office lorsqu'elles jouent en faveur du contribuable (cf. ATF 101 Ib 348; pour les articles 120 et 153 LIFD, cf. RICHNER/FREI/KAUFMANN/MEUTER, Handkommentar zum DBG, 2ème éd. Zurich 2009, n. 26 ad art. 120 et n. 7 ad art. 153).

6.1 En ce qui concerne les rappels d'impôts pour 1995 à 1999, un avis d'ouverture de la procédure de soustraction fiscale a été notifié à la recourante le 7 septembre 2004. Le délai de péremption de 10 ans prévu à l'art. 152 al. 1 LIFD (en relation avec son alinéa 2) a donc été respecté. L'art. 152 al. 3 LIFD prévoit en outre que le droit de procéder au rappel de l'impôt s'éteint 15 ans après la fin de la procédure fiscale à laquelle il se rapporte. Il s'agit de la limite pour clore définitivement une procédure de rappel d'impôt (cf. Hugo Casanova, Commentaire romand, IFD, n. 2 ad art. 153). Ce délai est arrivé à expiration à fin 2010 pour la période fiscale 1995, soit au cours de la présente procédure. Par conséquent, il convient de réformer l'arrêt attaqué en tant qu'il confirme le rappel d'impôt prononcé pour cette période dont le complément à payer s'élève à 31'888,45 fr. Ce rappel sera annulé, ce qui a pour résultat le maintien de la taxation définitive 1995 IFD rendue le 26 juin 1997.

6.2 S'agissant des taxations relatives aux périodes 2000 à 2002, la recourante a été informée de l'ouverture d'une procédure de soustraction fiscale le 7 septembre 2004, soit lorsque le délai de prescription de 5 ans prévu à l'art. 120 al. 1 LIFD n'était pas arrivé à expiration. Cet avis a fait courir un nouveau délai de 5 ans (art. 120 al. 3 let. a LIFD), qui a par la suite été régulièrement suspendu et/ou interrompu. Enfin, à ce jour le délai de prescription absolue de 15 ans de l'art. 120 al. 4 LIFD n'est pas encore atteint.

6.3 En ce qui concerne les amendes prononcées en relation avec l'IFD, il convient en premier lieu de déterminer le droit applicable car en ce domaine, contrairement aux dispositions sur la prescription (péremption) des reprises et taxations définitives (cf. art. 120 et 152 LIFD), le droit a changé depuis 1995.
6.3.1 Le 1er octobre 2002, les règles sur la prescription figurant à l'art. 333 du Code pénal ont été modifiées, ce qui a une incidence directe sur les délais de prescription de la LIFD (PIERRE SANSONETTI, Commentaire romand, n. 13 ad art. 184 LIFD). Lorsque, comme en l'espèce, les actes délictueux ont été commis avant le 1er octobre 2002, les nouvelles règles ne s'appliquent que si elles sont plus favorables en vertu du principe de la lex mitior (arrêt 2A.719/2004 du 11 mai 2005 consid. 2; RICHNER/FREI/KAUFMANN/MEUTER, op. cit., n. 10 ad art. 184 ).

Selon le nouvel art. 333 al. 6 let. d CP, jusqu'à l'adaptation des lois fédérales topiques, la prescription de l'action pénale ne court plus si avant son échéance un jugement de premier instance a été rendu. Cette nouvelle disposition supprime le risque que l'action pénale se prescrive durant la procédure devant le Tribunal fédéral, ce qui justifiait l'examen d'office de cette question (ATF 129 IV 49 consid. 5.4 p. 52; 116 IV 80 consid. 2a p. 81 s.) et se révèle donc moins favorable que l'ancien droit. Quant aux délais eux-mêmes, l'article 184 LIFD s'avère en principe plus favorable et demeure applicable (RICHNER/ FREI/KAUFMANN/MEUTER, op. cit., n. 10 ad art. 184). Ainsi, jusqu'à la modification du 1er octobre 2002, le délai de prescription absolue était de 6 ans en matière de tentative de soustraction fiscale (cf. art. 184 al. 1 let. a LIFD combiné avec l'art. 184 al. 2 in fine LIFD). Désormais, il est de huit ans sur la base de l'art. 333 al. 6 let. a CP, disposition qui s'applique jusqu'à ce que la LIFD soit adaptée (arrêt 2C_480/2009 du 16 mars 2010 consid. 4.2 et les références). Quant à la soustraction consommée, le délai de prescription absolu est de 15 ans sous l'ancien droit (art. 184 al. 2 LIFD), alors qu'il est de 20
ans en application de l'art. 333 al. 6 let. a CP (SANSONETTI, op. cit., n. 18 et 25 ad art. 184 LIFD). La lex mitior commande donc d'appliquer l'art. 184 LIFD, sans tenir compte du nouvel art. 333 CP.
6.3.2 Les amendes pour soustraction fiscale portant sur les périodes 1995 à 1999, la poursuite introduite le 7 septembre 2004 l'a été dans le délai de dix ans prévus à l'art. 184 al. 1 LIFD. La prescription absolue prévue à l'art. 184 al. 2 LIFD implique que la procédure pour soustraction soit achevée par une décision entrée en force au plus tard 15 ans à compter de la période fiscale en question, étant précisé que la prescription commence à courir spécialement pour chaque période fiscale entrant en compte (cf. art. 184 al. 1 let. b LIFD; SANSONETTI, op. cit., n. 18 ad art. 184 LIFD). En l'occurrence, la procédure étant encore pendante actuellement, l'amende prononcée pour l'année 1995 est prescrite. L'arrêt attaqué devra donc être annulé en tant qu'il inflige à la recourante une amende de 47'800 fr. pour soustractions à l'IFD commises durant la période fiscale 1995, l'amende prononcée pour cette année-là étant supprimée.

6.4 Quant aux amendes pour tentatives de soustraction fiscale, le délai de prescription de quatre ans commence à courir à compter de la clôture définitive de la procédure au cours de laquelle la tentative de soustraction a été commise (cf. art. 184 al. 1 let. a LIFD). En cas de litige, la prescription ne va commencer à courir qu'à partir du moment où le Tribunal fédéral aura statué sur ladite procédure (cf. arrêt 2A.719/2004 du 11 mai 2005 consid. 4). Ensuite, elle ne peut se prolonger de plus de la moitié de sa durée initiale (cf. art. 184 al. 2 in fine LIFD). Dès lors que la taxation pour les périodes 2000-2002 pour lesquelles la recourante s'est vu condamnée pour des tentatives de soustraction fiscale fait aussi l'objet de la présente procédure, la prescription de ces infractions n'a pas encore commencé à courir.

6.5 En résumé, le droit de procéder au rappel d'impôt en matière d'IFD pour 1995 est périmé et l'amende pour soustraction fiscale en matière d'IFD se rapportant à cette même période est prescrite. L'arrêt attaqué devra donc être annulé sur ces points, le rappel d'impôts, ainsi que l'amende en matière d'IFD pour 1995 étant supprimés.

7.
Sur le fond la recourante invoque une mauvaise application des dispositions sur la détermination du bénéfice imposable. Elle conteste les trois montants repris par le fisc sur son bénéfice, à savoir : les 2/3 du poste "frais de sous-traitance" (compte no 4460) correspondant à des factures émises par Y.________ SA à l'égard de X.________ SA (consid. 7.2); le 80 % des charges comptabilisées au titre de la location d'avions privés (consid. 7.3) et le bénéfice net réalisé par Z.________ AG (consid. 7.4).

7.1 L'art. 57 LIFD prévoit que l'impôt sur le bénéfice a pour objet le bénéfice net. Celui-ci comprend notamment tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat, qui ne servent pas à couvrir les dépenses justifiées par l'usage commercial, tels que les distributions ouvertes ou dissimulées de bénéfice et les avantages procurés à des tiers qui ne sont pas justifiés par ledit usage (art. 58 al. 1 let. b in fine LIFD). Selon le Tribunal fédéral, il y a prestation appréciable en argent - également qualifiée de distribution dissimulée de bénéfice - lorsqu'une attribution est faite par la société, sans contre-prestation équivalente, à ses actionnaires ou à toute personne la ou les touchant de près et qui n'aurait pas été consentie à des tiers dans les mêmes circonstances (ATF 131 II 593 consid. 5.1 p. 607); il faut encore que le caractère insolite de cette prestation soit reconnaissable par les organes de la société (ATF 119 Ib 431 consid. 2b p. 435; arrêts 2C_30/2010 du 19 mai 2010 consid. 2.1 et 2C_788/2010 du 18 mai 2011 consid. 4.1 et les références citées). Les transactions internationales entre sociétés du même groupe doivent correspondre à ce qui se ferait entre tiers. Même
s'il n'est pas toujours facile de déterminer les prix de transfert pour ces opérations au sein d'un groupe, ceux-ci ne peuvent être fixés de manière à déplacer un bénéfice d'un Etat dans un autre ou à égaliser les résultats des sociétés (arrêts 2C_788/2010 du 18 mai 2011 consid. 4.1 et 2A.588/2006 du 19 avril 2007 consid. 4.2).

7.2 S'agissant des montants figurant dans le compte sous-traitant de la recourante, l'arrêt attaqué retient que les factures émanant de Y.________ SA étaient établies a posteriori et que les montants prélevés du compte de X.________ SA ne figuraient pas comme recettes dans les comptes de la société roumaine. Un tiers de ces sommes avait servi à payer des employés roumains de Y.________ SA travaillant au noir. Les deux tiers restant se rapportaient à des fausses factures et avaient été versés sur des comptes bancaires dont le seul ayant droit économique était A.________. Sur la base de ces éléments, on ne voit manifestement pas qu'en considérant que les deux tiers des montants figurant au compte no 4460 n'étaient pas justifiés commercialement et devaient être intégrés au bénéfice imposable, les juges cantonaux auraient violé le droit fédéral.

7.3 En ce qui concerne les frais relatifs à un aéronef, l'arrêt attaqué constate que 80 % des montants figurant dans le compte "Frais de location d'avion" de X.________ SA pour les années 2000 à 2002 correspondait à des vols effectués et facturés qui n'avaient aucun caractère commercial. De tels frais doivent à l'évidence être réintégrés dans le bénéfice imposable de la société.

7.4 Enfin, faisant application du principe de la transparence ("Durchgriffstheorie") fondé sur la réalité économique, les autorités ont considéré que la société Z.________ AG n'avait pas d'existence propre et ont attribué à la recourante le résultat issu des comptes de Z.________ AG dès 1999, ainsi que les charges non justifiées commercialement de cette société qui correspondaient à des frais de sous-traitance non-probants et à des frais d'avions.
7.4.1 Selon une jurisprudence constante (ATF 131 II 627 consid. 5.2 p. 635; 109 Ib 110 consid. 3 p. 112/113; 103 Ia 20 consid. 4 p. 22/23), la forme juridique des relations d'où provient le revenu imposable n'est pas nécessairement décisive du point de vue fiscal. Sous certaines conditions, l'autorité peut s'en tenir à la réalité économique et admettre en particulier l'existence d'un seul contribuable en présence de plusieurs entités juridiquement distinctes (cf. arrêt 2C_742/2008 du 11 février 2009 consid. 5.5). Le Tribunal fédéral n'admet ce mode de faire que si la forme juridique à laquelle a recouru le contribuable est insolite, inadéquate ou anormale, qu'elle n'a été choisie qu'aux fins d'éluder l'impôt et qu'elle conduirait effectivement à une économie d'impôt. En d'autres termes, il faut que l'on se trouve en présence d'un cas d'évasion fiscale (ATF 102 Ib 151 consid. 3a p. 154/155; arrêt 2P.92/2005 du 30 janvier 2006 consid. 7.2).
7.4.2 En l'espèce, selon l'arrêt attaqué, Z.________ AG est une société liechtensteinoise créée en 1999 par A.________ qui en détient l'entier du capital-actions. Selon le rapport de la Division d'enquêtes fiscales spéciales reproduit dans l'arrêt attaqué, cette société a servi dès sa création à faire écran entre la recourante et ses clients. L'activité effective de Z.________ AG n'a jamais été déployée au Liechtenstein, mais en Suisse depuis les locaux de X.________ SA. Les juges cantonaux ont en outre énuméré toute une série d'indices démontrant les liens entre Z.________ AG et X.________ SA. Ils ont conclu que Z.________ AG n'avait pas d'existence propre et qu'aucun motif ne justifiait sa domiciliation au Liechtenstein, si ce n'est de permettre à la recourante de diminuer son bénéfice et sa charge fiscale. Sur cette base, on ne peut reprocher au Tribunal cantonal d'avoir confirmé que, sur le plan fiscal, Z.________ AG et la recourante pouvaient être considérées comme une seule entité.

7.5 La recourante reproche au Tribunal cantonal d'avoir méconnu les règles sur le calcul du bénéfice imposable lorsqu'il a opéré les trois reprises litigieuses. Son raisonnement juridique part cependant de prémisses complètement différentes de l'état de fait constaté et tenu pour déterminant par les juges cantonaux. Ses critiques d'ordre juridique n'ont donc de sens que s'il se justifie de s'écarter des constatations cantonales.

Tel n'est pas le cas. En effet, la recourante perd manifestement de vue que le Tribunal fédéral n'est pas une instance d'appel et qu'il ne sert à rien, sous le couvert d'arbitraire ou de constatations manifestement inexactes, de discuter librement les faits devant lui (arrêt 2C_361/2010 du 13 juillet 2010 consid. 2.2). C'est pourtant bien l'exercice auquel s'est adonné la recourante sur chacun des éléments retenus. Elle reprend du reste largement les critiques qu'elle avait déjà formulées devant le Tribunal cantonal. Si une telle argumentation est admissible devant une autorité qui revoit librement les faits, elle est irrecevable devant le Tribunal fédéral (cf. ATF 136 II 101 consid. 3 p. 104 s.; 135 II 313 consid. 5.2.2 p. 322). La Cour de céans n'entrera donc pas en matière sur les critiques appellatoires de la recourante. Au demeurant, la plupart des griefs formulés trouvent une réponse convaincante et détaillée dans l'arrêt attaqué. Tel est notamment le cas lorsque la recourante conteste être la titulaire des droits de propriété sur les logiciels commercialisés par le groupe, ce qui justifierait les montants retirés du compte-courant, alors que le contrat du 10 février 1993 dit l'inverse. Il en va de même lorsqu'elle affirme
que les vols effectués par A.________ l'auraient été à titre privé, alors que tous les éléments retenus prouvent le contraire.

Par conséquent, les griefs de la recourante concernant les montants inclus dans son bénéfice imposable doivent donc être rejetés, dans la mesure où ils sont recevables.

8.
Invoquant l'art. 151 LIFD, la recourante soutient que les deux tiers des montants qui figuraient au poste sous-traitance du compte 4460 ne pouvaient être pris en compte dans le cadre d'une procédure de rappel d'impôt, car elle avait déposé sur ce point une déclaration complète et précise au sens de l'art. 151 al. 2 LIFD.

8.1 Il ressort de l'art. 151 LIFD que, lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation entrée en force est incomplète, elle procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts (cf. al. 1). En revanche, le rappel est exclu si le contribuable a déposé une déclaration complète et précise (cf. al. 2). Il y a motif à rappel d'impôts lorsque l'autorité découvre des faits ou des moyens de preuve qui ne ressortaient pas du dossier dont disposait l'autorité fiscale au moment de la taxation (arrêts 2C_879/2008 du 20 avril 2009 consid. 5.2; 2C_104/2008 du 20 juin 2008, consid. 3.3; 2A.300/2006 du 27 février 2007 consid. 3.3 et les références citées).

8.2 Selon les constatations cantonales, les premières taxations ont été effectuées sur la base des documents remis par la recourante. Cependant, ces documents n'étaient pas exacts, puisqu'après l'entrée en force des taxations l'autorité fiscale a découvert que les factures produites pour justifier les frais de sous-traitance étaient fictives. Cette découverte constitue à l'évidence un motif justifiant un rappel d'impôts. La position de la recourante confine du reste à nouveau à la témérité, dès lors qu'elle ose prétendre qu'elle a rempli les exigences de l'art. 151 al. 2 LIFD, alors que la taxation initiale était fondée sur des documents fictifs qu'elle a elle-même produits.

9.
Dans un dernier grief, la recourante conteste l'existence même des infractions fiscales et la quotité des amendes prononcées à son encontre.

9.1 La recourante étant une personne morale, l'art. 181 LIFD lui est applicable (cf. art. 333 al. 1 CP; ATF 135 II 86 consid. 4.1 p. 89). Selon l'alinéa 1 de cette disposition, lorsque des obligations de procédure ont été violées ou qu'une soustraction ou une tentative de soustraction d'impôt a été commise au profit d'une personne morale, celle-ci est punie d'une amende. Il y a soustraction d'impôt lorsque le contribuable, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte que la taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète (cf. art. 175 al. 1 LIFD). Pour que l'infraction soit consommée, il suffit que le contribuable donne à l'autorité fiscale des renseignements inexacts, en particulier en fournissant une déclaration d'impôt incomplète et qui n'est pas conforme à la vérité au sens de l'art. 124 al. 2 LIFD (arrêt 2C_480/2009 du 16 mars 2010 consid. 5.1). Aussi longtemps que la taxation n'est pas entrée en force, il n'y a que tentative de soustraction au vertu de l'art. 176 LIFD (cf. arrêts 2A.481/2003 du 18 août 2004 consid. 3 et 2A.228/2001 du 13 novembre 2001 consid. 2a), étant précisé que le comportement illicite réprimé par cette disposition correspond à celui
de la soustraction fiscale de l'art. 175 LIFD. Bien que l'art. 176 LIFD soit muet sur la question, la tentative de soustraction fiscale suppose un agissement intentionnel de l'auteur (cf. arrêt 2C_480/2009 du 16 mars 2010 consid. 5.1 et les références citées). Lorsque le délit est commis par une personne morale, le comportement de ses organes lui est imputable pour examiner les éléments subjectifs de l'infraction (cf. ATF 135 II 86 consid. 4.2 p 90 s.).

9.2 En l'espèce, le comportement de la recourante justifiant les reprises tel que décrit précédemment (cf. supra consid. 7.2 à 7.4) est sans conteste constitutif d'évasion fiscale pour les périodes fiscales 1996 à 1999 (l'année 1995 n'entre plus en ligne de compte en raison de la prescription; cf. supra consid. 6.3) et de tentative d'évasion fiscale pour les années 2000 à 2002, puisqu'aucune taxation définitive n'est encore entrée en force. Sur le plan subjectif, l'arrêt attaqué retient l'intention, considérant que la recourante, par l'intermédiaire de ses organes (en l'occurrence A.________), a déposé des déclarations d'impôt inexactes dans le but d'obtenir une taxation trop basse. C'est donc à juste titre que les juges cantonaux ont confirmé l'existence de soustractions et tentatives de soustractions fiscales. L'argumentation de la recourante, qui se limite sur ce point à se référer à l'absence de comportement justifiant les reprises d'impôts, est à l'évidence infondée.

9.3 Quant à la quotité de l'amende, elle est en règle générale fixée, en cas de soustraction fiscale, au montant de l'impôt soustrait. Si la faute est légère, l'amende peut être réduite jusqu'au tiers de ce montant; si la faute est grave, elle peut au plus être triplée (art. 175 al. 3 LIFD). L'amende pour tentative de soustraction fiscale est fixée aux deux tiers de la peine qui serait infligée si la soustraction avait été commise intentionnellement et consommée (art. 176 al. 2 LIFD). Si l'infraction est commise par une personne morale (art. 181 al. 1 LIFD), l'amende infligée doit obéir aux critères qui sont applicables au degré de la faute des organes tandis que la situation économique dont il faut tenir compte est celle de la personne morale au profit de laquelle la soustraction a eu lieu et non pas celle de ses organes (ATF 135 II 86 consid. 4.4 p. 91 s.).

9.4 En l'espèce, les peines prononcées s'élèvent à une fois et demi le montant de l'impôt soustrait pour les périodes 1996 à 1999, ce montant étant réduit d'un tiers pour les années 2000 à 2002 où seule une tentative a été réalisée. Le Tribunal cantonal, faisant sienne la position de l'autorité fiscale, a considéré ces peines comme justifiées, dès lors que les faits étaient graves, que A.________ cherchait à minimiser sa responsabilité en la reportant sur ses mandataires, alors qu'il s'était lui-même adjoint les services de professionnels de la fiscalité dans le but de réaliser des économies d'impôts indues, allant jusqu'à utiliser des fausses factures, et qu'il ne montrait aucune volonté de régulariser la situation de ses sociétés. Sur la base de ces éléments, on ne voit pas que l'appréciation des juges cantonaux quant à la quotité des amendes prononcées soit critiquable.

9.5 Les arguments présentés par la recourante ne sont pas propres à modifier cette conclusion, mais au contraire la confirment.

Lorsqu'elle soutient que A.________ n'a fait que suivre les conseils juridiques et fiscaux d'un avocat spécialisé dont il était sous l'influence, la recourante s'écarte des faits cantonaux selon lesquels le prénommé était parfaitement conscient des buts et des moyens mis en place. Dès lors qu'elle n'invoque pas l'arbitraire des constatations cantonales sur ce point, son argumentation n'est pas recevable.

La recourante reproche aux juges cantonaux de ne pas avoir tenu compte en sa faveur de son absence d'antécédent en matière fiscale et de l'écoulement du temps, en particulier du fait que la péremption est proche. Une telle argumentation est téméraire. En effet, la recourante a été créée en 1990 et, pendant les 5 premières années de son existence, elle n'a encaissé aucun chiffres d'affaires. Dès 1995, soit dès qu'elle a réalisé ses premiers résultats, elle s'est rendue coupable de soustraction fiscale. Si l'écoulement du temps doit être pris en compte, c'est donc uniquement en défaveur de la recourante. Il en va de même de l'approche du délai de péremption, s'agissant d'un contribuable qui a commis des infractions pendant de nombreuses années et qui n'entend toujours pas régulariser sa situation.

II. Impôt cantonal et communal (ICC)

10.
Sous réserve d'exceptions n'entrant pas en ligne de compte ici (cf. art. 95 let. c et d LTF), le recours en matière de droit public n'est pas ouvert pour se plaindre d'une violation du droit cantonal en tant que tel. Il est seulement possible de faire valoir que la mauvaise application du droit cantonal constitue une violation du droit fédéral au sens de l'art. 95 let. a LTF, en particulier qu'elle est arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 133 III 462 consid. 2.3 p. 466). Le Tribunal fédéral n'examine toutefois pas ces questions d'office, mais se prononce uniquement sur les griefs invoqués et motivés de manière suffisante par le recourant (cf. art. 106 al. 2 LTF).

Il en découle que, si le Tribunal fédéral examine librement la conformité du droit cantonal harmonisé avec les dispositions de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14), il ne revoit les dispositions fiscales relevant uniquement du droit cantonal qu'aux conditions de l'art. 106 al. 2 LTF. Ceci vaut aussi par rapport aux dispositions fiscales cantonales qui, bien que soumises au respect des principes généraux fixés par la LHID, ont été adoptées dans un domaine laissant une marge de liberté au législateur cantonal (cf. ATF 134 II 124 consid. 3.2 p. 132).

11.
La recourante ne se prévaut nullement d'une application arbitraire du droit cantonal, mais le discute de la même façon qu'elle se plaint de la violation du droit fédéral et de la LHID. Dans la mesure où il porte sur des questions de pur droit cantonal, son recours est donc irrecevable en regard de l'art. 106 al. 2 LTF. Tel est le cas des griefs formés à l'encontre de la taxation et de l'amende se rapportant à l'exercice 2000. En effet, cette année se trouve encore dans la période transitoire laissée aux cantons pour adapter leur législation aux dispositions de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (art. 72 al. 1 LHID) et est exclusivement régie par le droit cantonal (cf. ATF 123 II 588 consid. 2 p. 591 ss; arrêt 2C_277/2008 du 26 septembre 2008 consid. 1.2).

Pour les années 2001-2002, la LHID est en revanche applicable, de sorte qu'il convient de vérifier si les exigences du droit fédéral harmonisé ont été respectées lors de l'application du droit cantonal, étant rappelé que les dispositions sur l'imposition du bénéfice, le rappel d'impôt et la soustraction d'impôt, ainsi que la tentative de soustraction, figurent dans les titres 2 à 6 de la LHID (cf. art. 72 al. 1 LHID). Lors de cet examen, il conviendra uniquement de tenir compte du droit cantonal actuel, à savoir de la loi vaudoise du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux entrée en vigueur le 1er janvier 2001 (ci-après LI/VD; RS/VD 642.11).

12.

12.1 S'agissant de la prescription du droit de taxer, les délais de l'art. 170 LI/VD sont similaires à ceux de l'art. 47 LHID, disposition correspondant à l'art. 120 LIFD, de sorte que l'on peut renvoyer aux développements présentés en relation avec l'IFD (cf. supra consid. 6.2). En ce qui concerne les amendes pour tentative de soustraction fiscale, on peut par analogie renvoyer au consid. 6.5 en matière d'IFD, puisque l'art. 58 LHID, qui est repris à l'art. 254 LI/VD, est comparable à l'art. 184 LIFD. Par conséquent, les taxations et les amendes en matière d'ICC ne sont pas atteintes par la prescription pour la période 2001-2002.

12.2 Même si l'art. 24 LHID ne mentionne pas les distributions dissimulées de bénéfice ou les avantages procurés à des tiers qui ne sont pas justifiés par l'usage commercial comme le prévoit l'art. 58 al. 1 let. b LIFD, ces avantages doivent être réintégrés dans le bénéfice imposable aussi en vertu de l'art. 24 al. 1 lettre a LHID (arrêt 2C_895/2008 du 9 juin 2009 consid. 2.2 et la référence à STEPHAN KUHN/PETER BRÜLISAUER, in Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/1, Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden, 2ème éd., nos 74 ss ad Art. 24 StHG). L'art. 94 al. 1 let. b in fine LI/VD, qui correspond sur ce point à l'art. 58 al. 1 let. b LIFD, est donc conforme à la LHID. En outre, la possibilité, admise en matière d'IFD (cf. supra consid. 7.4), de s'écarter de la réalité juridique au profit de la réalité économique lorsque les conditions de l'évasion fiscale sont réunies, est une règle qui s'applique aussi en matière de LHID (cf. KUHN/BRÜLISAUER, op. cit., n. 7 ad Vorbemerkungen zum 2. Kapitel StHG), de sorte que l'on ne peut reprocher au Tribunal cantonal d'en avoir fait application sous l'angle de l'ICC. Partant, c'est à juste titre qu'il a été tenu compte des mêmes reprises en
matière d'ICC que d'IFD (cf. supra consid. 7).

12.3 Enfin, l'art. 56 al. 1 LHID, qui impose de réprimer la tentative de soustraction, contient des règles similaires à l'art. 176 LIFD. Quant au droit cantonal, l'art. 243 LI/VD, consacré à la tentative de soustraction, reprend la règle prévue à l'art. 56 al. 1 LHID (arrêt 2C_480/2009 du 16 mars 2010 consid. 7). Sur ce point également, on peut donc renvoyer à ce qui a été dit en matière d'IFD (cf. supra consid. 9).

13.
En résumé, le recours doit, en matière d'IFD, être très partiellement admis dans la mesure où il est recevable, et l'arrêt attaqué réformé, en ce sens que le rappel d'impôt et l'amende relatifs à la période fiscale 1995 sont annulés (cf. supra consid. 6.1 et 6.3.2). L'arrêt attaqué est en revanche confirmé pour le surplus.

En ce qui concerne l'ICC, le recours doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité.

13.1 Bien que formellement la recourante obtienne gain de cause concernant le rappel d'impôt et l'amende relatifs à l'IFD 1995 en raison de la prescription/péremption, il n'en sera pas tenu compte dans la répartition des frais et dépens. En effet, le Tribunal fédéral était tenu d'examiner d'office la question et la recourante s'est contentée de s'en rapporter à justice sur ce point, alors que les griefs qu'elle a soulevés se sont révélés infondés ou à la limite de la témérité voire téméraires. Par conséquent, les frais seront mis à la charge de la recourante (art. 66 al. 1 LTF) et il ne sera pas alloué de dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF), étant précisé que les frais sont calculés sur la base d'un seul recours (cf. supra consid. 2.3).

Pour ce même motif, l'arrêt attaqué ne sera pas modifié sur la question des frais et de l'absence de dépens (cf. art. 67 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:

1.
Les causes 2C_724/2010 et 2C_796/2010 sont jointes.

2.
Le recours est partiellement admis dans la mesure où il est recevable en matière d'IFD et l'arrêt attaqué est réformé, en ce sens que le rappel d'impôt et l'amende relatifs à la période fiscale 1995 sont supprimés. Le recours est confirmé pour le surplus.

3.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable en matière d'ICC.

4.
Les frais judiciaires, arrêtés à 20'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.

5.
Il n'est pas alloué de dépens.

6.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à l'Administration cantonale des impôts et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.

Lausanne, le 27 juillet 2011
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:

Zünd Addy

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 129 - 1 Si le dispositif d'un arrêt du Tribunal fédéral est peu clair, incomplet ou équivoque, ou si ses éléments sont contradictoires entre eux ou avec les motifs, ou s'il contient des erreurs de rédaction ou de calcul, le Tribunal fédéral, à la demande écrite d'une partie ou d'office, interprète ou rectifie l'arrêt.
¹	Si le dispositif d'un arrêt du Tribunal fédéral est peu clair, incomplet ou équivoque, ou si ses éléments sont contradictoires entre eux ou avec les motifs, ou s'il contient des erreurs de rédaction ou de calcul, le Tribunal fédéral, à la demande écrite d'une partie ou d'office, interprète ou rectifie l'arrêt.
²	L'interprétation d'un arrêt du tribunal qui renvoie la cause à l'autorité précédente ne peut être demandée que si cette dernière n'a pas encore rendu sa nouvelle décision.
³	Les art. 126 et 127 sont applicables par analogie.

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 106 Application du droit - 1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
¹	Le Tribunal fédéral applique le droit d'office.
²	Il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.

SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 Cst. Art. 8 Égalité - 1 Tous les êtres humains sont égaux devant la loi.
¹	Tous les êtres humains sont égaux devant la loi.
²	Nul ne doit subir de discrimination du fait notamment de son origine, de sa race, de son sexe, de son âge, de sa langue, de sa situation sociale, de son mode de vie, de ses convictions religieuses, philosophiques ou politiques ni du fait d'une déficience corporelle, mentale ou psychique.
³	L'homme et la femme sont égaux en droit. La loi pourvoit à l'égalité de droit et de fait, en particulier dans les domaines de la famille, de la formation et du travail. L'homme et la femme ont droit à un salaire égal pour un travail de valeur égale.
⁴	La loi prévoit des mesures en vue d'éliminer les inégalités qui frappent les personnes handicapées.

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 129 - 1 Si le dispositif d'un arrêt du Tribunal fédéral est peu clair, incomplet ou équivoque, ou si ses éléments sont contradictoires entre eux ou avec les motifs, ou s'il contient des erreurs de rédaction ou de calcul, le Tribunal fédéral, à la demande écrite d'une partie ou d'office, interprète ou rectifie l'arrêt.
¹	Si le dispositif d'un arrêt du Tribunal fédéral est peu clair, incomplet ou équivoque, ou si ses éléments sont contradictoires entre eux ou avec les motifs, ou s'il contient des erreurs de rédaction ou de calcul, le Tribunal fédéral, à la demande écrite d'une partie ou d'office, interprète ou rectifie l'arrêt.
²	L'interprétation d'un arrêt du tribunal qui renvoie la cause à l'autorité précédente ne peut être demandée que si cette dernière n'a pas encore rendu sa nouvelle décision.
³	Les art. 126 et 127 sont applicables par analogie.

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 129 - 1 Si le dispositif d'un arrêt du Tribunal fédéral est peu clair, incomplet ou équivoque, ou si ses éléments sont contradictoires entre eux ou avec les motifs, ou s'il contient des erreurs de rédaction ou de calcul, le Tribunal fédéral, à la demande écrite d'une partie ou d'office, interprète ou rectifie l'arrêt.
¹	Si le dispositif d'un arrêt du Tribunal fédéral est peu clair, incomplet ou équivoque, ou si ses éléments sont contradictoires entre eux ou avec les motifs, ou s'il contient des erreurs de rédaction ou de calcul, le Tribunal fédéral, à la demande écrite d'une partie ou d'office, interprète ou rectifie l'arrêt.
²	L'interprétation d'un arrêt du tribunal qui renvoie la cause à l'autorité précédente ne peut être demandée que si cette dernière n'a pas encore rendu sa nouvelle décision.
³	Les art. 126 et 127 sont applicables par analogie.

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 100 Recours contre une décision - 1 Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
¹	Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
²	Le délai de recours est de dix jours contre:
^a	les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour dettes et de faillite;
^b	les décisions en matière d'entraide pénale internationale et d'assistance administrative internationale en matière fiscale;
^c	les décisions portant sur le retour d'un enfant fondées sur la Convention européenne du 20 mai 1980 sur la reconnaissance et l'exécution des décisions en matière de garde des enfants et le rétablissement de la garde des enfants92 ou sur la Convention du 25 octobre 1980 sur les aspects civils de l'enlèvement international d'enfants93.
^d	les décisions du Tribunal fédéral des brevets concernant l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets95.
³	Le délai de recours est de cinq jours contre:
^a	les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour effets de change;
^b	les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours concernant des votations fédérales.
⁴	Le délai de recours est de trois jours contre les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours touchant aux élections au Conseil national.
⁵	En matière de recours pour conflit de compétence entre deux cantons, le délai de recours commence à courir au plus tard le jour où chaque canton a pris une décision pouvant faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
⁶	...96
⁷	Le recours pour déni de justice ou retard injustifié peut être formé en tout temps.

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 83 Exceptions - Le recours est irrecevable contre:
^a	les décisions concernant la sûreté intérieure ou extérieure du pays, la neutralité, la protection diplomatique et les autres affaires relevant des relations extérieures, à moins que le droit international ne confère un droit à ce que la cause soit58 jugée par un tribunal;
^b	les décisions relatives à la naturalisation ordinaire;
^c	les décisions en matière de droit des étrangers qui concernent:
^c1	l'entrée en Suisse,
^c2	une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit,
^c3	l'admission provisoire,
^c4	l'expulsion fondée sur l'art. 121, al. 2, de la Constitution ou le renvoi,
^c5	les dérogations aux conditions d'admission,
^c6	la prolongation d'une autorisation frontalière, le déplacement de la résidence dans un autre canton, le changement d'emploi du titulaire d'une autorisation frontalière et la délivrance de documents de voyage aux étrangers sans pièces de légitimation;
^d	les décisions en matière d'asile qui ont été rendues:
^d1	par le Tribunal administratif fédéral, sauf celles qui concernent des personnes visées par une demande d'extradition déposée par l'État dont ces personnes cherchent à se protéger,
^d2	par une autorité cantonale précédente et dont l'objet porte sur une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit;
^e	les décisions relatives au refus d'autoriser la poursuite pénale de membres d'autorités ou du personnel de la Confédération;
^f	les décisions en matière de marchés publics:
^fbis	les décisions du Tribunal administratif fédéral concernant les décisions visées à l'art. 32i de la loi fédérale du 20 mars 2009 sur le transport de voyageurs65;
^f1	si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe; sont réservés les recours concernant des marchés du Tribunal administratif fédéral, du Tribunal pénal fédéral, du Tribunal fédéral des brevets, du Ministère public de la Confédération et des autorités judiciaires supérieures des cantons, ou
^f2	si la valeur estimée du marché à adjuger est inférieure à la valeur seuil déterminante visée à l'art. 52, al. 1, et fixée à l'annexe 4, ch. 2, de la loi fédérale du 21 juin 2019 sur les marchés publics63;
^g	les décisions en matière de rapports de travail de droit public qui concernent une contestation non pécuniaire, sauf si elles touchent à la question de l'égalité des sexes;
^h	les décisions en matière d'entraide administrative internationale, à l'exception de l'assistance administrative en matière fiscale;
ⁱ	les décisions en matière de service militaire, de service civil ou de service de protection civile;
^j	les décisions en matière d'approvisionnement économique du pays qui sont prises en cas de pénurie grave;
^k	les décisions en matière de subventions auxquelles la législation ne donne pas droit;
^l	les décisions en matière de perception de droits de douane fondée sur le classement tarifaire ou le poids des marchandises;
^m	les décisions sur l'octroi d'un sursis de paiement ou sur la remise de contributions; en dérogation à ce principe, le recours contre les décisions sur la remise de l'impôt fédéral direct ou de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice est recevable, lorsqu'une question juridique de principe se pose ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
ⁿ	les décisions en matière d'énergie nucléaire qui concernent:
ⁿ¹	l'exigence d'un permis d'exécution ou la modification d'une autorisation ou d'une décision,
ⁿ²	l'approbation d'un plan de provision pour les coûts d'évacuation encourus avant la désaffection d'une installation nucléaire,
ⁿ³	les permis d'exécution;
^o	les décisions en matière de circulation routière qui concernent la réception par type de véhicules;
^p	les décisions du Tribunal administratif fédéral en matière de télécommunications, de radio et de télévision et en matière postale qui concernent:70
^p1	une concession ayant fait l'objet d'un appel d'offres public,
^p2	un litige découlant de l'art. 11a de la loi du 30 avril 1997 sur les télécommunications71;
^p3	un litige au sens de l'art. 8 de la loi du 17 décembre 2010 sur la poste73;
^q	les décisions en matière de médecine de transplantation qui concernent:
^q1	l'inscription sur la liste d'attente,
^q2	l'attribution d'organes;
^r	les décisions en matière d'assurance-maladie qui ont été rendues par le Tribunal administratif fédéral sur la base de l'art. 3474 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)75;
^s	les décisions en matière d'agriculture qui concernent:
^s1	...
^s2	la délimitation de zones dans le cadre du cadastre de production;
^t	les décisions sur le résultat d'examens ou d'autres évaluations des capacités, notamment en matière de scolarité obligatoire, de formation ultérieure ou d'exercice d'une profession;
^u	les décisions relatives aux offres publiques d'acquisition (art. 125 à 141 de la loi du 19 juin 2015 sur l'infrastructure des marchés financiers79);
^v	les décisions du Tribunal administratif fédéral en cas de divergences d'opinion entre des autorités en matière d'entraide judiciaire ou d'assistance administrative au niveau national;
^w	les décisions en matière de droit de l'électricité qui concernent l'approbation des plans des installations électriques à courant fort et à courant faible et l'expropriation de droits nécessaires à la construction ou à l'exploitation de telles installations, si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe.
^x	les décisions en matière d'octroi de contributions de solidarité au sens de la loi fédérale du 30 septembre 2016 sur les mesures de coercition à des fins d'assistance et les placements extrafamiliaux antérieurs à 198183, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
^y	les décisions prises par le Tribunal administratif fédéral dans des procédures amiables visant à éviter une imposition non conforme à une convention internationale applicable dans le domaine fiscal;
^z	les décisions citées à l'art. 71c, al. 1, let. b, de la loi du 30 septembre 2016 sur l'énergie86 concernant les autorisations de construire et les autorisations relevant de la compétence des cantons destinées aux installations éoliennes d'intérêt national qui y sont nécessairement liées, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe.

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 86 Autorités précédentes en général - 1 Le recours est recevable contre les décisions:
¹	Le recours est recevable contre les décisions:
^a	du Tribunal administratif fédéral;
^b	du Tribunal pénal fédéral;
^c	de l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision;
^d	des autorités cantonales de dernière instance, pour autant que le recours devant le Tribunal administratif fédéral ne soit pas ouvert.
²	Les cantons instituent des tribunaux supérieurs qui statuent comme autorités précédant immédiatement le Tribunal fédéral, sauf dans les cas où une autre loi fédérale prévoit qu'une décision d'une autre autorité judiciaire peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
³	Pour les décisions revêtant un caractère politique prépondérant, les cantons peuvent instituer une autorité autre qu'un tribunal.

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 42 Mémoires - 1 Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
¹	Les mémoires doivent être rédigés dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signés.
²	Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Si le recours n'est recevable que lorsqu'il soulève une question juridique de principe ou qu'il porte sur un cas particulièrement important pour d'autres motifs, il faut exposer en quoi l'affaire remplit la condition exigée.15 16
³	Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu'elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée si le mémoire est dirigé contre une décision.
⁴	En cas de transmission électronique, le mémoire doit être muni de la signature électronique qualifiée de la partie ou de son mandataire au sens de la loi du 18 mars 2016 sur la signature électronique17. Le Tribunal fédéral détermine dans un règlement:
^a	le format du mémoire et des pièces jointes;
^b	les modalités de la transmission;
^c	les conditions auxquelles il peut exiger, en cas de problème technique, que des documents lui soient adressés ultérieurement sur papier.18
⁵	Si la signature de la partie ou de son mandataire, la procuration ou les annexes prescrites font défaut, ou si le mandataire n'est pas autorisé, le Tribunal fédéral impartit un délai approprié à la partie pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
⁶	Si le mémoire est illisible, inconvenant, incompréhensible ou prolixe ou qu'il n'est pas rédigé dans une langue officielle, le Tribunal fédéral peut le renvoyer à son auteur; il impartit à celui-ci un délai approprié pour remédier à l'irrégularité et l'avertit qu'à défaut le mémoire ne sera pas pris en considération.
⁷	Le mémoire de recours introduit de manière procédurière ou à tout autre égard abusif est irrecevable.

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 89 Qualité pour recourir - 1 A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
¹	A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
^a	a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire;
^b	est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué, et
^c	a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
²	Ont aussi qualité pour recourir:
^a	la Chancellerie fédérale, les départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer la législation fédérale dans leur domaine d'attributions;
^b	l'organe compétent de l'Assemblée fédérale en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération;
^c	les communes et les autres collectivités de droit public qui invoquent la violation de garanties qui leur sont reconnues par la constitution cantonale ou la Constitution fédérale;
^d	les personnes, organisations et autorités auxquelles une autre loi fédérale accorde un droit de recours.
³	En matière de droits politiques (art. 82, let. c), quiconque a le droit de vote dans l'affaire en cause a qualité pour recourir.

SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID) LHID Art. 73 Recours - 1 Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
¹	Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
²	Le contribuable, l'administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions ont le droit de recourir.
³	...256

SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 Cst. Art. 29 Garanties générales de procédure - 1 Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
¹	Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable.
²	Les parties ont le droit d'être entendues.
³	Toute personne qui ne dispose pas de ressources suffisantes a droit, à moins que sa cause paraisse dépourvue de toute chance de succès, à l'assistance judiciaire gratuite. Elle a en outre droit à l'assistance gratuite d'un défenseur, dans la mesure où la sauvegarde de ses droits le requiert.

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 120 Prescription du droit de taxer - 1 Le droit de procéder à la taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale. Les art. 152 et 184 sont réservés.
¹	Le droit de procéder à la taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale. Les art. 152 et 184 sont réservés.
²	La prescription ne court pas ou est suspendue:
^a	pendant les procédures de réclamation, de recours ou de révision;
^b	aussi longtemps que la créance d'impôt est garantie par des sûretés ou que le recouvrement est ajourné;
^c	aussi longtemps que le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui du paiement de l'impôt n'a pas de domicile en Suisse ou n'y est pas en séjour.
³	Un nouveau délai de prescription commence à courir:
^a	lorsque l'autorité prend une mesure tendant à fixer ou faire valoir la créance d'impôt et en informe le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui du paiement de l'impôt;
^b	lorsque le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui reconnaît expressément la dette d'impôt;
^c	lorsqu'une demande en remise d'impôt est déposée;
^d	lorsqu'une poursuite pénale est introduite ensuite de soustraction d'impôt consommée ou de délit fiscal.
⁴	La prescription du droit de procéder à la taxation est acquise dans tous les cas quinze ans après la fin de la période fiscale.

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 153 Procédure - 1 Le contribuable est avisé par écrit de l'ouverture d'une procédure en rappel d'impôt.
¹	Le contribuable est avisé par écrit de l'ouverture d'une procédure en rappel d'impôt.
^1bis	Si, au moment de l'ouverture de la procédure en rappel d'impôt, aucune procédure pénale pour soustraction d'impôt n'est ouverte ni pendante ni ne peut être exclue d'emblée, le contribuable sera avisé qu'une procédure pénale pour soustraction d'impôt pourra ultérieurement être ouverte contre lui.246
²	Lorsqu'au décès du contribuable, la procédure n'est pas encore introduite ou qu'elle n'est pas terminée, elle peut être ouverte ou continuée contre les héritiers.
³	Au surplus, les dispositions concernant les principes généraux de procédure, les procédures de taxation et de recours s'appliquent par analogie.

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 152 Péremption - 1 Le droit d'introduire une procédure de rappel d'impôt s'éteint dix ans après la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou pour laquelle la taxation entrée en force était incomplète.
¹	Le droit d'introduire une procédure de rappel d'impôt s'éteint dix ans après la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou pour laquelle la taxation entrée en force était incomplète.
²	L'introduction d'une procédure de poursuite pénale ensuite de soustraction d'impôt ou de délit fiscal entraîne également l'ouverture de la procédure de rappel d'impôt.
³	Le droit de procéder au rappel de l'impôt s'éteint 15 ans après la fin de la période fiscale à laquelle il se rapporte.

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 184 - 1 La poursuite pénale se prescrit:
¹	La poursuite pénale se prescrit:
^a	en cas de violation des obligations de procédure par trois ans et en cas de tentative de soustraction d'impôt par six ans à compter de la clôture définitive de la procédure au cours de laquelle la violation des obligations de procédure ou la tentative de soustraction a été commise;
^b	en cas de soustraction d'impôt consommée, par dix ans:
^b1	à compter de la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée ou l'a été de façon incomplète, ou pour laquelle l'impôt à la source n'a pas été perçu conformément à la loi (art. 175, al. 1),
^b2	à compter de la fin de l'année civile au cours de laquelle une restitution d'impôt illégale ou une remise d'impôt injustifiée a été obtenue (art. 175, al. 1), ou des biens successoraux dissimulés ou distraits dans la procédure d'inventaire (art. 178, al. 1 à 3).
²	La prescription ne court plus si une décision a été rendue par l'autorité cantonale compétente (art. 182, al. 1) avant l'échéance du délai de prescription.

SR 311.0 Code pénal suisse du 21 décembre 1937 CP Art. 333 - 1 Les dispositions générales du présent code sont applicables aux infractions prévues par d'autres lois fédérales, à moins que celles-ci ne contiennent des dispositions sur la matière.
¹	Les dispositions générales du présent code sont applicables aux infractions prévues par d'autres lois fédérales, à moins que celles-ci ne contiennent des dispositions sur la matière.
²	Dans les autres lois fédérales:
^a	la réclusion est remplacée par une peine privative de liberté de plus d'un an;
^b	l'emprisonnement est remplacé par une peine privative de liberté de trois ans au plus ou par une peine pécuniaire;
^c	l'emprisonnement de moins de six mois est remplacé par la peine pécuniaire, un mois d'emprisonnement valant 30 jours-amende d'au maximum 3000 francs.
³	L'infraction passible de l'amende ou des arrêts, ou de l'amende exclusivement, est une contravention. Les art. 106 et 107 sont applicables. Est réservé l'art. 8 de la loi fédérale du 22 mars 1974 sur le droit pénal administratif531. L'infraction passible, en vertu d'une autre loi fédérale entrée en vigueur avant 1942, d'une peine d'emprisonnement ne dépassant pas trois mois est également une contravention.
⁴	Sont réservées les durées des peines qui dérogent à l'al. 2, les montants des amendes qui dérogent à l'art. 106, ainsi que l'art. 41.
⁵	Si une autre loi fédérale prévoit l'amende pour un crime ou un délit, l'art. 34 est applicable. Les règles sur la fixation de l'amende qui dérogent à cet article ne sont pas applicables. Est réservé l'art. 8 de la loi fédérale du 22 mars 1974 sur le droit pénal administratif. Si l'amende est limitée à un montant inférieur à 1 080 000 francs, cette limitation est supprimée; au-delà, elle est maintenue. En pareil cas, le nombre maximum de jours-amende équivaut au montant maximum de l'amende encourue jusqu'alors divisé par 3000.
⁶	...532
^6bis	Si une infraction est punie soit d'une peine privative de liberté soit d'une peine pécuniaire d'un nombre minimal de jours-amende, cette limite inférieure vaut aussi pour la durée minimale en jours de la peine privative de liberté.533
⁷	Les contraventions prévues par d'autres lois fédérales sont punissables même quand elles ont été commises par négligence, à moins qu'il ne ressorte de la disposition applicable que la contravention est réprimée seulement si elle a été commise intentionnellement.

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 58 En général - 1 Le bénéfice net imposable comprend:
¹	Le bénéfice net imposable comprend:
^a	le solde du compte de résultats, compte tenu du solde reporté de l'exercice précédent;
^b	tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial, tels que:
^c	les produits qui n'ont pas été comptabilisés dans le compte de résultats, y compris les bénéfices en capital, les bénéfices de réévaluation et de liquidation, sous réserve de l'art. 64 . ...133
²	Le bénéfice net imposable des personnes morales qui n'établissent pas de compte de résultats se détermine d'après l'al. 1 qui est applicable par analogie.
³	Les prestations que des entreprises d'économie mixte remplissant une tâche d'intérêt public fournissent, de manière prépondérante, à des entreprises qui leur sont proches sont évaluées au prix actuel du marché, à leur coût actuel de production majoré d'une marge appropriée ou à leur prix de vente final actuel diminué d'une marge de bénéfice; le résultat de chaque entreprise est ajusté en conséquence.

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 151 - 1 Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.
¹	Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.
²	Lorsque le contribuable a déposé une déclaration complète et précise concernant son revenu, sa fortune et son bénéfice net, qu'il a déterminé son capital propre de façon adéquate et que l'autorité fiscale en a admis l'évaluation, tout rappel d'impôt est exclu, même si l'évaluation était insuffisante.245

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 181 - 1 Lorsque des obligations de procédure ont été violées ou qu'une soustraction ou une tentative de soustraction d'impôt a été commise au profit d'une personne morale, celle-ci est punie d'une amende.
¹	Lorsque des obligations de procédure ont été violées ou qu'une soustraction ou une tentative de soustraction d'impôt a été commise au profit d'une personne morale, celle-ci est punie d'une amende.
²	Lorsqu'une personne morale a incité, prêté assistance ou participé, dans l'exercice de son activité, à la soustraction commise par un tiers, l'art. 177 lui est applicable par analogie.
³	La poursuite pénale des organes ou des représentants de la personne morale en vertu de l'art. 177 est réservée.
⁴	Les al. 1 à 3 s'appliquent par analogie aux corporations et établissements de droit étranger et aux communautés de personnes étrangères sans personnalité juridique.

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 175 Soustraction consommée - 1 Le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète,
¹	Le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète,
²	En règle générale, l'amende est fixée au montant de l'impôt soustrait. Si la faute est légère, l'amende peut être réduite jusqu'au tiers de ce montant; si la faute est grave, elle peut au plus être triplée.
³	Lorsque le contribuable dénonce spontanément et pour la première fois une soustraction d'impôt, il est renoncé à la poursuite pénale (dénonciation spontanée non punissable), à condition:
^a	qu'aucune autorité fiscale n'en ait connaissance;
^b	qu'il collabore sans réserve avec l'administration pour déterminer le montant du rappel d'impôt;
^c	qu'il s'efforce d'acquitter le rappel d'impôt dû.265
⁴	Pour toute dénonciation spontanée ultérieure, l'amende est réduite au cinquième de l'impôt soustrait si les conditions prévues à l'al. 3 sont remplies.266

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 124 Déclaration d'impôt - 1 L'autorité fiscale compétente invite les contribuables à déposer la déclaration d'impôt par publication officielle, par communication personnelle ou par l'envoi de la formule. Les contribuables qui n'ont reçu ni communication personnelle ni formule doivent eux aussi déposer une déclaration d'impôt.220
¹	L'autorité fiscale compétente invite les contribuables à déposer la déclaration d'impôt par publication officielle, par communication personnelle ou par l'envoi de la formule. Les contribuables qui n'ont reçu ni communication personnelle ni formule doivent eux aussi déposer une déclaration d'impôt.220
²	Le contribuable doit remplir la déclaration d'impôt de manière conforme à la vérité et complète; il doit la signer personnellement et la remettre à l'autorité fiscale compétente avec les annexes prescrites, dans le délai qui lui est imparti.221
³	Le contribuable qui omet de déposer la déclaration d'impôt ou qui dépose une déclaration incomplète est invité à remédier à l'omission dans un délai raisonnable.222
⁴	Le contribuable qui dépasse le délai imparti pour remettre sa déclaration ou la retourner lorsqu'elle lui a été renvoyée pour qu'il la complète est excusé s'il établit que, par suite de service militaire, de service civil, d'absence du pays, de maladie ou pour d'autres motifs sérieux, il a été empêché de remplir cette obligation en temps utile et qu'il s'en est acquitté dans les 30 jours après la fin de l'empêchement.223

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 176 Tentative de soustraction - 1 Celui qui tente de se soustraire à l'impôt sera puni d'une amende.
¹	Celui qui tente de se soustraire à l'impôt sera puni d'une amende.
²	L'amende est fixée aux deux tiers de la peine qui serait infligée si la soustraction avait été commise intentionnellement et consommée.

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 95 Droit suisse - Le recours peut être formé pour violation:
^a	du droit fédéral;
^b	du droit international;
^c	de droits constitutionnels cantonaux;
^d	de dispositions cantonales sur le droit de vote des citoyens ainsi que sur les élections et votations populaires;
^e	du droit intercantonal.

SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID) LHID Art. 72 Adaptation des législations cantonales - 1 Les cantons adaptent leur législation aux dispositions de la présente loi pour la date de leur entrée en vigueur. Lorsqu'elle fixe la date d'entrée en vigueur, la Confédération tient compte des cantons; elle leur accorde en règle générale un délai d'au moins deux ans pour adapter leur législation.223
¹	Les cantons adaptent leur législation aux dispositions de la présente loi pour la date de leur entrée en vigueur. Lorsqu'elle fixe la date d'entrée en vigueur, la Confédération tient compte des cantons; elle leur accorde en règle générale un délai d'au moins deux ans pour adapter leur législation.223
²	Une fois entrées en vigueur, les dispositions de la présente loi sont d'application directe si le droit fiscal cantonal s'en écarte.224
³	Le gouvernement cantonal édicte les dispositions provisoires nécessaires.

SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID) LHID Art. 47 Prescription - 1 Le droit de taxer se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale; en cas de suspension ou d'interruption de la prescription, celle-ci est acquise dans tous les cas quinze ans après la fin de la période fiscale.
¹	Le droit de taxer se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale; en cas de suspension ou d'interruption de la prescription, celle-ci est acquise dans tous les cas quinze ans après la fin de la période fiscale.
²	Les créances d'impôt se prescrivent par cinq ans à compter de l'entrée en force de la taxation; en cas de suspension ou d'interruption de la prescription, celle-ci est acquise dans tous les cas dix ans après la fin de l'année au cours de laquelle la taxation est entrée en force.

SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID) LHID Art. 58 Prescription de la poursuite pénale - 1 La poursuite de la violation d'obligations de procédure se prescrit par trois ans et celle de la tentative de soustraction par six ans, à compter de la clôture définitive de la procédure au cours de laquelle la violation d'obligations de procédure ou la tentative de soustraction a été commise.
¹	La poursuite de la violation d'obligations de procédure se prescrit par trois ans et celle de la tentative de soustraction par six ans, à compter de la clôture définitive de la procédure au cours de laquelle la violation d'obligations de procédure ou la tentative de soustraction a été commise.
²	La poursuite de la soustraction d'impôt consommée se prescrit par dix ans:
^a	à compter de la fin de la période fiscale pour laquelle le contribuable n'a pas été taxé ou l'a été de manière incomplète, ou pour laquelle la retenue de l'impôt à la source n'a pas été faite conformément à la loi (art. 56, al. 1);
^b	à compter de la fin de l'année civile au cours de laquelle une restitution illégale ou une remise injustifiée d'impôt a été obtenue (art. 56, al. 1) ou des biens successoraux dissimulés ou distraits dans la procédure d'inventaire (art. 56, al. 4).
³	La prescription ne court plus si une décision a été rendue par l'autorité cantonale compétente (art. 57bis, al. 1) avant l'échéance du délai de prescription.

SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID) LHID Art. 24 En général - 1 L'impôt sur le bénéfice a pour objet l'ensemble du bénéfice net, y compris:
¹	L'impôt sur le bénéfice a pour objet l'ensemble du bénéfice net, y compris:
^a	les charges non justifiées par l'usage commercial, portées au débit du compte de résultats;
^b	les produits et les bénéfices en capital, de liquidation et de réévaluation qui n'ont pas été portés au crédit de ce compte;
^c	les intérêts sur le capital propre dissimulé (art. 29a).
²	Ne constituent pas un bénéfice imposable:
^a	les apports des membres de sociétés de capitaux et de sociétés coopératives, y compris l'agio et les prestations à fonds perdu;
^b	le transfert du siège, de l'administration, d'une entreprise ou d'un établissement stable dans un autre canton, à condition qu'il n'y ait ni aliénation ni réévaluation comptable;
^c	les augmentations de fortune provenant d'une succession, d'un legs ou d'une donation.
³	Les réserves latentes d'une personne morale ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que la personne morale reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice:
^a	en cas de transformation en une société de personnes ou en une autre personne morale;
^b	en cas de division ou séparation d'une personne morale à condition que ce transfert ait pour objet une ou plusieurs exploitations ou parties distinctes d'exploitation et pour autant que les personnes morales existantes après la scission poursuivent une exploitation ou partie distincte d'exploitation;
^c	en cas d'échange de droits de participation ou de droits de sociétariat suite à une restructuration ou à une concentration équivalant économiquement à une fusion;
^d	en cas de transfert à une société fille suisse d'exploitations ou de parties distinctes d'exploitations ainsi que d'éléments qui font partie des biens immobilisés de l'exploitation; on entend par société fille une société de capitaux ou une société coopérative dont la société de capitaux ou la société coopérative qui la transfère possède au moins 20 % du capital-actions ou du capital social.109
^3bis	Lorsqu'une société de capitaux ou une société coopérative transfère une participation à une société du même groupe sise à l'étranger, l'imposition de la différence entre la valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice et la valeur vénale de la participation est différée.110 Le report de l'imposition prend fin si la participation transférée est vendue à un tiers étranger au groupe ou si la société dont les droits de participation ont été transférés aliène une part importante de ses actifs et passifs ou encore si elle est liquidée.111
^3ter	En cas de transfert à une société fille au sens de l'al. 3, let. d, les réserves latentes transférées sont imposées ultérieurement selon la procédure prévue à l'art. 53, dans la mesure où, durant les cinq ans qui suivent la restructuration, les valeurs transférées ou les droits de participation ou les droits de sociétariat à la société fille sont aliénés; dans ce cas, la société fille peut faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice.112
^3quater	Des participations directes ou indirectes de 20 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société de capitaux ou d'une société coopérative, mais aussi des exploitations ou des parties distinctes d'exploitation ainsi que des éléments qui font partie des biens immobilisés de l'exploitation, peuvent être transférées, à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice, entre des sociétés de capitaux ou des sociétés coopératives suisses qui, à la lumière des circonstances et du cas d'espèce et grâce à la détention de la majorité des voix ou d'une autre manière, sont réunies sous la direction unique d'une société de capitaux ou d'une société coopérative. Le transfert à une société fille suisse au sens de l'al. 3, let. d, est réservé.113 114
^3quinquies	Si dans les cinq ans qui suivent un transfert au sens de l'al. 3quater, les éléments de patrimoine transférés sont aliénés ou si la direction unique est, durant cette période, abandonnée, les réserves latentes transférées sont imposées ultérieurement conformément à la procédure prévue à l'art. 53. La personne morale bénéficiaire peut dans ce cas faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice. Les sociétés de capitaux et les sociétés coopératives suisses réunies sous direction unique au moment de la violation du délai de blocage répondent solidairement du rappel d'impôt.115
⁴	Les dispositions relatives aux biens acquis en remploi (art. 8, al. 4), aux amortissements (art. 10, al. 1, let. a), aux provisions (art. 10, al. 1, let. b) et à la déduction des pertes (art. 10, al. 1, let. c) sont applicables par analogie.
^4bis	En cas de remplacement de participations, les réserves latentes peuvent être reportées sur une nouvelle participation si la participation aliénée était égale à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social ou à 10 % au moins du bénéfice et des réserves de l'autre société et si la société de capitaux ou la société coopérative a détenu cette participation pendant un an au moins.116
⁵	Les prestations que des entreprises d'économie mixte accomplissant une tâche d'intérêt public fournissent de manière prépondérante à des entités qui leur sont proches sont évaluées au prix du marché, à leur coût de production majoré d'une marge appropriée ou à leur prix de vente final diminué d'une marge de bénéfice appropriée; le résultat de chaque entreprise est ajusté en conséquence.

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
¹	En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
²	Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
³	Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
⁴	En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
⁵	Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
¹	Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
²	En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
³	En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
⁴	L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
⁵	Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.