2C_603/2012 - 2012-12-10 - Finances publiques et droit fiscal

Bundesgericht
Tribunal fédéral
Tribunale federale
Tribunal federal

{T 0/2}
2C_603/2012
2C_604/2012

Arrêt du 10 décembre 2012
IIe Cour de droit public

Composition
MM. les Juges fédéraux Zünd, Président,
Donzallaz et Kneubühler.
Greffier: M. Vianin.

Participants à la procédure
SI de la Fondation X.________ SA,
représentée par Mes Frédéric Cottier et
Roland Schweizer, avocats, Meyerlustenberger Lachenal,
recourante,

contre

Administration fiscale cantonale genevoise.

Objet
Impôt fédéral direct et impôts cantonal et communal 2006,

recours contre l'arrêt de la Cour de justice du canton
de Genève, Chambre administrative, 1ère section,
du 8 mai 2012.

Faits:

A.
La société anonyme SI de la Fondation X.________ SA (ci-après: la société ou la recourante), constituée en 1947 et sise à A.________, a pour but de mettre à la disposition de la Fondation Y.________ (ci-après: la fondation), pour les besoins des activités de cette dernière, des locaux se trouvant dans les immeubles que la société possède à A.________.
Dans un courrier du 30 août 1990 adressé à la société, la direction de la division des personnes morales de l'Administration fiscale cantonale genevoise s'est référée à un accord conclu avec elle le 11 janvier 1977, en considérant que le maintien de celui-ci au taux actuel n'était pas satisfaisant. En effet, "compte tenu de l'accroissement régulier des charges et frais d'entretien ordinaires", cette convention ne permettait plus à l'administration "d'imposer un quelconque bénéfice" dans le chef de la société. La direction proposait dès lors d'appliquer, "à titre exceptionnel", les principes suivants en vue de la détermination du bénéfice imposable de la société:
Loyer: 5,5% de la valeur comptable de l'immeuble

.............
./.

Intérêts hypothécaires

.............

Intérêts théoriques admis

80% valeur comptable immeuble
.............

./. hypothèques
.............

solde
.............

au taux de 4,75%

.............

Frais généraux

.............

Impôts

.............
.............
Bénéfice imposable

.............

Il était précisé que le bénéfice imposable ne pourrait être inférieur à 20'000 fr. par an. Ces règles étaient applicables dès l'année fiscale 1990 s'agissant des impôts cantonal et communal (ci-après: ICC) et à compter de la période 1989/1990 concernant l'impôt fédéral direct (IFD).
Dans un courrier du 10 octobre 1995 faisant suite à une demande de renouvellement du régime fiscal particulier accordé le 30 août 1990, la direction de la division des personnes morales a indiqué que celui-ci était maintenu à partir de la période fiscale 1995, tant pour les ICC que pour l'IFD. Toutefois, le bénéfice imposable ne pourrait être inférieur à celui ressortant du compte de pertes et profits de la société. L'arrangement était valable jusqu'au 31 décembre 1999 et pourrait être renouvelé "pour autant que les conditions de fait subsistent".
Par courrier du 8 avril 1999, le directeur de l'Administration fiscale cantonale a fait savoir à la société que l'"accord donné le 30 août 1990, valable jusqu'au 31 décembre 1994, est reconduit pour les années fiscales 1995 à 1998". A partir de l'année fiscale 1999, la société serait imposée "sans bénéfice d'un statut particulier, conformément aux dispositions légales". Cela signifiait que les comptes de celle-ci devraient enregistrer le loyer débité au compte de pertes et profits de la fondation, que ce loyer devrait représenter le prix du marché et que les règles relatives à la sous-capitalisation seraient appliquées.
Dans une écriture du 1er octobre 2001 adressée au mandataire de la société, la direction de la taxation des personnes morales de l'Administration fiscale cantonale a confirmé le traitement fiscal de celle-ci dans les termes suivants:
"Taxation annuelle à partir de la période fiscale 1999 (clôture 30 juin 1999)

La taxation ordinaire de la S.I. de la Fondation X.________ s'effectuera sur la base d'un bénéfice imposable fixé à 3% du 20% de la valeur comptable après amortissement de l'immeuble.
Dans le cas où cette solution ferait apparaître dans l'avenir une différence trop importante avec le bénéfice qui résulterait de l'obligation pour la Fondation Y.________ de prendre à bail des locaux analogues auprès d'un tiers, votre cliente reprendrait contact avec les administrations fiscales compétentes.
Enfin, si la société immobilière concernée venait à comptabiliser de nouveaux amortissements sur le bien immobilier, notre administration se réserve le droit de dénoncer le présent accord.
[...]".

B.
Dans sa déclaration d'impôt pour la période 2006 (exercice commercial allant du 1er juillet 2005 au 30 juin 2006), datée du 30 avril 2007, la société a fait état d'un bénéfice net imposable de 56'187 fr., alors que son bénéfice net total dans le canton de Genève était de 74'873 fr. Le montant de 56'187 fr. équivalait à 3% des 20% de la valeur comptable des immobilisations sous déduction des amortissements au 30 juin 2006 (12'091'681 fr. ./. amortissements de 2'727'170 fr. = valeur nette de 9'364'511 fr. dont les 3% des 20% = 56'187 fr.). Parmi les produits conduisant au résultat de 74'873 fr. figuraient notamment des loyers de 631'900 fr. versés par la fondation et, parmi les charges, des intérêts de 4,75% sur une dette de 8'730'101 fr. (solde au 30 juin 2005) à l'égard de la fondation, soit 414'680 fr.
Le 17 juillet 2007, l'Administration fiscale cantonale a notifié à la société les bordereaux pour l'IFD et les ICC de la période 2006. Le bénéfice imposable se montait à 195'300 fr. pour le premier et à 195'397 fr. pour les seconds. Ce dernier montant s'obtenait en ajoutant au bénéfice net de 74'873 fr. une somme de 120'524 fr., qui avait été reprise sur les intérêts de 414'680 fr. L'Administration fiscale cantonale avait calculé l'endettement maximal admissible sur la base d'une valeur déterminante des immeubles de 12'954'454 fr. Elle avait admis un taux de 3,375% sur les deux tiers de ce montant, soit 8'614'803 fr. Sur le solde de la dette, à savoir 77'862 fr. (= moyenne corrigée de 8'692'665 ./. 8'614'803), elle avait retenu un taux de 4,375%. Les intérêts totaux admissibles se montaient ainsi à 294'156 fr., de sorte qu'un montant de 120'524 fr. devait être repris (= 414'680 ./. 294'156).
A l'encontre de ces décisions, la société a formé réclamation. Elle s'est prévalue de l'accord du 1er octobre 2001, conformément auquel elle avait été taxée lors des périodes 2002 à 2004. En 2005, elle avait été imposée sur la base de son résultat comptable, plus élevé que le bénéfice déterminé selon l'accord, considéré par l'Administration fiscale cantonale comme un "bénéfice minimum". Elle avait (pour ainsi dire à bien plaire) accepté ce procédé, même s'il ne ressortait pas de ladite convention qu'il s'agissait d'un bénéfice minimum.
Dans un courrier du 29 février 2008, l'Administration fiscale cantonale a relevé ce qui suit à propos de l'accord en question:
"1. Bénéfice minimum imposable
La SI de la Fondation X.________ [...] a été mise au bénéfice d'un accord d'imposition en date du 1er octobre 2001 qui fixe forfaitairement son bénéfice imposable à concurrence de 3% du 20% de la valeur comptable de l'immeuble après amortissement.
Fondamentalement, les accords d'imposition fixant forfaitairement un bénéfice imposable s'inscrivent strictement dans une logique de fixation d'un prix de transfert qui est réputé être conforme au principe de pleine concurrence ("dealing at arm's length").
Dès lors que le bénéfice comptable résultant des états financiers statutaires [...] est supérieur au montant du prix de transfert déterminé de manière forfaitaire, c'est le bénéfice comptable supérieur qui doit être retenu comme base d'imposition.
Il serait en effet choquant qu'une quelconque économie d'impôts puisse résulter d'une situation visant à admettre que le bénéfice imposable soit inférieur au bénéfice comptable, dans la mesure où, parallèlement, la société affiliée qui a supporté le coût effectif de la prestation a normalement pu se prévaloir d'une charge justifiée par l'usage commercial qui est pleinement déductible sur le plan fiscal.
Dans le sens de ce qui précède, c'est bien le résultat comptable, supérieur au bénéfice fiscal résultant de l'application d'un prix de transfert déterminé de manière forfaitaire, qui doit être retenu".
Par décisions du 23 juin 2008, concernant l'une l'IFD et l'autre les ICC, l'Administration fiscale cantonale a rejeté les réclamations et réformé la taxation au détriment de la société, les intérêts repris étant portés à 163'987 fr. Elle a admis un taux de 2,875% (au lieu de 3,375%) sur les deux tiers du montant de 12'954'454 fr. et de 3,875% (au lieu de 4,375%) sur le solde de la dette. Les intérêts totaux admissibles se montaient ainsi à 250'693 fr., de sorte qu'un montant de 163'987 fr. devait être repris (= 414'680 ./. 250'693).
La société a déféré ces prononcés à la Commission cantonale de recours en matière d'IFD et à la Commission cantonale de recours en matière d'ICC du canton de Genève (intégrées par la suite dans la Commission cantonale de recours en matière administrative, dont les compétences ont été reprises par le Tribunal administratif de première instance du canton de Genève).
Par jugement du 14 juin 2011, le Tribunal administratif de première instance a joint les procédures et admis les recours. Les dossiers étaient renvoyés à l'Administration fiscale cantonale pour qu'elle procède à une nouvelle taxation basée sur le bénéfice imposable déclaré par la société de 56'187 fr. Le Tribunal administratif de première instance a considéré que l'endettement de la société ne posait pas problème - celle-ci n'étant pas sous-capitalisée -, mais bien le taux d'intérêt de 4,75% sur la dette de la société à l'égard de la fondation - comme entité proche -, lequel n'était pas conforme au marché. En considérant comme admissible un taux de 2,875%, un montant de 163'689 fr. (soit 4,75 - 2,875% = 1,875% de 8'730'101 fr.) - au lieu de la somme de 163'987 fr. retenue dans les décisions sur réclamation - devait en soi être repris. Toutefois, la détermination du bénéfice net de la société, après déduction de toutes les charges, y compris celles des intérêts de la dette, avait fait l'objet de l'accord du 1er octobre 2001. Cette convention avait pour but de déterminer le bénéfice de la société compte tenu en particulier des loyers tirés de la location des locaux aménagés pour accueillir l'école exploitée par la fondation. Comme
il existait peu de loyers de comparaison sur le marché immobilier et que les règles servant à l'évaluation des surfaces commerciales ne pouvaient être appliquées, l'Administration fiscale cantonale était fondée à conclure l'accord en question. En application de celui-ci, le bénéfice imposable de la société correspondait à 3% de 20% de la valeur comptable après amortissement des immeubles de cette dernière, soit au montant de 56'187 fr. ressortant des comptes et de la déclaration d'impôt.
A l'encontre de ce prononcé, l'Administration fiscale cantonale a interjeté un recours que la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève a admis par arrêt du 8 juin 2012. Les juges cantonaux ont considéré que l'accord du 1er octobre 2001 était invalide, car il ne satisfaisait pas aux exigences auxquelles était soumise la conclusion de telles conventions. En effet, ni la détermination de la valeur du bâtiment, même utilisé par une école, ni celle du bénéfice de la société ne posait de problème majeur. Selon la Cour de justice, il était ainsi "regrettable" que l'Administration fiscale cantonale signe de tels accords. La société ne pouvait d'ailleurs se prévaloir de cette convention au titre du droit à la protection de la confiance légitime en les assurances reçues des autorités, car les conditions restrictives dont la jurisprudence fait dépendre ce droit n'étaient pas réunies en l'occurrence. Le montant de la reprise de 163'689 fr. calculé par le Tribunal administratif de première instance n'étant en lui-même pas contesté par les participants à la procédure, le dossier devait être retourné à l'Administration fiscale cantonale pour qu'elle procède à une nouvelle taxation sur la base de cette somme.

C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la société demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt du 8 mai 2012 et de renvoyer la cause à l'Administration fiscale cantonale pour nouvelle taxation basée sur le bénéfice imposable déclaré de 56'187 fr. Elle dénonce une violation des principes de la légalité et de la protection de la bonne foi.
L'autorité précédente s'en remet à justice quant à la recevabilité du recours et persiste au surplus dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Administration fédérale des contributions, Division principale de l'impôt fédéral direct, de l'impôt anticipé, des droits de timbre, propose de rejeter le recours. L'Administration fiscale cantonale s'en remet à justice pour ce qui est de la recevabilité du recours et conclut à son rejet sur le fond.
La société a répliqué dans une écriture datée du 15 octobre 2012.

Considérant en droit:

1.
La Cour de justice a rendu une seule décision valant pour les deux catégories d'impôts (ICC et IFD), ce qui est admissible, dès lors que la question juridique à trancher est réglée de la même façon en droit fédéral et dans le droit cantonal harmonisé (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.1 p. 262 s.). Dans ces circonstances, on ne peut reprocher à la recourante d'avoir, dans son recours au Tribunal fédéral, formé les mêmes griefs et pris des conclusions valant pour les deux catégories d'impôts (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.2 p. 263 s.). Par souci d'unification par rapport à d'autres cantons dans lesquels deux décisions sont rendues, la Cour de céans a toutefois ouvert deux dossiers, l'un concernant l'IFD (2C_604/2012) et l'autre les ICC (2C_603/2012). Comme l'état de fait est identique et que les questions juridiques se recoupent, les deux causes seront néanmoins jointes et il sera statué dans un seul arrêt (cf. art. 71 LTF et 24 PCF [RS 273]).

2.
2.1 L'arrêt attaqué concerne le bénéfice imposable de la période fiscale 2006. Comme ce domaine relève du droit public et qu'aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF n'est réalisée, la voie du recours en matière de droit public est ouverte sur la base de l'art. 82 let. a LTF. L'art. 146 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11) confirme du reste l'existence de cette voie de droit pour l'IFD. S'agissant des ICC, l'imposition du bénéfice étant une matière harmonisée aux art. 24 ss de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14), la voie du recours en matière de droit public est aussi réservée par l'art. 73 al. 1 LHID (cf. ATF 134 II 186 ss).

2.2 Pour le reste, déposé en temps utile (cf. art. 100 al. 1 LTF), le recours est dirigé contre une décision considérée comme finale (cf. art. 90 LTF et ATF 138 I 143 consid. 1.2 p. 148; 134 II 124 consid. 1.3 p. 127) rendue par un tribunal supérieur statuant en dernière instance cantonale (cf. art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF). Il a en outre été interjeté par la contribuable destinataire de la décision attaquée et qui a un intérêt digne de protection à son annulation ou sa modification (cf. art. 89 al. 1 LTF). Il convient donc en principe d'entrer en matière.

3.
3.1 Un accord ou un arrangement fiscal (Steuerabkommen, Steuerabmachung) est une convention entre l'autorité fiscale compétente et le contribuable, qui porte sur l'existence, l'étendue ou les modalités d'une obligation fiscale dans une situation concrète et qui s'écarte des dispositions légales (arrêt 2C_296/2009 du 11 février 2010 consid. 3.1, in RF 65/2010 p. 453, StE 2010 A 21.14 no 18 et la jurisprudence citée; Blumenstein/Locher, System des schweizerischen Steuerrechts, 6e éd., 2002, p. 320; Martin Zweifel/Hugo Casanova, Schweizerisches Steuerverfahrensrecht Direkte Steuern, 2008, § 1 no 6; Xavier Oberson, Droit fiscal suisse, 4e éd., 2012, § 25 no 33; Markus Reich, Steuerrecht, 2e éd., 2012, § 4 no 33). Il est largement admis qu'une telle convention constitue un contrat de droit administratif (Blumenstein/Locher, op. cit., p. 321; Oberson, op. cit., § 25 no 34; Reich, op. cit., § 4 no 33).
Eu égard aux principes de la légalité et de l'égalité, un accord fiscal doit être autorisé par la loi ou, du moins, ne pas être expressément exclu par celle-ci. Les conventions sans base légale, voire contraires à la loi, sont nulles et ne sauraient par conséquent avoir d'effet contraignant. La jurisprudence et la doctrine ne font exception à ce principe que si la règle applicable est incertaine et que l'autorité procède selon celle que le législateur aurait adoptée s'il avait voulu réglementer le cas particulier (arrêts 2A.306/1993 du 23 juin 1994 consid. 5a, in Archives 63 p. 661, JdT 1997 II 90; 2A.227/2006 du 10 octobre 2006 consid. 3.1, in Archives 76 p. 748, RDAF 2006 II p. 419, SJ 2007 I p. 224, Pra 2007 no 30 p. 183; 2C_164/2009 du 13 août 2009 consid. 8.1, in RDAF 2009 II p. 531; Danielle Yersin, in Commentaire romand, Impôt fédéral direct, 2008, Remarques préliminaires, nos 88 s.). Lorsque l'accord est nul, il n'est pas exclu que le contribuable puisse invoquer sa bonne foi, afin d'être (néanmoins) traité conformément aux dispositions de la convention. Il faut pour cela que les conditions auxquelles le principe de la bonne foi (art. 9 Cst.) protège le citoyen dans la confiance légitime qu'il a mise dans les assurances
reçues des autorités soient réunies (arrêts précités 2C_164/2009 consid. 8.3; 2A.227/2006 consid. 3.3; arrêt 2A.53/1998 du 12 novembre 1998 consid. 8b, in RDAF 1999 II p. 97, RF 54/1999 p. 118, Pra 1999 no 108 p. 587).
Selon la jurisprudence plus ancienne, les vices - en particulier l'absence de base légale - affectant un contrat de droit administratif n'entraînaient pas sans autres considérations la nullité de la convention. Les conséquences du vice dépendaient d'une pesée d'intérêts, entre l'intérêt (public) à l'application du droit positif et l'intérêt (privé) à la protection de la bonne foi du contribuable (ATF 103 Ia 505 consid. 4 p. 514 s.; arrêt A.454/1987 du 25 août 1988 consid. 2d, in Archives 58 p. 210, RDAF 1991 p. 12, RF 44/1989 p. 432, StE 1989 A 21.14 no 9; dans le même sens Oberson, op. cit., § 25 no 38). Pour ce qui est des conventions accordant des avantages fiscaux, il était toutefois admis que l'intérêt à l'application du droit positif l'emportait généralement (ATF 103 Ia 505 consid. 4c p. 515 [où il ne s'agissait cependant pas d'une telle convention et où l'intérêt du contribuable à la protection de la bonne foi a été jugé prépondérant]; arrêt A.454/1987, précité, consid. 2e).
En l'absence de base légale dans la LIFD, des accords ne peuvent en principe être conclus en matière d'IFD (arrêts précités 2C_296/2009 consid. 3.1; 2A.227/2006 consid. 3.1; Blumenstein/Locher, op. cit., p. 321; Yersin, op. cit., Remarques préliminaires, no 89). Pour ce qui est des ICC, les accords fiscaux sont de manière générale prohibés par le concordat intercantonal sur l'interdiction des arrangements fiscaux du 10 décembre 1948 (s'agissant du canton de Genève, cf. RS/GE D 3 60; ci-après: le concordat), auquel tous les cantons ont adhéré. Le concordat permet toutefois d'accorder certains allégements fiscaux (imposition d'après la dépense des personnes physiques, allégements en faveur d'entreprises industrielles nouvellement créées, ainsi que d'entreprises au capital desquelles une corporation de droit public participe ou qui sont affectées principalement à un but public ou d'utilité générale, cf. art. 1 al. 3 du concordat). Prévus par la législation, de tels régimes spéciaux ne constituent pas des accords fiscaux à proprement parler (Yersin, op. cit., Remarques préliminaires, no 90). Depuis l'entrée en vigueur de la LHID, le concordat a perdu une grande partie de son importance, du moment que nombre des limitations qu'il
prévoit sont également réglementées par cette loi fédérale (cf. not. art. 5 , 6 et 23 al. 3 LHID) qui l'emporte sur les dispositions du droit intercantonal (Oberson, op. cit., § 3 no 67; Reich, op. cit., § 4 no 36).

3.2 L'accord fiscal au sens ci-dessus doit être distingué de l'accord de procédure (Verständigung, Einigung), que l'autorité fiscale et le contribuable concluent durant la phase de la taxation, sans déroger à la loi, en vue de fixer des éléments de fait déterminants, dont l'établissement est difficile ou exigerait des mesures disproportionnées. Tel est le cas notamment lorsqu'il s'agit d'établir la valeur d'un immeuble et que la détermination ou l'estimation de celle-ci se heurte à d'importantes difficultés. Conforme au droit matériel, un accord de ce genre ne nécessite pas de base légale (ATF 119 Ib 431 consid. 4 p. 437 s.; arrêt 2C_296/2009, précité, consid. 3.1 et 3.2 et la jurisprudence citée; Blumenstein/Locher, op. cit., p. 320; Zweifel/Casanova, op. cit., § 1 no 7; Oberson, op. cit., § 25 no 33).

4.
Découlant directement de l'art. 9 Cst. et valant pour l'ensemble de l'activité étatique, le principe de la bonne foi protège le citoyen dans la confiance légitime qu'il met dans les assurances reçues des autorités, lorsqu'il a réglé sa conduite d'après des décisions, des déclarations ou un comportement déterminé de l'administration. Selon la jurisprudence, un renseignement ou une décision erronés de l'administration peuvent obliger celle-ci à consentir à un administré un avantage contraire à la réglementation en vigueur, à condition que (a) le renseignement ait été donné sans réserve, (b) que l'autorité soit intervenue dans une situation concrète à l'égard de personnes déterminées, (c) qu'elle ait agi ou soit censée avoir agi dans les limites de ses compétences et (d) que l'administré n'ait pas pu se rendre compte immédiatement de l'inexactitude du renseignement obtenu. Il faut encore que celui-ci se soit fondé sur les assurances ou le comportement dont il se prévaut pour (e) prendre des dispositions auxquelles il ne saurait renoncer sans subir de préjudice, (f) que la réglementation n'ait pas changé depuis le moment où l'assurance a été donnée et que (g) l'intérêt à l'application du droit positif ne l'emporte pas sur la
protection de la confiance (ATF 137 II 182 consid. 3.6.2 p. 193 et les références citées).
Le principe de la bonne foi régit aussi les rapports entre les autorités fiscales et les contribuables. Le droit fiscal est toutefois dominé par le principe de la légalité, de telle sorte que le principe de la bonne foi ne saurait avoir qu'une influence limitée, surtout s'il vient à entrer en conflit avec le principe de la légalité (cf. art. 5 et 9 Cst.; ATF 131 II 627 consid. 6.1 p. 637; 118 Ib 312 consid. 3b p. 316; Blumenstein/Locher, op. cit., p. 28). Ainsi, le contribuable ne peut bénéficier d'un traitement dérogeant à la loi que si les conditions mentionnées ci-dessus - qui doivent être interprétées de manière stricte - sont remplies de manière claire et sans équivoque (arrêt 2C_382/2007 du 23 novembre 2007 consid. 3 et la jurisprudence citée).
I. Impôt fédéral direct

5.
5.1 Aux termes de l'art. 57 LIFD, l'impôt sur le bénéfice a pour objet le bénéfice net. Selon l'art. 58 al. 1 LIFD, le bénéfice net imposable comprend notamment le solde du compte de résultats (let. a), ainsi que tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultats, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial (let. b). Au nombre de ces prélèvements figurent les distributions dissimulées de bénéfice (let. b 5e tiret).
Selon la jurisprudence, il y a distribution dissimulée de bénéfice, lorsqu'une personne morale fait à ses actionnaires ou à toute personne la ou les touchant de près, sans contre-prestation équivalente, une prestation appréciable en argent, qu'elle n'aurait pas consentie à des tiers dans les mêmes circonstances (ATF 131 II 593 consid. 5.1 p. 607). Encore faut-il que les organes de la société aient pu reconnaître le caractère insolite de cette prestation (ATF 119 Ib 431 consid. 2b p. 435; arrêt 2C_421/2009 du 11 janvier 2010 consid. 3.1 et la jurisprudence citée).

5.2 Jusqu'en 2004, les sociétés de services, définies comme des "sociétés de capitaux chargées de surveiller du point de vue technique ou économique les affaires d'une entreprise", étaient soumises à un régime spécial. Dans une lettre-circulaire du 17 septembre 1997 (pub. in Archives 66 p. 300 s.), considérant que la libre formation des prix sur le marché est entravée lorsque ces sociétés fournissent leurs prestations à des entreprises auxquelles elles sont liées, l'Administration fédérale des contributions avait en effet maintenu la pratique établie par des circulaires antérieures (datant de 1959 et 1960), selon laquelle les sociétés en question "doivent être imposées au moins sur le rendement net qu'une société indépendante retirerait, dans des circonstances analogues, des mêmes prestations de services". Ces sociétés étaient dès lors imposées sur une marge bénéficiaire considérée comme un bénéfice minimal (cf. Peter Brülisauer/Flurin Poltera, in Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/2a, Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer [DBG], 2e éd., 2008, no 105 ad art. 58 LIFD), qui était calculée d'après la méthode dite du prix de revient majoré ("cost plus") et qui équivalait, selon la circulaire en question, à 5% du total
des prix de revient ou 1/12 du total des salaires. Si la comparaison avec des tiers faisait apparaître des taux plus élevés, ces derniers étaient déterminants et devaient être appliqués.
Ce régime particulier devait permettre d'estimer, en l'absence de transactions comparables entre des personnes indépendantes (les sociétés en question fournissant leurs prestations principalement à des personnes proches à l'étranger), le bénéfice qui aurait été réalisé sur un marché de pleine concurrence (Richner/Frei/Kaufmann/Meuter, Handkommentar zum DBG, 2e éd., 2009, nos 60 s. ad art. 58 LIFD). Il était considéré comme une précision et une mesure de simplification de la loi (Yersin, op. cit., Remarques préliminaires, no 109; Robert Danon, in Commentaire romand, Impôt fédéral direct, op., cit., no 113 ad art. 57 -58 LIFD). Il a entre-temps été abandonné (sous réserve de cas exceptionnels), une nouvelle circulaire du 19 mars 2004 (pub. in Archives 72 p. 708) prévoyant, en se référant aux directives de l'OCDE en matière de prix de transfert, que la marge bénéficiaire imposable des sociétés de services doit être déterminée conformément au principe de pleine concurrence, sur la base de prestations comparables entre tiers.
Une autre mesure de simplification était la pratique 50/50, applicable aux sociétés de domicile et de facturation, selon laquelle, jusqu'à concurrence de 50% du bénéfice brut de la société, la justification commerciale des charges payées à des personnes proches à l'étranger était admise sans autres preuves (cf. circulaire no 9 de l'Administration fédérale des contributions du 19 décembre 2001, pub. in Archives 70 p. 520 ss; ATF 119 Ib 431 consid. 4 p. 437; Stephan Kuhn/ Peter Brülisauer, in Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/1, Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden, 2e éd., 2002, no 72 ad art. 24 LHID; Yersin, op. cit., Remarques préliminaires, no 109; Danon, op. cit., no 113 ad art. 57 -58 LIFD).
Dans l'affaire publiée aux ATF 119 Ib 431, l'Administration fédérale des contributions avait procédé à la taxation de l'impôt anticipé dû par une société en appliquant la pratique 50/50. Elle avait précisé que cette taxation était faite à bien plaire en vue d'un règlement à l'amiable et que cette proposition ne l'engageait qu'à la condition qu'elle soit acceptée par la société contribuable. Le Tribunal fédéral a considéré qu'il s'agissait là d'une offre de conclure un accord de procédure en vue d'estimer les éléments imposables, offre que la société avait déclinée en formant une opposition où elle contestait le principe même de l'imposition. Dans ces conditions, la pratique 50/50 n'était plus applicable en l'espèce (consid. 4 p. 437 s.; cf. aussi arrêt 2A.12/1994 du 7 novembre 1995 consid. 5, in Archives 65 p. 397, RDAF 1997 II p. 516; Kuhn/Brülisauer, op. cit., no 73 ad art. 24 LHID).
La Suisse a renoncé à la pratique 50/50 dans le cadre des discussions menées entre les pays membres de l'OCDE sur la concurrence fiscale dommageable (Danon, op. cit., no 113 ad art. 57 -58 LIFD). Désormais, les règles ordinaires sur la justification commerciale des charges comptabilisées sont applicables (cf. circulaire no 9 de l'Administration fédérale des contributions du 22 juin 2005, pub. in Archives 74 p. 205).

6.
6.1 La recourante fait valoir, à l'instar du Tribunal administratif de première instance, que, s'agissant des locaux abritant l'école exploitée par la fondation, l'estimation d'un loyer justifié par l'usage commercial est difficile sinon impossible en l'absence de données de comparaison sur le marché immobilier local. En se prévalant notamment de l'ATF 119 Ib 431, elle prétend que la convention du 1er octobre 2001 constitue ainsi un accord licite sur des éléments de fait, qui tend à simplifier l'application des dispositions légales sur la détermination du bénéfice net. En niant sa validité, l'autorité précédente aurait violé le principe de la légalité.
Implicitement, la recourante interprète l'accord en ce sens que le bénéfice imposable est dans tous les cas celui fixé forfaitairement (à 3% des 20% de la valeur comptable des immeubles), alors que l'Administration fiscale cantonale (dans sa détermination sur le recours devant le Tribunal de céans, comme déjà dans son courrier à la recourante du 29 février 2008) considère que le bénéfice fixé forfaitairement représente un bénéfice imposable minimal, le résultat comptable effectif devant être imposé s'il est supérieur.

6.2 Le contenu de l'accord du 1er octobre 2001 présente des similitudes avec la pratique qui consistait à déterminer le bénéfice imposable des sociétés de services sur la base d'un pourcentage du total des prix de revient ou des salaires: comme elle, il paraît s'expliquer par l'absence de données de comparaison permettant de s'assurer de la justification commerciale des transactions avec des personnes proches; il prévoit un mode de calcul forfaitaire du bénéfice imposable, censé correspondre à celui qui serait réalisé entre des personnes indépendantes; ce mode de calcul doit être adapté lorsque des données de comparaison, devenues disponibles, indiquent que le bénéfice forfaitaire n'équivaut pas à celui qui serait obtenu dans des conditions de pleine concurrence (cf. la phrase "[d]ans le cas où cette solution ferait apparaître dans l'avenir une différence trop importante avec le bénéfice qui résulterait de l'obligation pour la Fondation Y.________ de prendre à bail des locaux analogues auprès d'un tiers, votre cliente reprendrait contact avec les administrations fiscales compétentes [...]" dans le courrier du 1er octobre 2001).
En l'occurrence, il ne s'agit toutefois pas d'une pratique applicable à toute une catégorie de contribuables - le cas échéant moyennant l'accord de l'intéressé en procédure de taxation (cf. ATF 119 Ib 431 et consid. 5.2 ci-dessus) -, mais d'un arrangement réglant les obligations fiscales d'un contribuable particulier (qui n'a d'ailleurs pas été conclu dans le cadre d'une procédure de taxation). La conclusion d'un tel accord pose donc problème sous l'angle du principe d'égalité. En outre, l'arrangement en question n'est conciliable avec les art. 57 et 58 al. 1 let. b LIFD que s'il est interprété - comme le préconise l'Administration fiscale cantonale - en ce sens que le bénéfice fixé forfaitairement (à 3% des 20% de la valeur comptable des immeubles) représente un bénéfice imposable minimal, le résultat comptable effectif devant être imposé s'il est supérieur. Quoi qu'il en soit de son interprétation, au plan de l'IFD, l'accord en question ne saurait produire d'effets déjà pour le motif qu'il n'a pas été conclu par l'autorité compétente en la matière, à savoir l'Administration fédérale des contributions et que rien n'indique non plus que celle-ci ait "ratifié" la convention par la suite (cf. Yersin, op. cit., no 3 ad art. 2 LIFD,
selon qui, pour toutes les opérations et décisions en matière d'IFD qui touchent la situation juridique des contribuables, les cantons n'ont pas de réelle marge de manoeuvre, sauf dispositions légales ou réglementaires contraires).

6.3 La recourante invoque la protection de la bonne foi garantie par l'art. 9 Cst., en faisant valoir qu'en cas d'invalidité de la convention, cette disposition lui permet d'être (néanmoins) traitée conformément à celle-ci.
Indépendamment de la question de l'interprétation de l'accord, les conditions posées à la mise en oeuvre de l'art. 9 Cst. (cf. consid. 4 ci-dessus) ne sont pas réunies, même s'il est vrai que la recourante a bénéficié de plusieurs régimes spéciaux successifs sur une longue période, ce qui était de nature à renforcer l'apparence de validité de l'arrangement. En effet, la recourante, qui était représentée par un mandataire professionnel, ne pouvait de bonne foi considérer que l'Administration fiscale cantonale était compétente pour conclure un accord en matière d'IFD (cf. arrêt 2A.53/1998, précité, consid. 8c). Surtout, on ne voit pas quelles dispositions la recourante aurait prises au vu de l'accord en question, sur lesquelles elle ne saurait revenir sans subir de préjudice. Celle-ci fait tout au plus valoir qu'elle a "calculé des intérêts théoriques de 4.75% conformément à la méthode de calcul retenue dans son statut". Or, cet argument est inopérant déjà pour le motif que le taux en question n'est pas prévu par l'accord du 1er octobre 2001, mais par la convention du 30 août 1990.
Ainsi, la recourante ne peut valablement invoquer l'art. 9 Cst. aux fins d'être traitée conformément à l'accord.

7.
L'autorité précédente a confirmé la reprise de 163'689 fr. - montant ressortant de l'arrêt du Tribunal administratif de première instance du 14 juin 2011 -, somme qui venait s'ajouter au bénéfice net comptable de 74'873 fr.
Le Tribunal administratif de première instance a en effet estimé que le taux d'intérêt de 4,75% sur la dette de la recourante à l'égard de la fondation - comme entité proche - n'était pas conforme au marché. Il a retenu un taux admissible de 2,875% représentant la moyenne de 3% (= taux maximal applicable à un crédit immobilier égal à la première hypothèque, soit jusqu'à concurrence des 2/3 de la valeur vénale de l'immeuble, dans la branche de la construction de logements, selon la lettre-circulaire de l'Administration fédérale des contributions du 26 janvier 2005, intitulée "Taux d'intérêt 2005 déterminants pour le calcul des prestations appréciables en argent") et de 2,75% (= taux correspondant selon la lettre-circulaire du 26 janvier 2006 valant pour l'année 2006), compte tenu du fait que l'exercice commercial en cause, allant du 1er juillet 2005 au 30 juin 2006, est à cheval sur les deux années civiles. La différence entre ce taux moyen et celui de 4,75% appliqué par la recourante donne, en relation avec le montant de la dette de 8'730'101 fr., la somme de 163'689 fr.
On ne voit pas en quoi cette façon de procéder serait contraire aux règles du droit fédéral sur les prestations appréciables en argent. La recourante, à qui il incombe d'établir que la prestation constitue une charge justifiée par l'usage commercial - et non une distribution dissimulée de bénéfice - (cf. arrêt 2C_386/2012 du 16 novembre 2012 consid. 5 et la jurisprudence citée), n'évoque d'ailleurs pas une telle violation. Dans ces conditions, rien ne s'oppose à ce que la décision attaquée soit confirmée pour ce qui est de l'IFD.
II. Impôts cantonal et communal

8.
Les art. 11 et 12 let. a de la loi genevoise du 23 septembre 1994 sur l'imposition des personnes morales (LIPM; RS/GE D 3 15) correspondent à l'art. 24 al. 1 LHID et aux art. 57 et 58 al. 1 let. a LIFD. Selon l'art. 24 al. 1 let. a LHID, le bénéfice net imposable comprend les charges non justifiées par l'usage commercial, portées au débit du compte de résultats. Au nombre de celles-ci figurent les distributions dissimulées de bénéfice (cf. aussi art. 12 let. h LIPM). De manière générale, les pratiques cantonales relatives à cette dernière notion correspondent largement à la jurisprudence fédérale (Kuhn/ Brülisauer, op. cit., no 76 ad art. 24 LHID). Tel est le cas en l'espèce, où l'autorité précédente s'est référée à la jurisprudence du Tribunal de céans.
L'accord du 1er octobre 2001 n'est conciliable avec les dispositions précitées que s'il est interprété en ce sens que le bénéfice fixé forfaitairement représente un minimum imposable, le solde du compte de résultats devant être imposé s'il est supérieur. Si l'on suit au contraire l'interprétation préconisée par la recourante, selon laquelle le bénéfice imposable est dans tous les cas celui fixé forfaitairement, la convention déroge à ces dispositions et nécessite ainsi une base légale. L'exigence de base légale vaut d'ailleurs, quelle que soit l'interprétation faite de la convention, au regard du principe d'égalité (cf. consid. 6.2 ci-dessus). La conclusion d'un tel accord n'étant pas autorisée par la LHID, celui-ci est privé d'effets également en matière d'ICC. Par ailleurs, la recourante ne peut, pas plus que pour l'IFD, se prévaloir de l'art. 9 Cst. afin d'obtenir d'être tout de même traitée conformément à la convention.
Quant à la détermination par l'autorité précédente du bénéfice imposable de la recourante, compte tenu d'une reprise de 163'689 fr., il n'apparaît pas qu'elle serait contraire à la LHID. La recourante, à nouveau, ne fait rien valoir de tel. La décision entreprise peut ainsi être confirmée aussi en ce qui concerne les ICC.

9.
Vu ce qui précède, le recours doit être rejeté tant s'agissant de l'IFD que des ICC.
Succombant, la recourante doit supporter un émolument judiciaire (cf. art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer de dépens (cf. art. 68 al. 3 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:

1.
Les causes 2C_603/2012 et 2C_604/2012 sont jointes.

2.
Le recours est rejeté en ce qui concerne l'impôt fédéral direct (cause 2C_604/2012).

3.
Le recours est rejeté en ce qui concerne les impôts cantonal et communal (cause 2C_603/2012).

4.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.

5.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires de la recourante, à l'Administration fiscale cantonale genevoise, à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre administrative 1ère section, et à l'Administration fédérale des contributions, Division principale de l'impôt fédéral direct, de l'impôt anticipé, des droits de timbre.

Lausanne, le 10 décembre 2012
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse

Le Président: Zünd

Le Greffier: Vianin

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 83 Exceptions - Le recours est irrecevable contre:
^a	les décisions concernant la sûreté intérieure ou extérieure du pays, la neutralité, la protection diplomatique et les autres affaires relevant des relations extérieures, à moins que le droit international ne confère un droit à ce que la cause soit58 jugée par un tribunal;
^b	les décisions relatives à la naturalisation ordinaire;
^c	les décisions en matière de droit des étrangers qui concernent:
^c1	l'entrée en Suisse,
^c2	une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit,
^c3	l'admission provisoire,
^c4	l'expulsion fondée sur l'art. 121, al. 2, de la Constitution ou le renvoi,
^c5	les dérogations aux conditions d'admission,
^c6	la prolongation d'une autorisation frontalière, le déplacement de la résidence dans un autre canton, le changement d'emploi du titulaire d'une autorisation frontalière et la délivrance de documents de voyage aux étrangers sans pièces de légitimation;
^d	les décisions en matière d'asile qui ont été rendues:
^d1	par le Tribunal administratif fédéral, sauf celles qui concernent des personnes visées par une demande d'extradition déposée par l'État dont ces personnes cherchent à se protéger,
^d2	par une autorité cantonale précédente et dont l'objet porte sur une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit;
^e	les décisions relatives au refus d'autoriser la poursuite pénale de membres d'autorités ou du personnel de la Confédération;
^f	les décisions en matière de marchés publics:
^fbis	les décisions du Tribunal administratif fédéral concernant les décisions visées à l'art. 32i de la loi fédérale du 20 mars 2009 sur le transport de voyageurs65;
^f1	si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe; sont réservés les recours concernant des marchés du Tribunal administratif fédéral, du Tribunal pénal fédéral, du Tribunal fédéral des brevets, du Ministère public de la Confédération et des autorités judiciaires supérieures des cantons, ou
^f2	si la valeur estimée du marché à adjuger est inférieure à la valeur seuil déterminante visée à l'art. 52, al. 1, et fixée à l'annexe 4, ch. 2, de la loi fédérale du 21 juin 2019 sur les marchés publics63;
^g	les décisions en matière de rapports de travail de droit public qui concernent une contestation non pécuniaire, sauf si elles touchent à la question de l'égalité des sexes;
^h	les décisions en matière d'entraide administrative internationale, à l'exception de l'assistance administrative en matière fiscale;
ⁱ	les décisions en matière de service militaire, de service civil ou de service de protection civile;
^j	les décisions en matière d'approvisionnement économique du pays qui sont prises en cas de pénurie grave;
^k	les décisions en matière de subventions auxquelles la législation ne donne pas droit;
^l	les décisions en matière de perception de droits de douane fondée sur le classement tarifaire ou le poids des marchandises;
^m	les décisions sur l'octroi d'un sursis de paiement ou sur la remise de contributions; en dérogation à ce principe, le recours contre les décisions sur la remise de l'impôt fédéral direct ou de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice est recevable, lorsqu'une question juridique de principe se pose ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
ⁿ	les décisions en matière d'énergie nucléaire qui concernent:
ⁿ¹	l'exigence d'un permis d'exécution ou la modification d'une autorisation ou d'une décision,
ⁿ²	l'approbation d'un plan de provision pour les coûts d'évacuation encourus avant la désaffection d'une installation nucléaire,
ⁿ³	les permis d'exécution;
^o	les décisions en matière de circulation routière qui concernent la réception par type de véhicules;
^p	les décisions du Tribunal administratif fédéral en matière de télécommunications, de radio et de télévision et en matière postale qui concernent:70
^p1	une concession ayant fait l'objet d'un appel d'offres public,
^p2	un litige découlant de l'art. 11a de la loi du 30 avril 1997 sur les télécommunications71;
^p3	un litige au sens de l'art. 8 de la loi du 17 décembre 2010 sur la poste73;
^q	les décisions en matière de médecine de transplantation qui concernent:
^q1	l'inscription sur la liste d'attente,
^q2	l'attribution d'organes;
^r	les décisions en matière d'assurance-maladie qui ont été rendues par le Tribunal administratif fédéral sur la base de l'art. 3474 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF)75;
^s	les décisions en matière d'agriculture qui concernent:
^s1	...
^s2	la délimitation de zones dans le cadre du cadastre de production;
^t	les décisions sur le résultat d'examens ou d'autres évaluations des capacités, notamment en matière de scolarité obligatoire, de formation ultérieure ou d'exercice d'une profession;
^u	les décisions relatives aux offres publiques d'acquisition (art. 125 à 141 de la loi du 19 juin 2015 sur l'infrastructure des marchés financiers79);
^v	les décisions du Tribunal administratif fédéral en cas de divergences d'opinion entre des autorités en matière d'entraide judiciaire ou d'assistance administrative au niveau national;
^w	les décisions en matière de droit de l'électricité qui concernent l'approbation des plans des installations électriques à courant fort et à courant faible et l'expropriation de droits nécessaires à la construction ou à l'exploitation de telles installations, si elles ne soulèvent pas de question juridique de principe.
^x	les décisions en matière d'octroi de contributions de solidarité au sens de la loi fédérale du 30 septembre 2016 sur les mesures de coercition à des fins d'assistance et les placements extrafamiliaux antérieurs à 198183, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe ou qu'il s'agit d'un cas particulièrement important pour d'autres motifs;
^y	les décisions prises par le Tribunal administratif fédéral dans des procédures amiables visant à éviter une imposition non conforme à une convention internationale applicable dans le domaine fiscal;
^z	les décisions citées à l'art. 71c, al. 1, let. b, de la loi du 30 septembre 2016 sur l'énergie86 concernant les autorisations de construire et les autorisations relevant de la compétence des cantons destinées aux installations éoliennes d'intérêt national qui y sont nécessairement liées, sauf si la contestation soulève une question juridique de principe.

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 82 Principe - Le Tribunal fédéral connaît des recours:
^a	contre les décisions rendues dans des causes de droit public;
^b	contre les actes normatifs cantonaux;
^c	qui concernent le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires.

SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID) LHID Art. 24 En général - 1 L'impôt sur le bénéfice a pour objet l'ensemble du bénéfice net, y compris:
¹	L'impôt sur le bénéfice a pour objet l'ensemble du bénéfice net, y compris:
^a	les charges non justifiées par l'usage commercial, portées au débit du compte de résultats;
^b	les produits et les bénéfices en capital, de liquidation et de réévaluation qui n'ont pas été portés au crédit de ce compte;
^c	les intérêts sur le capital propre dissimulé (art. 29a).
²	Ne constituent pas un bénéfice imposable:
^a	les apports des membres de sociétés de capitaux et de sociétés coopératives, y compris l'agio et les prestations à fonds perdu;
^b	le transfert du siège, de l'administration, d'une entreprise ou d'un établissement stable dans un autre canton, à condition qu'il n'y ait ni aliénation ni réévaluation comptable;
^c	les augmentations de fortune provenant d'une succession, d'un legs ou d'une donation.
³	Les réserves latentes d'une personne morale ne sont pas imposées lors de restructurations, notamment lors d'une fusion, d'une scission ou d'une transformation, pour autant que la personne morale reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice:
^a	en cas de transformation en une société de personnes ou en une autre personne morale;
^b	en cas de division ou séparation d'une personne morale à condition que ce transfert ait pour objet une ou plusieurs exploitations ou parties distinctes d'exploitation et pour autant que les personnes morales existantes après la scission poursuivent une exploitation ou partie distincte d'exploitation;
^c	en cas d'échange de droits de participation ou de droits de sociétariat suite à une restructuration ou à une concentration équivalant économiquement à une fusion;
^d	en cas de transfert à une société fille suisse d'exploitations ou de parties distinctes d'exploitations ainsi que d'éléments qui font partie des biens immobilisés de l'exploitation; on entend par société fille une société de capitaux ou une société coopérative dont la société de capitaux ou la société coopérative qui la transfère possède au moins 20 % du capital-actions ou du capital social.109
^3bis	Lorsqu'une société de capitaux ou une société coopérative transfère une participation à une société du même groupe sise à l'étranger, l'imposition de la différence entre la valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice et la valeur vénale de la participation est différée.110 Le report de l'imposition prend fin si la participation transférée est vendue à un tiers étranger au groupe ou si la société dont les droits de participation ont été transférés aliène une part importante de ses actifs et passifs ou encore si elle est liquidée.111
^3ter	En cas de transfert à une société fille au sens de l'al. 3, let. d, les réserves latentes transférées sont imposées ultérieurement selon la procédure prévue à l'art. 53, dans la mesure où, durant les cinq ans qui suivent la restructuration, les valeurs transférées ou les droits de participation ou les droits de sociétariat à la société fille sont aliénés; dans ce cas, la société fille peut faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice.112
^3quater	Des participations directes ou indirectes de 20 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société de capitaux ou d'une société coopérative, mais aussi des exploitations ou des parties distinctes d'exploitation ainsi que des éléments qui font partie des biens immobilisés de l'exploitation, peuvent être transférées, à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice, entre des sociétés de capitaux ou des sociétés coopératives suisses qui, à la lumière des circonstances et du cas d'espèce et grâce à la détention de la majorité des voix ou d'une autre manière, sont réunies sous la direction unique d'une société de capitaux ou d'une société coopérative. Le transfert à une société fille suisse au sens de l'al. 3, let. d, est réservé.113 114
^3quinquies	Si dans les cinq ans qui suivent un transfert au sens de l'al. 3quater, les éléments de patrimoine transférés sont aliénés ou si la direction unique est, durant cette période, abandonnée, les réserves latentes transférées sont imposées ultérieurement conformément à la procédure prévue à l'art. 53. La personne morale bénéficiaire peut dans ce cas faire valoir les réserves latentes correspondantes imposées comme bénéfice. Les sociétés de capitaux et les sociétés coopératives suisses réunies sous direction unique au moment de la violation du délai de blocage répondent solidairement du rappel d'impôt.115
⁴	Les dispositions relatives aux biens acquis en remploi (art. 8, al. 4), aux amortissements (art. 10, al. 1, let. a), aux provisions (art. 10, al. 1, let. b) et à la déduction des pertes (art. 10, al. 1, let. c) sont applicables par analogie.
^4bis	En cas de remplacement de participations, les réserves latentes peuvent être reportées sur une nouvelle participation si la participation aliénée était égale à 10 % au moins du capital-actions ou du capital social ou à 10 % au moins du bénéfice et des réserves de l'autre société et si la société de capitaux ou la société coopérative a détenu cette participation pendant un an au moins.116
⁵	Les prestations que des entreprises d'économie mixte accomplissant une tâche d'intérêt public fournissent de manière prépondérante à des entités qui leur sont proches sont évaluées au prix du marché, à leur coût de production majoré d'une marge appropriée ou à leur prix de vente final diminué d'une marge de bénéfice appropriée; le résultat de chaque entreprise est ajusté en conséquence.

SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID) LHID Art. 73 Recours - 1 Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
¹	Les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chap. 1, ou sur la remise de l'impôt cantonal ou communal sur le revenu et sur le bénéfice peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral conformément à la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral254.255
²	Le contribuable, l'administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions ont le droit de recourir.
³	...256

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 100 Recours contre une décision - 1 Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
¹	Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète.
²	Le délai de recours est de dix jours contre:
^a	les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour dettes et de faillite;
^b	les décisions en matière d'entraide pénale internationale et d'assistance administrative internationale en matière fiscale;
^c	les décisions portant sur le retour d'un enfant fondées sur la Convention européenne du 20 mai 1980 sur la reconnaissance et l'exécution des décisions en matière de garde des enfants et le rétablissement de la garde des enfants92 ou sur la Convention du 25 octobre 1980 sur les aspects civils de l'enlèvement international d'enfants93.
^d	les décisions du Tribunal fédéral des brevets concernant l'octroi d'une licence visée à l'art. 40d de la loi du 25 juin 1954 sur les brevets95.
³	Le délai de recours est de cinq jours contre:
^a	les décisions d'une autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour effets de change;
^b	les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours concernant des votations fédérales.
⁴	Le délai de recours est de trois jours contre les décisions d'un gouvernement cantonal sur recours touchant aux élections au Conseil national.
⁵	En matière de recours pour conflit de compétence entre deux cantons, le délai de recours commence à courir au plus tard le jour où chaque canton a pris une décision pouvant faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
⁶	...96
⁷	Le recours pour déni de justice ou retard injustifié peut être formé en tout temps.

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 86 Autorités précédentes en général - 1 Le recours est recevable contre les décisions:
¹	Le recours est recevable contre les décisions:
^a	du Tribunal administratif fédéral;
^b	du Tribunal pénal fédéral;
^c	de l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision;
^d	des autorités cantonales de dernière instance, pour autant que le recours devant le Tribunal administratif fédéral ne soit pas ouvert.
²	Les cantons instituent des tribunaux supérieurs qui statuent comme autorités précédant immédiatement le Tribunal fédéral, sauf dans les cas où une autre loi fédérale prévoit qu'une décision d'une autre autorité judiciaire peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral.
³	Pour les décisions revêtant un caractère politique prépondérant, les cantons peuvent instituer une autorité autre qu'un tribunal.

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 89 Qualité pour recourir - 1 A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
¹	A qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque:
^a	a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire;
^b	est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué, et
^c	a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification.
²	Ont aussi qualité pour recourir:
^a	la Chancellerie fédérale, les départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer la législation fédérale dans leur domaine d'attributions;
^b	l'organe compétent de l'Assemblée fédérale en matière de rapports de travail du personnel de la Confédération;
^c	les communes et les autres collectivités de droit public qui invoquent la violation de garanties qui leur sont reconnues par la constitution cantonale ou la Constitution fédérale;
^d	les personnes, organisations et autorités auxquelles une autre loi fédérale accorde un droit de recours.
³	En matière de droits politiques (art. 82, let. c), quiconque a le droit de vote dans l'affaire en cause a qualité pour recourir.

SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID) LHID Art. 6 Imposition d'après la dépense - 1 Le canton peut octroyer aux personnes physiques le droit d'être imposées d'après la dépense au lieu de verser des impôts sur le revenu et sur la fortune si elles remplissent les conditions suivantes:
¹	Le canton peut octroyer aux personnes physiques le droit d'être imposées d'après la dépense au lieu de verser des impôts sur le revenu et sur la fortune si elles remplissent les conditions suivantes:
^a	ne pas avoir la nationalité suisse;
^b	être assujetties à titre illimité (art. 3) pour la première fois ou après une absence d'au moins dix ans;
^c	ne pas exercer d'activité lucrative en Suisse.
²	Les époux vivant en ménage commun doivent remplir l'un et l'autre les conditions de l'al. 1.
³	L'impôt qui remplace l'impôt sur le revenu est calculé sur la base des dépenses annuelles du contribuable et des personnes dont il a la charge effectuées durant la période de calcul en Suisse et à l'étranger pour assurer leur train de vie, mais au minimum14 d'après le plus élevé des montants suivants:
^a	un montant fixé par le canton;
^b	pour les contribuables chefs de ménage: sept fois le loyer annuel ou la valeur locative fixée par les autorités compétentes;
^c	pour les autres contribuables: trois fois le prix de la pension annuelle pour le logement et la nourriture au lieu du domicile au sens de l'art. 3.
⁴	L'impôt est perçu d'après le barème de l'impôt ordinaire.
⁵	Les cantons déterminent comment l'imposition d'après la dépense couvre l'impôt sur la fortune.
⁶	Le montant de l'impôt d'après la dépense doit être au moins égal à la somme des impôts sur le revenu et sur la fortune calculés selon le barème ordinaire sur le montant total des éléments bruts suivants:
^a	la fortune immobilière sise en Suisse et son rendement;
^b	les objets mobiliers se trouvant en Suisse et les revenus qu'ils produisent;
^c	les capitaux mobiliers placés en Suisse, y compris les créances garanties par gage immobilier et les revenus qu'ils produisent;
^d	les droits d'auteur, brevets et droits analogues exploités en Suisse et les revenus qu'ils produisent;
^e	les retraites, rentes et pensions de sources suisses;
^f	les revenus pour lesquels le contribuable requiert un dégrèvement partiel ou total d'impôts étrangers en application d'une convention contre les doubles impositions conclue par la Suisse.
⁷	Si les revenus provenant d'un État étranger y sont exonérés à la condition que la Suisse les impose, seuls ou avec d'autres revenus, au taux du revenu total, l'impôt est calculé non seulement sur la base des revenus mentionnés à l'al. 6, mais aussi de tous les éléments du revenu provenant de l'État-source qui sont attribués à la Suisse en vertu de la convention correspondante contre les doubles impositions.

SR 642.14 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID) LHID Art. 23 Exonérations - 1 Seuls sont exonérés de l'impôt:
¹	Seuls sont exonérés de l'impôt:
^a	la Confédération et ses établissements, dans les limites fixées par la législation fédérale;
^b	le canton et ses établissements dans les limites fixées par le droit cantonal;
^c	les communes, les paroisses, ainsi que les autres collectivités territoriales du canton, et leurs établissements, dans les limites fixées par le droit cantonal;
^d	les institutions de prévoyance professionnelle d'entreprises qui ont leur domicile, leur siège ou un établissement stable en Suisse et d'entreprises qui les touchent de près, à condition que les ressources de ces institutions soient affectées durablement et exclusivement à la prévoyance en faveur du personnel;
^e	les caisses indigènes d'assurances sociales et de compensation, notamment les caisses d'assurance chômage, d'assurance maladie, d'assurance vieillesse et d'assurance invalidité et survivants, à l'exception des sociétés d'assurances concessionnaires;
^f	les personnes morales qui poursuivent des buts de service public ou d'utilité publique, sur le bénéfice et le capital exclusivement et irrévocablement affectés à ces buts.101 Des buts économiques ne peuvent être considérés en principe comme étant d'intérêt public. L'acquisition et l'administration de participations en capital importantes à des entreprises ont un caractère d'utilité publique lorsque l'intérêt au maintien de l'entreprise occupe une position subalterne par rapport au but d'utilité publique et que des activités dirigeantes ne sont pas exercées;
^g	les personnes morales qui visent des buts cultuels dans le canton ou sur le plan suisse, sur le bénéfice et le capital exclusivement et irrévocablement affectés à ces buts;
^h	les États étrangers, sur leurs immeubles suisses affectés exclusivement à l'usage direct de leurs représentations diplomatiques et consulaires, ainsi que les bénéficiaires institutionnels d'exemptions fiscales visés à l'art. 2, al. 1, de la loi du 22 juin 2007 sur l'État hôte103, pour les immeubles dont ils sont propriétaires et qui sont occupés par leurs services;
ⁱ	les placements collectifs qui possèdent des immeubles en propriété directe, dans la mesure où les investisseurs sont exclusivement des institutions de prévoyance professionnelle au sens de la let. d ou des caisses indigènes d'assurance sociale et de compensation au sens de la let. e, exonérées de l'impôt;
^j	les entreprises de transport et d'infrastructure titulaires d'une concession de la Confédération qui reçoivent des indemnités pour cette activité ou qui doivent, du fait de leur concession, maintenir toute l'année un service d'importance nationale; les gains qui sont issus d'une activité soumise à concession et sont disponibles librement sont également exonérés de l'impôt; les exploitations annexes et les biens fonciers qui n'ont pas de relation nécessaire avec l'activité soumise à concession sont cependant exclus de cette exonération.
²	...106
³	Les cantons peuvent prévoir, par voie législative, des allégements fiscaux en faveur des entreprises nouvellement créées qui servent les intérêts économiques du canton, pour l'année de fondation de l'entreprise et pour les neuf années suivantes. Une modification importante de l'activité de l'entreprise peut être assimilée à une fondation.
⁴	Les personnes morales mentionnées à l'al. 1, let. d à g et i, sont toutefois soumises dans tous les cas à l'impôt sur les gains immobiliers. Les dispositions relatives aux biens acquis en remploi (art. 8, al. 4), aux amortissements (art. 10, al. 1, let. a), aux provisions (art. 10, al. 1, let. b) et à la déduction des pertes (art. 10, al. 1, let. c) s'appliquent par analogie.107

SR 101 Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 Cst. Art. 5 Principes de l'activité de l'État régi par le droit - 1 Le droit est la base et la limite de l'activité de l'État.
¹	Le droit est la base et la limite de l'activité de l'État.
²	L'activité de l'État doit répondre à un intérêt public et être proportionnée au but visé.
³	Les organes de l'État et les particuliers doivent agir de manière conforme aux règles de la bonne foi.
⁴	La Confédération et les cantons respectent le droit international.

SR 642.11 Loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD) LIFD Art. 58 En général - 1 Le bénéfice net imposable comprend:
¹	Le bénéfice net imposable comprend:
^a	le solde du compte de résultats, compte tenu du solde reporté de l'exercice précédent;
^b	tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial, tels que:
^c	les produits qui n'ont pas été comptabilisés dans le compte de résultats, y compris les bénéfices en capital, les bénéfices de réévaluation et de liquidation, sous réserve de l'art. 64 . ...133
²	Le bénéfice net imposable des personnes morales qui n'établissent pas de compte de résultats se détermine d'après l'al. 1 qui est applicable par analogie.
³	Les prestations que des entreprises d'économie mixte remplissant une tâche d'intérêt public fournissent, de manière prépondérante, à des entreprises qui leur sont proches sont évaluées au prix actuel du marché, à leur coût actuel de production majoré d'une marge appropriée ou à leur prix de vente final actuel diminué d'une marge de bénéfice; le résultat de chaque entreprise est ajusté en conséquence.

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 66 Recouvrement des frais judiciaires - 1 En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
¹	En règle générale, les frais judiciaires sont mis à la charge de la partie qui succombe. Si les circonstances le justifient, le Tribunal fédéral peut les répartir autrement ou renoncer à les mettre à la charge des parties.
²	Si une affaire est liquidée par un désistement ou une transaction, les frais judiciaires peuvent être réduits ou remis.
³	Les frais causés inutilement sont supportés par celui qui les a engendrés.
⁴	En règle générale, la Confédération, les cantons, les communes et les organisations chargées de tâches de droit public ne peuvent se voir imposer de frais judiciaires s'ils s'adressent au Tribunal fédéral dans l'exercice de leurs attributions officielles sans que leur intérêt patrimonial soit en cause ou si leurs décisions font l'objet d'un recours.
⁵	Sauf disposition contraire, les frais judiciaires mis conjointement à la charge de plusieurs personnes sont supportés par elles à parts égales et solidairement.

SR 173.110 Loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF) - Organisation judiciaire LTF Art. 68 Dépens - 1 Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
¹	Le Tribunal fédéral décide, dans son arrêt, si et dans quelle mesure les frais de la partie qui obtient gain de cause sont supportés par celle qui succombe.
²	En règle générale, la partie qui succombe est tenue de rembourser à la partie qui a obtenu gain de cause, selon le tarif du Tribunal fédéral, tous les frais nécessaires causés par le litige.
³	En règle générale, aucuns dépens ne sont alloués à la Confédération, aux cantons, aux communes ou aux organisations chargées de tâches de droit public lorsqu'ils obtiennent gain de cause dans l'exercice de leurs attributions officielles.
⁴	L'art. 66, al. 3 et 5, est applicable par analogie.
⁵	Le Tribunal fédéral confirme, annule ou modifie, selon le sort de la cause, la décision de l'autorité précédente sur les dépens. Il peut fixer lui-même les dépens d'après le tarif fédéral ou cantonal applicable ou laisser à l'autorité précédente le soin de les fixer.